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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pp9 | ||||||
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タイトル | 1.6 Angstrom resolution crystal structure of putative streptothricin acetyltransferase from Bacillus anthracis str. Ames in complex with acetyl coenzyme A | ||||||
![]() | Putative streptothricin acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Putative Streptothricin Acetyltransferase / Toxin Production and Resistance / Infectious Diseases / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 1.6 Angstrom resolution crystal structure of putative streptothricin acetyltransferase from Bacillus anthracis str. Ames in complex with acetyl coenzyme A 著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 254.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 209.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22034.252 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 2.41 mg/mL. Crystallization conditions: PEG8K 20% KdihidrogenPO4 0.05M. Cryoprotectant - Paratone-N , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 70883 / Num. obs: 70883 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 20.6 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / Num. unique all: 2912 / % possible all: 82 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: SAD model of the data set collected on 21-ID-F 解像度: 1.6→29.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.794 / SU ML: 0.068 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.639 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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