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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aui
タイトルSTRUCTURE AND FUNCTION OF THE PORB PORIN FROM DISSEMINATING N. GONORRHOEAE
要素
  • POLY ALA
  • PORIN (PORB)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OUTER MEMBRANE PROTEIN / INFECTION / INVASION
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Porin, Neisseria sp. type / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin ...Porin, Neisseria sp. type / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Porin (PorB)
類似検索 - 構成要素
生物種NEISSERIA GONORRHOEAE (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zeth, K. / Kozjak-Pavlovic, V. / Faulstich, M. / Hurwitz, R. / Kepp, O. / Rudel, T.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structure and Function of the Porb Porin from Disseminating Neisseria Gonorrhoeae.
著者: Zeth, K. / Kozjak-Pavlovic, V. / Faulstich, M. / Fraunholz, M. / Hurwitz, R. / Kepp, O. / Rudel, T.
履歴
登録2012年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22013年1月23日Group: Database references
改定 1.32019年10月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_nat ...entity / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _entity.src_method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 16-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 17-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 16-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 17-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 16-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 17-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PORIN (PORB)
B: PORIN (PORB)
C: PORIN (PORB)
D: POLY ALA
E: POLY ALA
F: POLY ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,41816
ポリマ－109,3036
非ポリマー2,11610
水00
1
A: PORIN (PORB)
B: PORIN (PORB)
C: PORIN (PORB)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,65913
ポリマ－107,5433
非ポリマー2,11610
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9990 Å2
ΔGint-101.6 kcal/mol
Surface area41780 Å2
手法PISA
2
D: POLY ALA


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 587 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5871
ポリマ－5871
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: POLY ALA


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 587 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5871
ポリマ－5871
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
F: POLY ALA


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 587 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5871
ポリマ－5871
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.050, 111.470, 88.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 1:21 OR RESSEQ 26:182 OR RESSEQ 185:214 OR RESSEQ 219:250 OR RESSEQ 257:308 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 1:21 OR RESSEQ 26:182 OR RESSEQ 185:214 OR RESSEQ 219:250 OR RESSEQ 257:308 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 1:21 OR RESSEQ 26:182 OR RESSEQ 185:214 OR RESSEQ 219:250 OR RESSEQ 257:308 )

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要素

#1: タンパク質 PORIN (PORB)


分子量: 35847.633 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) NEISSERIA GONORRHOEAE (淋菌) / 参照: UniProt: Q51056
#2: タンパク質・ペプチド POLY ALA


分子量: 586.638 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) NEISSERIA GONORRHOEAE (淋菌)
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→38 Å / Num. obs: 14044 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 80.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A2R

3a2r
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.2→38.05 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2679 700 5 %
Rwork0.2212 --
obs0.2236 14044 78.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 109.437 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6253 Å2-0 Å2-4.3982 Å2
2---0.0794 Å20 Å2
3----0.546 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→38.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7205 0 124 0 7329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0227906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.93810154
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6442590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1211052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071327
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2266X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2266X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.147
13C2266X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2002-3.44720.42671400.32832703X-RAY DIFFRACTION80
3.4472-3.79380.30181430.25432687X-RAY DIFFRACTION79
3.7938-4.34210.26281380.19292626X-RAY DIFFRACTION78
4.3421-5.4680.24221400.17572663X-RAY DIFFRACTION78
5.468-38.0530.22861390.22892665X-RAY DIFFRACTION77
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.5299 Å / Origin y: -0.3243 Å / Origin z: 29.5565 Å
111213212223313233
T0.2047 Å20.0382 Å2-0.049 Å2-0.2566 Å20.0009 Å2--0.212 Å2
L0.5543 °20.3578 °2-0.0359 °2-1.0885 °2-0.3449 °2--0.5215 °2
S0.075 Å °-0.1292 Å °0.0535 Å °0.279 Å °-0.0997 Å °-0.0645 Å °-0.1121 Å °0.1104 Å °-0.0109 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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