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万見
- PDB-3pp9: 1.6 Angstrom resolution crystal structure of putative streptothri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pp9
タイトル1.6 Angstrom resolution crystal structure of putative streptothricin acetyltransferase from Bacillus anthracis str. Ames in complex with acetyl coenzyme A
要素Putative streptothricin acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Putative Streptothricin Acetyltransferase / Toxin Production and Resistance / Infectious Diseases / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Streptothricin acetyltransferase / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / : / PHOSPHATE ION / N-acetyltransferase / Putative streptothricin acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.6 Angstrom resolution crystal structure of putative streptothricin acetyltransferase from Bacillus anthracis str. Ames in complex with acetyl coenzyme A
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative streptothricin acetyltransferase
B: Putative streptothricin acetyltransferase
C: Putative streptothricin acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,08513
ポリマ－66,1033
非ポリマー2,98210
水6,395355
1
A: Putative streptothricin acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Putative streptothricin acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9568
ポリマ－44,0692
非ポリマー1,8876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
2
B: Putative streptothricin acetyltransferase
C: Putative streptothricin acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1079
ポリマ－44,0692
非ポリマー2,0387
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.097, 68.009, 174.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative streptothricin acetyltransferase


分子量: 22034.252 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS2961, BA_3185, GBAA3185, GBAA_3185 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q81NK7, UniProt: A0A6L7H2K5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 2.41 mg/mL. Crystallization conditions: PEG8K 20% KdihidrogenPO4 0.05M. Cryoprotectant - Paratone-N , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.9787
シンクロトロンAPS 21-ID-D21.04
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2010年8月16日Be-Lenses/Diamond Laue Mono
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2010年8月23日Mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond[111]SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) ChannelSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97871
21.041
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 70883 / Num. obs: 70883 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / Num. unique all: 2912 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: SAD model of the data set collected on 21-ID-F

解像度: 1.6→29.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.794 / SU ML: 0.068 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22203 3571 5 %RANDOM
Rwork0.18863 ---
obs0.1903 67311 98.44 %-
all-67311 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.639 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å2-1.19 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4308 0 180 355 4843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225013
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.9926854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90438080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.3065597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.72725.301249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.07115874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2931517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021023
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7961.52862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2021.51146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46924673
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36632151
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.694.52181
LS精密化 シェル解像度: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 218 -
Rwork0.229 4139 -
obs-4139 82.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8233-0.43610.1021.34510.49330.60870.0465-0.0039-0.03210.0052-0.0007-0.0389-0.02240.0427-0.04590.07790.01040.04510.1110.0240.115835.275125.292711.1887
21.4107-0.40720.32981.86060.26511.19620.005-0.07760.03930.13010.00180.122-0.0086-0.0311-0.00680.02130.00520.03170.03520.00260.054929.731229.791716.3385
32.28150.1063-0.57221.869-0.15883.25090.03710.0762-0.01950.0674-0.0383-0.05940.18460.11150.00120.01690.01060.00930.0440.00990.130728.980218.76194.7137
40.6447-0.2846-0.41451.77451.282.71130.0515-0.02030.0106-0.14460.1062-0.2062-0.18960.0325-0.15770.09180.0274-0.00230.1383-0.00830.1584.935323.951838.6786
50.94040.0250.80191.18430.32523.6970.0878-0.0907-0.01290.129-0.0026-0.08110.26580.0054-0.08530.10470.0138-0.01420.0799-0.02350.06844.061419.663742.1504
61.5361-0.61940.75360.7610.11884.35810.0313-0.05220.0917-0.0577-0.13930.0133-0.148-0.3230.1080.08170.0130.01110.1481-0.02360.02881.837627.190952.8796
72.7350.2124-0.51181.8838-0.16341.83930.01190.1629-0.3240.14150.1309-0.4010.220.0976-0.14280.25290.0156-0.06680.1149-0.10440.222717.0414.392272.2021
81.9250.1693-0.01161.78670.41891.86330.05440.1375-0.08470.15770.1798-0.35950.17370.2609-0.23430.09790.0298-0.03680.0952-0.07150.107621.241220.329672.4885
91.88680.59920.80492.746-0.29263.777-0.00540.0566-0.1189-0.04960.1097-0.0420.321-0.2111-0.10430.0753-0.01540.01670.0726-0.01830.02857.44922.509367.6287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2A68 - 148
3X-RAY DIFFRACTION3A149 - 182
4X-RAY DIFFRACTION4B-1 - 36
5X-RAY DIFFRACTION5B37 - 137
6X-RAY DIFFRACTION6B138 - 183
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 72
8X-RAY DIFFRACTION8C73 - 148
9X-RAY DIFFRACTION9C149 - 183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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