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- PDB-3por: PORIN CONFORMATION IN THE ABSENCE OF CALCIUM; REFINED STRUCTURE A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3por
タイトルPORIN CONFORMATION IN THE ABSENCE OF CALCIUM; REFINED STRUCTURE AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素PORINポリン (タンパク質)
キーワードINTEGRAL MEMBRANE PROTEIN PORIN
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / ポリン (タンパク質) / Porin domain superfamily / ポリン (タンパク質) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ポリン (タンパク質)
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Weiss, M.S. / Schulz, G.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Porin conformation in the absence of calcium. Refined structure at 2.5 A resolution.
著者: Weiss, M.S. / Schulz, G.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Structure of Porin Refined at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Weiss, M.S. / Schulz, G.E.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Molecular Architecture and Electrostatic Properties of a Bacterial Porin
著者: Weiss, M.S. / Abele, U. / Weckesser, J. / Welte, W. / Schiltz, E. / Schulz, G.E.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1991
タイトル: Primary Structure of Porin from Rhodobacter Capsulatus
著者: Schiltz, E. / Kreusch, A. / Nestel, U. / Schulz, G.E.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1991
タイトル: The Structure of Porin from Rhodobacter Capsulatus at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Weiss, M.S. / Kreusch, A. / Schiltz, E. / Nestel, U. / Welte, W. / Weckesser, J. / Schulz, G.E.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystals of an Integral Membrane Protein Diffracting to 1.8 Angstroms Resolution
著者: Kreusch, A. / Weiss, M.S. / Welte, W. / Weckesser, J. / Schulz, G.E.
#6: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1990
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Porin from Rhodobacter Capsulatus at 3 Angstroms Resolution
著者: Weiss, M.S. / Wacker, T. / Weckesser, J. / Welte, W. / Schulz, G.E.
#7: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989
タイトル: The Structure of Porin from Rhodobacter Capsulatus at 0.6 Nm Resolution
著者: Weiss, M.S. / Wacker, T. / Nestel, U. / Woitzik, D. / Weckesser, J. / Kreutz, W. / Welte, W. / Schulz, G.E.
#8: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Porin from Rhodobacter Capsulatus
著者: Nestel, U. / Wacker, T. / Woitzik, D. / Weckesser, J. / Kreutz, W. / Welte, W.
履歴
登録1992年11月9日処理サイト: BNL
改定 1.01993年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A SIXTEEN-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A SIXTEEN-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED AS A SEVENTEEN-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PORIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9843
ポリマ－31,5551
非ポリマー4292
水1,38777
1
A: PORIN
ヘテロ分子

A: PORIN
ヘテロ分子

A: PORIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9529
ポリマ－94,6663
非ポリマー1,2866
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area10700 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area36200 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.300, 95.300, 146.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Atom site foot note1: RESIDUE 117 IS A CIS PROLINE.
2: RESIDUE 545 HAS NOT BEEN UNAMBIGUOUSLY IDENTIFIED. IT HAS BEEN MODELED AS A DETERGENT N-OCTYLTETRAOXYETHYLENE.
3: FOURTEEN DETERGENT FRAGMENTS HAVE BEEN MODELED AS WATERS (SEE REMARK 5)
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-924-

HOH

21A-952-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PORIN / ポリン (タンパク質)


分子量: 31555.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
参照: UniProt: P31243
#2: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細FOURTEEN DETERGENT FRAGMENTS HAVE BEEN MODELED AS WATERS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.74 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-7 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
3300 mM1dropLiCl
43 mM1dropNaN3
50.6 %(w/v)n-octyltetraoxyethylene1drop
67-10 %(w/v)PEG6001drop
723-30 %(w/v)PEG6001reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. all: 69237 / Num. obs: 16568 / % possible obs: 95.1 % / Rmerge(I) obs: 0.052

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.5→10 Å / Rfactor Rwork: 0.188
詳細: THE AUTHORS REFER TO THIS STRUCTURE AS CRYSTAL FORM-A'. RESIDUE 545 HAS NOT BEEN UNAMBIGUOUSLY IDENTIFIED. IT HAS BEEN MODELED AS A DETERGENT N-OCTYLTETRAOXYETHYLENE.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2219 0 29 77 2325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 16298 / Rfactor obs: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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