PDB-3ppf: Crystal structure of the Candida albicans methionine synthase by ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ppf

タイトル

Crystal structure of the Candida albicans methionine synthase by surface entropy reduction, alanine variant without zinc

要素

5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / cobalamin-independent / Surface entropy reduction / Methyltransferase / Metalloproteinase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-methionine biosynthetic process from homoserine via O-acetyl-L-homoserine and cystathionine / symbiont-mediated perturbation of host immune response / 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase / 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase activity / fungal biofilm matrix / adenine biosynthetic process / hyphal cell wall / methionine metabolic process / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / fungal-type cell wall ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ubhi, D. / Kavanagh, K. / Monzingo, A.F. / Robertus, J.D.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2011
タイトル: Structure of Candida albicans methionine synthase determined by employing surface residue mutagenesis.
著者: Ubhi, D. / Kavanagh, K.L. / Monzingo, A.F. / Robertus, J.D.

履歴

登録	2010年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ppf.cif.gz	295.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ppf.ent.gz	233.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ppf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ppf_validation.pdf.gz	433.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ppf_full_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示
XML形式データ	3ppf_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	3ppf_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ppcSC 3ppgC 3pphC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4l5z-d 4l6h-d 3ppg-d 3pph-1 3l7r-d 4l61-d 4zty-d 1j9z-2 4p9s-2 4l65-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase

88.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.862, 98.814, 100.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase / Cobalamin-independent methionine synthase / Methionine synthase / vitamin-B12 independent isozyme 分子量: 88188.961 Da / 分子数: 1 / 変異: K103A, K104A, E107A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 株: BWP17 / 遺伝子: CaO19.10083, CaO19.2551, MET6 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P82610, 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase / Cobalamin-independent methionine synthase / Methionine synthase / vitamin-B12 independent isozyme

分子量: 88188.961 Da / 分子数: 1 / 変異: K103A, K104A, E107A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Candida albicans (酵母) / 株: BWP17 / 遺伝子: CaO19.10083, CaO19.2551, MET6 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P82610, 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 50 mM NaI, 27% (w/v) PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月24日 / 詳細: Asymmetric cut single crystal Si (220)

放射

モノクロメーター: Asymmetric cut single crystal Si (220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 35447 / Num. obs: 35447 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.34	6.2	0.545	1	99.3
2.34-2.38	6.2	0.41	1	99.6
2.38-2.43	6.2	0.382	1	99.8
2.43-2.48	6.2	0.357	1	99.8
2.48-2.53	6.3	0.321	1	99.8
2.53-2.59	6.3	0.275	1	99.8
2.59-2.66	6.3	0.267	1	100
2.66-2.73	6.3	0.244	1	99.9
2.73-2.81	6.4	0.202	1	100
2.81-2.9	6.5	0.171	1	100
2.9-3	6.6	0.144	1	100
3-3.12	6.6	0.116	1	100
3.12-3.26	6.6	0.09	1	100
3.26-3.44	6.6	0.08	1	100
3.44-3.65	6.5	0.071	1	100
3.65-3.93	6.4	0.063	1	99.8
3.93-4.33	6.5	0.043	1	100
4.33-4.95	6.5	0.037	1	100
4.95-6.24	6.4	0.038	1	99.8
6.24-50	5.9	0.037	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3PPC

3ppc

解像度: 2.3→49.407 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2532	1629	5.03 %
R_work	0.1806	-	-
obs	0.1844	32385	93.14 %
all	-	35447	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.813 Å² / k_sol: 0.317 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2925 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.3837 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.0913 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.407 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5423	0	0	400	5823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5529
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.047	7532
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.568	1948
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	879
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	984

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3677	0.2569	113	0.194	2331	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3677-2.4442	0.2963	137	0.1837	2379	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4442-2.5315	0.2635	105	0.1847	2452	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5315-2.6329	0.2627	113	0.171	2413	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6329-2.7527	0.2655	134	0.1912	2425	X-RAY DIFFRACTION	89
2.7527-2.8978	0.3133	138	0.2009	2422	X-RAY DIFFRACTION	89
2.8978-3.0793	0.2972	130	0.208	2541	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0793-3.317	0.2877	145	0.2021	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
3.317-3.6507	0.3018	157	0.1882	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6507-4.1788	0.2619	129	0.1589	2693	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1788-5.2639	0.1753	162	0.1398	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2639-49.4184	0.2133	166	0.1941	2910	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4697	0.0788	-0.2025	1.1342	-0.1153	0.2602	-0.0375	0.1513	0.048	-0.3677	0.0703	0.0741	-0.0213	0.0032	-0.0313	0.1593	0.0037	-0.0308	0.0643	0.0282	0.0663	-7.8461	-16.6238	10.7369
2	0.3618	-0.1309	-0.1733	1.102	-0.3998	0.5448	-0.0175	-0.0214	-0.0432	-0.0138	-0.0211	-0.004	0.0912	0.0305	0.0262	0.0526	0.0104	0.0077	0.0502	-0.0029	0.0446	-4.3978	-28.938	25.997
3	0.4118	-0.4837	0.1399	0.7317	0.0027	0.2126	0.1359	0.1818	-0.0051	0.0062	-0.0296	0.2323	-0.0295	-0.0241	-0.0951	0.1322	0.0154	0.0679	0.291	0.1073	0.1931	-39.0248	-7.4492	39.9668
4	0.5452	0.0746	-0.1279	0.3173	0.3909	0.7744	0.1334	0.3497	0.3146	-0.0738	0.168	0.0891	-0.1448	0.0626	-0.1333	0.1916	0.0355	0.0831	0.2205	0.1655	0.2799	-26.8471	8.6502	28.0758
5	0.5806	0.4783	-0.2705	0.389	-0.2304	0.1763	0.0478	0.098	0.0404	0.0267	0.0135	0.1348	-0.0408	-0.0918	-0.0425	0.0636	0.0406	0.0293	0.0765	0.0176	0.0975	-25.4928	-4.8159	35.4859
6	0.2703	0.2333	-0.1166	0.6817	-0.2491	0.1992	-0.0704	-0.0478	-0.1762	-0.0241	0.0771	-0.036	-0.013	-0.0794	-0.0255	0.0544	-0.0074	0.0634	0.0871	0.0284	0.1525	-32.2834	-18.1446	37.4278
7	2.7764	0.8491	0.4243	2.4931	1.1323	0.5181	-0.0306	0.9105	-0.3161	-0.9115	-0.0147	0.1936	0.1575	0.0513	0.0467	0.464	0.0741	-0.1081	0.4518	-0.0261	0.1688	-44.1499	-9.9145	21.1775

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:147)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 148:399)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 400:450)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 451:516)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 517:619)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 620:654)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 655:764)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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