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- PDB-3pov: Crystal structure of a SOX-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pov
タイトルCrystal structure of a SOX-DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*C)-3')
  • ORF 37
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Type II restriction endonuclease superfamily / Nuclease / Nucleus/cytoplasm / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / host cell nucleus / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus alkaline exonuclease, N-terminal domain / Alphaherpesvirus alkaline exonuclease / Viral alkaline exonuclease / Viral alkaline exonuclease / Restriction endonuclease type II-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / DNA / DNA (> 10) / ORF 37
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 8 type M (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bagneris, C. / Barrett, T.E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a KSHV-SOX-DNA complex: insights into the molecular mechanisms underlying DNase activity and host shutoff
著者: Bagneris, C. / Briggs, L.C. / Savva, R. / Ebrahimi, B. / Barrett, T.E.
履歴
登録2010年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF 37
C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0326
ポリマ－66,9373
非ポリマー953
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.520, 67.660, 174.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ORF 37


分子量: 55299.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 type M (ヘルペスウイルス)
遺伝子: orf37 / プラスミド: pETM6T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: P88925

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*C)-3')


分子量: 5766.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesised by eurogentec
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5870.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesised by eurogentec

-
非ポリマー , 3種, 128分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 180mM ammonium formate, 19% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月4日
放射モノクロメーター: channel-cut silicon [111] monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→63.087 Å / Num. all: 22693 / Num. obs: 22693 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 48.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 755 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: protein co-ordinates from entry 3FHD

3fhd


解像度: 2.5→63.087 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7901 / SU ML: 0.39 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.66 / 位相誤差: 27.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2635 1158 5.13 %Random
Rwork0.2065 ---
obs0.2093 22579 97.7 %-
all-22693 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.777 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 349.47 Å2 / Biso mean: 65.9427 Å2 / Biso min: 19.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.191 Å2-0 Å20 Å2
2---17.518 Å2-0 Å2
3---20.7091 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→63.087 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3471 772 5 125 4373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.766182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003658
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1321594
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5001-2.61390.33791460.27162655280199
2.6139-2.75170.31911550.24962612276798
2.7517-2.92410.32761450.22422674281999
2.9241-3.14980.31681360.21482665280199
3.1498-3.46680.2441280.18892708283698
3.4668-3.96840.22471370.17792687282498
3.9684-4.99940.19711560.16282683283997
4.9994-63.10690.27961550.20352737289294
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3397-0.3124-0.60272.15680.25071.853-0.3106-0.49650.14980.6142-0.288-1.03290.21160.8978-0.07380.3441-0.07480.02280.57670.01890.83921.8958-3.3525-16.5227
20.4565-0.08410.45191.4253-0.34180.768-0.049-0.0044-0.35940.26760.119-0.25630.20150.022900.2761-0.0229-0.01810.2499-0.05410.29758.5342-16.1409-14.5618
30.1792-0.44080.63560.4024-0.357-0.23220.0869-0.032-0.1819-0.02260.1554-0.4028-0.11670.14810.00010.3871-0.05940.02150.3281-0.0420.41892.67294.727-18.3232
40.2349-0.0927-0.10580.4798-0.3620.1159-0.19090.0431-0.21390.62980.25260.1650.34340.14360.00010.37610.00280.09260.26170.0190.1801-3.70913.7933-5.8476
50.8150.60180.65571.04670.76470.7207-0.15240.12210.158-0.0087-0.0190.5531-0.1810.095700.21980.01730.06750.1620.02210.318-12.696422.2681-15.3526
60.61210.5954-0.88420.6801-1.39522.86840.1850.2510.53150.05660.42230.7251-0.2903-0.47730.52390.36770.012-0.08690.4860.03030.7227-24.612520.6511-27.4382
70.54-0.80490.66951.018-0.41650.4539-0.1265-0.2021-0.29650.28050.34940.64490.1238-0.01610.01370.1867-0.02970.09530.27480.03970.3945-14.499912.2324-13.2631
80.3091-0.33110.7230.2362-0.37980.769-0.0836-0.03030.01790.403-0.07340.0621-0.0050.0799-0.00010.35610.02150.0580.2885-0.00710.2751-3.329721.6675-7.6108
90.11480.03840.20290.3549-0.32210.46480.1259-0.3789-0.4573-0.56040.01550.72710.38730.1693-0.00820.3423-0.0736-0.14190.3451-0.05130.5781-11.8523-5.4802-23.666
100.0443-0.00620.03970.05780.09930.05350.83340.5484-0.6356-0.0915-0.39080.87490.18740.06440.00020.69840.06690.02790.4003-0.16460.5536-0.2277-15.3932-29.3226
110.02210.03150.02580.0335-0.0328-0.005-0.60690.20470.08250.5988-0.28840.7176-0.39580.37450.00040.4141-0.0998-0.14540.28470.20570.55110.533517.807-23.15
120.72540.2738-0.53590.4087-0.07371.36420.08440.9897-0.49230.09240.6640.9775-0.82570.89060.10430.67660.0143-0.41351.07690.15460.6125-7.044619.308-39.3139
130.02590.18030.09270.7382-0.06030.11480.60970.8347-1.00850.8085-0.81190.8692-1.38-0.15690.05960.91950.3276-0.63421.41530.2631.0745-28.973321.9154-52.5552
140.03460.0277-0.05060.06360.00020.07010.32510.4517-0.26120.68120.20120.2176-1.1601-0.3610.00011.0630.3089-0.86071.60890.39362.1498-34.179418.8849-54.1929
15-0.0097-0.0089-0.02360.05910.07240.1462-0.03410.9927-0.56970.3155-0.0686-0.2484-0.18890.98040.18340.4624-0.0418-0.41730.90640.24450.5268-14.870419.7837-41.0301
16-0.02240.0237-0.01630.01950.01340.00150.43140.5722-0.5841-0.384-0.2465-0.5117-0.34360.1312-0.00010.3786-0.18340.02251.9889-0.04170.96835.583118.6253-31.4488
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:34)A4 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 35:127)A35 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 128:189)A128 - 189
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 190:224)A190 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 225:307)A225 - 307
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 308:322)A308 - 322
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 323:390)A323 - 390
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 391:443)A391 - 443
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 444:461)A444 - 461
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 462:481)A462 - 481
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 1:4)C1 - 4
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 5:12)C5 - 12
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 13:20)C13 - 20
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 21:26)D21 - 26
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 27:34)D27 - 34
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 35:40)D35 - 40

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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