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- PDB-3pnw: Crystal Structure of the tudor domain of human TDRD3 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pnw
タイトルCrystal Structure of the tudor domain of human TDRD3 in complex with an anti-TDRD3 FAB
要素
  • FAB heavy chain
  • FAB light chain
  • Tudor domain-containing protein 3
キーワードPROTEIN BINDING/IMMUNE SYSTEM / FAB / structural genomics consortium / antibody / SGC / PROTEIN BINDING-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase III-beta-TDRD3 complex / DNA topological change / methylated histone binding / chromatin organization / transcription coactivator activity / chromatin binding / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Tudor domain-containing protein 3, UBA domain / RecQ mediated genome instability protein 1, N-terminal / RecQ mediated genome instability protein, N-terminal OB-fold superfamily / RMI1, N-terminal OB-fold domain / Tudor domain / Tudor domain profile. / UBA/TS-N domain / Tudor domain / Tudor domain ...: / Tudor domain-containing protein 3, UBA domain / RecQ mediated genome instability protein 1, N-terminal / RecQ mediated genome instability protein, N-terminal OB-fold superfamily / RMI1, N-terminal OB-fold domain / Tudor domain / Tudor domain profile. / UBA/TS-N domain / Tudor domain / Tudor domain / Ubiquitin associated domain / SH3 type barrels. - #140 / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tudor domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo Sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Loppnau, P. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Lam, R. / Ravichandran, M. / Adams-Cioaba, M.A. / Persson, H. / Sidhu, S.S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Loppnau, P. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Lam, R. / Ravichandran, M. / Adams-Cioaba, M.A. / Persson, H. / Sidhu, S.S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Cossar, D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: CDR-H3 Diversity Is Not Required for Antigen Recognition by Synthetic Antibodies.
著者: Persson, H. / Ye, W. / Wernimont, A. / Adams, J.J. / Koide, A. / Koide, S. / Lam, R. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2010年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月5日Group: Database references
改定 1.32013年1月9日Group: Database references
改定 1.42013年2月20日Group: Database references
改定 1.52013年9月18日Group: Database references
改定 1.62013年9月25日Group: Source and taxonomy
改定 1.72017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.82023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FAB light chain
B: FAB heavy chain
C: Tudor domain-containing protein 3
D: FAB light chain
E: FAB heavy chain
F: Tudor domain-containing protein 3
G: FAB light chain
H: FAB heavy chain
I: Tudor domain-containing protein 3
J: FAB light chain
K: FAB heavy chain
L: Tudor domain-containing protein 3
M: FAB light chain
N: FAB heavy chain
O: Tudor domain-containing protein 3
P: FAB light chain
Q: FAB heavy chain
R: Tudor domain-containing protein 3
S: FAB light chain
T: FAB heavy chain
U: Tudor domain-containing protein 3
V: FAB light chain
W: FAB heavy chain
X: Tudor domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)480,294167
ポリマ－480,29424
非ポリマー0143
水22,9691275
1
A: FAB light chain
B: FAB heavy chain
C: Tudor domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,03724
ポリマ－60,0373
非ポリマー021
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: FAB light chain
E: FAB heavy chain
F: Tudor domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,03720
ポリマ－60,0373
非ポリマー017
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: FAB light chain
H: FAB heavy chain
I: Tudor domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,03729
ポリマ－60,0373
非ポリマー026
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: FAB light chain
K: FAB heavy chain
L: Tudor domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,03716
ポリマ－60,0373
非ポリマー013
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
M: FAB light chain
N: FAB heavy chain
O: Tudor domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,03718
ポリマ－60,0373
非ポリマー015
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
P: FAB light chain
Q: FAB heavy chain
R: Tudor domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,03723
ポリマ－60,0373
非ポリマー020
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
S: FAB light chain
T: FAB heavy chain
U: Tudor domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,03717
ポリマ－60,0373
非ポリマー014
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
V: FAB light chain
W: FAB heavy chain
X: Tudor domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,03720
ポリマ－60,0373
非ポリマー017
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.708, 93.726, 159.932
Angle α, β, γ (deg.)80.960, 82.820, 90.060
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: 抗体
FAB light chain


分子量: 24931.518 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo Sapiens, synthetic construct / プラスミド: pCW-FABV2HIS-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
#2: 抗体
FAB heavy chain


分子量: 26130.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens, synthetic construct / プラスミド: pCW-FABV2HIS-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
#3: タンパク質
Tudor domain-containing protein 3


