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- PDB-3pox: Crystal Structure of E.coli OmpF porin in lipidic cubic phase: sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pox
タイトルCrystal Structure of E.coli OmpF porin in lipidic cubic phase: space group P1
要素OmpF protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta barrel / solute transport / pore
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport ...colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion transmembrane transport / lipid binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin ...Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / THIOCYANATE ION / : / Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia Coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Efremov, R.G. / Sazanov, L.A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of Escherichia coli OmpF porin from lipidic mesophase.
著者: Efremov, R.G. / Sazanov, L.A.
履歴
登録2010年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OmpF protein
B: OmpF protein
C: OmpF protein
D: OmpF protein
E: OmpF protein
F: OmpF protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,191120
ポリマ－222,6866
非ポリマー32,506114
水27,4191522
1
A: OmpF protein
B: OmpF protein
C: OmpF protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,31278
ポリマ－111,3433
非ポリマー22,96975
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8640 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area40740 Å2
手法PISA
2
D: OmpF protein
E: OmpF protein
F: OmpF protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,88042
ポリマ－111,3433
非ポリマー9,53739
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8640 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area40900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.574, 86.017, 116.558
Angle α, β, γ (deg.)83.280, 78.460, 89.890
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
OmpF protein / Outer membrane protein F


分子量: 37114.250 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 23-362 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia Coli (大腸菌) / 株: BL21 / 参照: UniProt: C5W2U9, UniProt: P02931*PLUS
#2: 化合物...
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.71 % / Mosaicity: 0.55 °
結晶化温度: 296 K / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 1.9M potassium thiocyanate, pH 6.5, lipidic sponge phase, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: ACCEL Fixed exit Double Crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.998 Å / Num. all: 196203 / Num. obs: 196203 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.112.10.7150.5261.160204284450.4820.7150.5261.796.4
2.11-2.242.10.520.3831.757607269280.3480.520.3832.396.8
2.24-2.392.20.4360.3231.455084254430.2910.4360.323397
2.39-2.582.20.3110.2322.751897236990.2060.3110.2323.997.4
2.58-2.832.20.2310.1733.148383218820.1520.2310.1735.397.6
2.83-3.162.20.1720.133.444011198680.1120.1720.137.297.9
3.16-3.652.20.1390.1053.838796175030.090.1390.1059.798.2
3.65-4.472.20.1230.0933.832884148410.080.1230.09311.698.5
4.47-6.322.20.1190.0913.425309114850.0760.1190.09111.698.5
6.32-19.9982.10.0950.07351306761090.060.0950.07311.395.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OMF

2omf


解像度: 2→19.998 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8627 / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2249 9828 5.01 %RANDOM
Rwork0.1877 ---
obs0.1895 196115 96.61 %-
all-196115 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.719 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 86.13 Å2 / Biso mean: 27.1496 Å2 / Biso min: 5.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0453 Å2-1.1391 Å26.2012 Å2
2--3.2974 Å23.9338 Å2
3----2.2521 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15762 0 1223 1522 18507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01817326
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11822833
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0742227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042997
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9596473
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.02280.29772500.252846904940494073
2.0228-2.04650.2863070.245861886495649596
2.0465-2.07150.29262930.249561626455645597
2.0715-2.09770.2743310.229962656596659696
2.0977-2.12520.26143330.224961456478647897
2.1252-2.15430.27313290.206562606589658996
2.1543-2.1850.24692960.205261816477647797
2.185-2.21760.24833410.196462156556655697
2.2176-2.25220.24673400.213662866626662697
2.2522-2.28910.27193450.210761916536653697
2.2891-2.32850.23573520.196761976549654997
2.3285-2.37080.25463630.200361946557655798
2.3708-2.41630.26063420.207262726614661497
2.4163-2.46560.25143210.198362356556655697
2.4656-2.51910.24683090.187262616570657098
2.5191-2.57750.23093340.178462956629662998
2.5775-2.64190.23423270.181962516578657897
2.6419-2.71310.2443370.184762646601660198
2.7131-2.79280.21833100.180762986608660898
2.7928-2.88260.22473350.177962676602660298
2.8826-2.98540.22793210.178663086629662998
2.9854-3.10450.20913420.178863036645664598
3.1045-3.24520.20093240.168163146638663898
3.2452-3.41550.213220.172462956617661798
3.4155-3.62830.20263580.17163006658665898
3.6283-3.90650.20393160.172263516667666798
3.9065-4.29610.20433410.15963166657665799
4.2961-4.90970.16813170.154863416658665898
4.9097-6.15570.20253270.185463616688668898
6.1557-19.99860.24193650.242162816646664699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2185-0.0148-0.0270.13730.05750.199-0.0054-0.02020.0081-0.0170.0122-0.0064-0.0129-0.0117-00.03960.0072-0.01140.0341-0.00520.0418-29.7206-24.4738-17.1488
20.17170.11890.02570.17570.00920.2076-0.0290.0650.0056-0.03750.0374-0.0057-0.03630.0408-00.0789-0.02230.00140.09520.01950.0337-12.7945-22.5888-51.639
300.0357-0.10270-0.10690.1909-0.02980.0127-0.0588-0.01570.0071-0.01030.00070.0039-00.0494-0.001-0.00440.0451-0.01830.0721-20.6428-56.7933-35.9238
40.2113-0.0189-0.04150.13460.10040.2061-0.0189-0.0201-0.05250.01920.00490.02540.00160.013100.04140.0054-0.0030.04440.01190.059817.904-99.820112.5608
500.0923-0.10570-0.10350.16720.00720.02490.01260.02790.0140.0242-0.02870.018100.0367-0.0046-0.00890.03590.0030.051427.2052-67.4758-6.1432
60.16580.0035-0.00520.2071-0.1570.28670.0366-0.0413-0.00020.05310.02980.0428-0.0968-0.0211-00.10530.01710.040.0618-0.01520.05389.7513-65.561928.0477
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN AA1 - 340
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN BB1 - 340
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN CC1 - 340
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN DD1 - 340
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN EE1 - 340
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN FF1 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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