PDB-3pn2: Crystal structure of Arabidopsis thaliana petide deformylase 1B (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pn2

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana petide deformylase 1B (AtPDF1B) (crystallized in PEG-550-MME)

要素

Peptide deformylase 1B, chloroplastic

キーワード

HYDROLASE / peptide deformylase / 1B / PDF / N-terminal excision pathway / NME / induced-fit

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide deformylase / peptide deformylase activity / plastid / chloroplast stroma / chloroplast / translation / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Fieulaine, S. / Meinnel, T. / Giglione, C.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011
タイトル: Trapping conformational States along ligand-binding dynamics of Peptide deformylase: the impact of induced fit on enzyme catalysis.
著者: Fieulaine, S. / Boularot, A. / Artaud, I. / Desmadril, M. / Dardel, F. / Meinnel, T. / Giglione, C.

履歴

登録	2010年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pn2.cif.gz	93.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pn2.ent.gz	70.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pn2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pn2_validation.pdf.gz	429.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pn2_full_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示
XML形式データ	3pn2_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	3pn2_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/3pn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/3pn2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m6oSC 3m6pC 3m6qC 3m6rC 3o3jC 3pn3C 3pn4C 3pn5C 3pn6C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5emv-1 6fjn-d 3uyw-4 3eis-2 3m6r-4 4z9d-4 3pn6-1 6qu8-d 1w0h-d 3m6o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptide deformylase 1B, chloroplastic

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Peptide deformylase 1B, chloroplastic

ヘテロ分子

A: Peptide deformylase 1B, chloroplastic

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
44.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.320, 56.320, 148.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Peptide deformylase 1B, chloroplastic / AtDEF2 / AtPDF1B / PDF 1B / Polypeptide deformylase 分子量: 21976.232 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 83-273 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: DEF2, PDF1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Jm101Tr / 参照: UniProt: Q9FUZ2, peptide deformylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG-550-MME, Zinc sulfate 75mM, 70mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 15978 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / Num. unique all: 4882 / R_sym value: 0.409 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3M6O

3m6o

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 11.985 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25751	841	5 %	RANDOM
R_work	0.20256	-	-	-
obs	0.20525	15978	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.124 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1402	0	6	251	1659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.879	1.989	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.119	5	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.86	24.776	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.519	15	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.567	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.25	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.161	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.231	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.126	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.307	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.069	1.5	932
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.521	2	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.862	3	562
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.16	4.5	486
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.053 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	59	-
R_work	0.246	1136	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -0.4386 Å / Origin y: 15.3112 Å / Origin z: 60.6058 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.2646 Å²	-0.0228 Å²	-0.0161 Å²	-	0.1828 Å²	-0.0828 Å²	-	-	-0.1302 Å²
L	1.2425 °²	0.2396 °²	-0.6115 °²	-	2.0382 °²	-0.3757 °²	-	-	4.1295 °²
S	0.0609 Å °	0.1539 Å °	0.0232 Å °	-0.0908 Å °	-0.2135 Å °	0.1644 Å °	0.0399 Å °	-1.1212 Å °	0.1525 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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