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- PDB-3fhd: Crystal structure of the Shutoff and Exonuclease Protein from Kap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fhd
タイトルCrystal structure of the Shutoff and Exonuclease Protein from Kaposis Sarcoma Associated Herpesvirus
要素ORF 37
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ENase like PD-(D/E)XK Superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / endonuclease activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell nucleus / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus alkaline exonuclease, N-terminal domain / Alphaherpesvirus alkaline exonuclease / Viral alkaline exonuclease / Viral alkaline exonuclease / Restriction endonuclease type II-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human herpesvirus 8 type M (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Dahlroth, S.L. / Gurmu, D. / Schmitzberger, F. / Haas, J. / Erlandsen, H. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the shutoff and exonuclease protein from the oncogenic Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus
著者: Dahlroth, S.L. / Gurmu, D. / Schmitzberger, F. / Engman, H. / Haas, J. / Erlandsen, H. / Nordlund, P.
履歴
登録2008年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF 37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9375
ポリマ－57,6251
非ポリマー3124
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.247, 48.905, 67.294
Angle α, β, γ (deg.)95.48, 106.86, 104.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ORF 37 / Shutoff and Exonuclease Protein


分子量: 57624.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 type M (ヘルペスウイルス)
遺伝子: orf37 / プラスミド: pTH27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P88925
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Bis-TRIS, 25%PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンBESSY 14.210.97954
シンクロトロンESRF ID14-220.933
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2007年6月7日
ADSC QUANTUM 42CCD2007年6月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Diamond (111), Ge(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979541
20.9331
反射解像度: 1.85→46.63 Å / Num. obs: 41764 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.119 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 12.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→46.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.145 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22807 2096 5.1 %RANDOM
Rwork0.18356 ---
obs0.18582 39306 96.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.126 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20.44 Å20.29 Å2
2--0.3 Å20.27 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3591 0 16 216 3823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.9515021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.725453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49823.515165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.49615588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.421519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22514
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8761.52343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48223657
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2731575
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3084.51364
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 173 -
Rwork0.287 2884 -
obs--95.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9479-0.3911-0.3042.00970.22651.4242-0.0365-0.1640.20380.21430.068-0.1234-0.249-0.0386-0.03150.0471-0.0064-0.03010.00340.00020.050912.836544.35373.4134
20.8467-0.3343-0.58941.3076-0.81722.26910.00550.2757-0.1589-0.3686-0.125-0.00280.339-0.21770.11950.0714-0.0378-0.00450.082-0.04160.06812.809329.906544.9253
31.2893-0.1537-0.28771.5794-0.2192.6063-0.053-0.0819-0.13880.0573-0.0225-0.13010.3123-0.06780.0755-0.02-0.01580.00610.0410.00540.12416.462730.379863.1555
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2A183 - 424
3X-RAY DIFFRACTION3A425 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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