分子量: 8975.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDRD3 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: Q9H7E2
#4: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 143 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 16% PEG-3350, 0.05M citric acid, 0.05M bis-tris propane, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 266201 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 0.999 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.122.30.414254570.966193.1
2.12-2.212.40.344261050.99195.7
2.21-2.312.40.299265441.011197
2.31-2.432.50.25266991.015197.6
2.43-2.582.50.193267091.021197.7
2.58-2.782.50.15267031.019197.9
2.78-3.062.60.112269531.026198.2
3.06-3.512.60.085269350.979198.6
3.51-4.422.60.065270021.004198.8
4.42-502.60.044270940.955199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 2HFF (modified on FFAS03 server) and 3PMT

2hff

3pmt


解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.285 / WRfactor Rwork: 0.234 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 15.604 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2635 2162 0.812 %thin shells (SFTOOLS)
Rwork0.2233 ---
obs0.224 266095 97.202 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso max: 150.63 Å2 / Biso mean: 45.03 Å2 / Biso min: 24.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.951 Å2-0.248 Å20.076 Å2
2--0.537 Å2-2.489 Å2
3---2.177 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29516 0 143 1275 30934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02230607
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0219833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2671.9441855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.879348541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.10153986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.29424.0151173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.334154503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7491596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.24694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02134555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.761.519677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1751.57966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.338231700
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03310930
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.164.510115
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.10300.326182102015490.354
2.103-2.1600.307186771969694.826
2.16-2.2230.3033990.293180211911696.359
2.223-2.29100.283179831854496.975
2.291-2.36500.272175521800597.484
2.365-2.4480.3233860.261166421745297.57
2.448-2.5400.252164261680997.721
2.54-2.6420.2992960.25155831622697.861
2.642-2.75900.243152241555797.859
2.759-2.8920.2712660.236142321477198.152
2.892-3.04700.228139041414798.282
3.047-3.230.2642000.219129371334498.449
3.23-3.4500.205124261260098.619
3.45-3.7230.2451950.191113061165298.704
3.723-4.0720.2081250.185105561081698.752
4.072-4.54200.1639660975699.016
4.542-5.2240.2291300.1668427863399.12
5.224-6.3510.264840.27234736499.375
6.351-8.7860.356440.2215638571199.492
8.786-300.235370.2393295340297.942
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7135-0.05422.09190.4248-0.02643.71740.27770.2657-0.3136-0.0449-0.0455-0.00570.49610.1549-0.23210.20670.0312-0.01390.1803-0.07390.233520.7112-85.462625.4689
21.59880.1011.33040.39360.19311.6424-0.02960.071-0.12270.02390.00640.0930.0151-0.06880.02320.12170.01150.03150.11750.0060.082919.0732-69.885634.2371
35.1128-1.28081.76994.14741.04645.61460.261-0.3723-0.43950.49620.0581-0.26740.70460.3462-0.31910.32450.0244-0.1290.26450.10890.152641.3551-81.361166.362
41.52630.4334-1.34081.5337-1.19822.66440.14680.03280.30130.2127-0.09790.1402-0.3954-0.0265-0.04890.1864-0.02790.02460.16710.02170.440552.7396-25.648635.0219
