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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pmf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V23A at cryogenic temperature | ||||||
![]() | Thermonuclease | ||||||
![]() | HYDROLASE / Staphylococcal nuclease / hyperstable variant / pdtp / cavity / pressure | ||||||
機能・相同性 | ![]() endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Caro, J.A. / Clark, I. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno E., B. / Heroux, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cavities determine the pressure unfolding of proteins. 著者: Roche, J. / Caro, J.A. / Norberto, D.R. / Barthe, P. / Roumestand, C. / Schlessman, J.L. / Garcia, A.E. / Garcia-Moreno E, B. / Royer, C.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3mehC ![]() 3mhbC ![]() 3mvvC ![]() 3mxpC ![]() 3mz5C ![]() 3nk9C ![]() 3np8C ![]() 3nqtC ![]() 3nxwC ![]() 3osoC ![]() 3r3oC ![]() 20a2S ![]() 3bdcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16115.410 Da / 分子数: 1 / 断片: Deletion UNP residues 126-131 / 変異: V23A, G44F, V45N, P111G, H118L, S122A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-THP / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 22% MPD, 25 mM Potassium Phosphate, Calcium Chloride, pdTp, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 17941 / Num. obs: 17941 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 36.71 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3BDC with all H2Os, Ca2+ and THP removed and the following truncations: H8A, T13A, V23A, Q30A, K64A, T82A, Y113A, V114A, Y115A; all b-factors were reset to 20A2. 解像度: 1.6→32.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.015 / SU ML: 0.055 / SU R Cruickshank DPI: 0.0953 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.234 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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