[日本語] English
万見
- PDB-3ppe: Crystal structure of chicken VE-cadherin EC1-2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ppe
タイトルCrystal structure of chicken VE-cadherin EC1-2
要素Vascular endothelial cadherin
キーワードCELL ADHESION / extracellular cadherin (EC) domain / beta barrel / Ig-domain like / domain swapped dimer interface / calcium dependent cell-cell adhesion / cell surface
機能・相同性
機能・相同性情報


VEGFR2 mediated vascular permeability / Adherens junctions interactions / positive regulation of establishment of endothelial barrier / blood vessel maturation / blood vessel endothelial cell migration / protein localization to bicellular tight junction / cardiac epithelial to mesenchymal transition / BMP receptor binding / regulation of vascular permeability / cell-cell adhesion mediated by cadherin ...VEGFR2 mediated vascular permeability / Adherens junctions interactions / positive regulation of establishment of endothelial barrier / blood vessel maturation / blood vessel endothelial cell migration / protein localization to bicellular tight junction / cardiac epithelial to mesenchymal transition / BMP receptor binding / regulation of vascular permeability / cell-cell adhesion mediated by cadherin / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / fibrinogen binding / bicellular tight junction assembly / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / positive regulation of BMP signaling pathway / vasculature development / catenin complex / cell-cell junction assembly / adherens junction organization / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of microtubule polymerization / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / bicellular tight junction / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / : / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase binding / adherens junction / regulation of protein phosphorylation / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of protein-containing complex assembly / cell morphogenesis / beta-catenin binding / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / protein phosphatase binding / nuclear membrane / transmembrane transporter binding / membrane => GO:0016020 / positive regulation of cell migration / cadherin binding / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
VE-cadherin / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain ...VE-cadherin / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Brasch, J. / Harrison, O.J. / Ahlsen, G. / Carnally, S.M. / Henderson, R.M. / Honig, B. / Shapiro, L.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure and binding mechanism of vascular endothelial cadherin: a divergent classical cadherin.
著者: Brasch, J. / Harrison, O.J. / Ahlsen, G. / Carnally, S.M. / Henderson, R.M. / Honig, B. / Shapiro, L.
履歴
登録2010年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial cadherin
B: Vascular endothelial cadherin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6278
ポリマ－45,3872
非ポリマー2406
水10,575587
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.973, 99.973, 105.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-267-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Vascular endothelial cadherin


分子量: 22693.367 Da / 分子数: 2
断片: chicken VE-cadherin domains EC1-EC2, UNP residues 41-243
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q8AYD0
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.84 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% (w/v) PEG 8,000, 200mM Calcium acetate, 100mM sodium cacodylate pH6.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97885 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月9日
放射モノクロメーター: Bent single Si(111) crystal (horizontal focusing and deflection)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→80 Å / Num. obs: 31991 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 %
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A4E

2a4e


解像度: 2.1→72.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24189 1613 5.1 %RANDOM
Rwork0.18401 ---
obs0.18692 30319 99.96 %-
all-31937 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.211 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→72.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3196 0 6 587 3789
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223317
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6661.9494514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.9055423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.16424.375160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.20115582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0051524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5981.52050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2723349
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.81931267
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3454.51155
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 121 -
Rwork0.188 2190 -
obs--99.83 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る