51.91830.5887-0.92980.9081-0.61991.20830.0175-0.05420.30960.06930.0298-0.0876-0.0620.0547-0.04730.1355-0.0101-0.010.09070.01330.195454.972-42.928238.5963
68.9910.64080.19454.0736-1.039410.81750.1643-0.90470.44260.86480.13660.4843-0.2568-0.4888-0.30090.4863-0.0130.14910.5331-0.18560.364532.8315-42.217771.795
71.529-0.3070.73560.808-0.03692.81830.02940.3267-0.3365-0.0366-0.01430.04630.2080.0861-0.01510.1696-0.04660.04980.1774-0.08980.267158.9973-84.626325.4648
81.5218-0.1410.67690.48070.30041.8781-0.08260.091-0.13830.05570.00160.09090.0509-0.08970.08110.1455-0.04720.0280.1027-0.0010.099557.8435-68.569534.5565
95.5231-0.20920.31028.09671.9293.50750.2599-0.8666-0.59470.85430.0357-0.8570.5870.3513-0.29570.47170.0563-0.11260.5130.15850.214577.2304-82.035665.3309
100.98030.3574-0.63931.7479-1.43772.95030.00770.10650.27980.083-0.10650.0882-0.30130.0020.09880.14410.0073-0.02990.1614-0.0070.404215.0383-26.30535.0422
111.87740.3113-1.20081.0152-0.76442.1297-0.0499-0.0910.3090.00330.0018-0.1033-0.00210.18280.04810.11260.0075-0.03830.08180.00660.151515.9704-44.411939.0012
129.6694-0.2432-2.46918.1988-1.304910.40170.3281-1.06930.68061.39320.12941.0526-0.8044-0.5202-0.45750.49060.04590.29780.5774-0.1760.3769-3.3584-42.33772.1794
131.65910.2489-2.04640.5962-0.07384.30720.2305-0.31140.3185-0.0511-0.0248-0.0511-0.45880.3006-0.20570.2112-0.01190.0120.1932-0.08230.271759.03014.8896-34.8301
141.827-0.0125-1.26770.45520.38221.8093-0.001-0.09920.1586-0.08770.01060.0881-0.08180.0553-0.00960.14210.0367-0.03990.09560.01740.077157.208-10.6684-43.564
156.51751.4124-3.85723.92810.92446.06170.24390.53170.4679-0.90590.1449-0.4769-0.80840.2209-0.38880.5763-0.07470.17390.40430.06480.353379.80390.515-75.4867
161.38250.1848-1.01460.8205-0.03912.87420.0571-0.270.22870.0862-0.0230.0289-0.2347-0.0295-0.03410.14710.033-0.04720.1869-0.05670.183420.66314.0992-34.9049
171.34370.0918-0.98650.37360.15491.877-0.094-0.03610.0614-0.0142-0.0060.1191-0.0096-0.16170.09990.13840.0057-0.03650.1220.00740.072619.4479-12.0272-44.025
185.32431.7925-0.92895.03741.49485.34040.31930.5210.3686-0.77760.0614-0.5062-0.87030.4781-0.38070.3583-0.01250.09230.28920.07830.155639.26190.7932-75.9955
191.5933-0.771.40561.5905-1.52232.4740.1973-0.0454-0.2799-0.2163-0.14290.17870.39920.011-0.05450.18510.0205-0.03010.15490.0090.354914.5375-54.964-44.7712
201.8814-0.60971.13760.8068-0.56271.23520.00080.0722-0.2918-0.02010.054-0.0926-0.00640.144-0.05480.1174-0.01310.00710.10110.01520.155616.5452-37.5542-48.0271
219.142.12051.26158.29820.1769.32690.17111.191-0.6826-0.76920.18530.70880.3891-0.4342-0.35640.3450.0377-0.20930.4539-0.12220.2904-5.6661-38.3334-81.4471
221.27150.10120.46791.3844-1.18222.2605-0.0421-0.099-0.2747-0.1003-0.05470.02480.2229-0.07010.09680.17320.02690.01840.14660.01230.373853.5826-54.3088-44.5016
231.6621-0.16680.84610.9614-0.69881.6748-0.07160.0405-0.2833-0.0470.0449-0.0949-0.00170.0690.02670.12690.03030.01740.10170.01590.149454.5996-36.2847-48.1297
247.98633.94722.95216.22590.04817.71280.07751.1918-0.3784-1.19770.33961.22870.5155-0.6518-0.41710.5184-0.1225-0.27790.8383-0.00730.389235.6627-38.2592-81.8332
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999
5X-RAY DIFFRACTION5E-10 - 9999
6X-RAY DIFFRACTION6F-10 - 9999
7X-RAY DIFFRACTION7G-10 - 9999
8X-RAY DIFFRACTION8H-10 - 9999
9X-RAY DIFFRACTION9I-10 - 9999
10X-RAY DIFFRACTION10J-10 - 9999
11X-RAY DIFFRACTION11K-10 - 9999
12X-RAY DIFFRACTION12L-10 - 9999
13X-RAY DIFFRACTION13M-10 - 9999
14X-RAY DIFFRACTION14N-10 - 9999
15X-RAY DIFFRACTION15O-10 - 9999
16X-RAY DIFFRACTION16P-10 - 9999
17X-RAY DIFFRACTION17Q-10 - 9999
18X-RAY DIFFRACTION18R-10 - 9999
19X-RAY DIFFRACTION19S-10 - 9999
20X-RAY DIFFRACTION20T-10 - 9999
21X-RAY DIFFRACTION21U-10 - 9999
22X-RAY DIFFRACTION22V-10 - 9999
23X-RAY DIFFRACTION23W-10 - 9999
24X-RAY DIFFRACTION24X-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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