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万見
- PDB-3pmf: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pmf
タイトルCrystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V23A at cryogenic temperature
要素Thermonuclease
キーワードHYDROLASE / Staphylococcal nuclease / hyperstable variant / pdtp / cavity / pressure
機能・相同性
機能・相同性情報


micrococcal nuclease / : / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE / Thermonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Caro, J.A. / Clark, I. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno E., B. / Heroux, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Cavities determine the pressure unfolding of proteins.
著者: Roche, J. / Caro, J.A. / Norberto, D.R. / Barthe, P. / Roumestand, C. / Schlessman, J.L. / Garcia, A.E. / Garcia-Moreno E, B. / Royer, C.A.
履歴
登録2010年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5583
ポリマ－16,1151
非ポリマー4422
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.090, 60.186, 37.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Thermonuclease


分子量: 16115.410 Da / 分子数: 1 / 断片: Deletion UNP residues 126-131 / 変異: V23A, G44F, V45N, P111G, H118L, S122A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease
#2: 化合物 ChemComp-THP / THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE


タイプ: DNA linking / 分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 22% MPD, 25 mM Potassium Phosphate, Calcium Chloride, pdTp, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 17941 / Num. obs: 17941 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.6-1.635.60.231193.4
1.63-1.665.80.221195.1
1.66-1.6960.21196.3
1.69-1.726.20.187196.3
1.72-1.766.30.163195.5
1.76-1.86.40.141197.2
1.8-1.856.40.123196.4
1.85-1.96.40.109196.6
1.9-1.956.40.099196.8
1.95-2.026.40.088197.6
2.02-2.096.30.079197.3
2.09-2.176.40.07197.5
2.17-2.276.30.069198.1
2.27-2.396.30.064197.8
2.39-2.546.30.061198.1
2.54-2.746.20.056198.4
2.74-3.016.20.053198.5
3.01-3.4560.048198.5
3.45-4.3460.044196
4.34-505.90.047197.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 36.71 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å32.05 Å
Translation2.5 Å32.05 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
DPSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BDC with all H2Os, Ca2+ and THP removed and the following truncations: H8A, T13A, V23A, Q30A, K64A, T82A, Y113A, V114A, Y115A; all b-factors were reset to 20A2.

3bdc

20a2


解像度: 1.6→32.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.015 / SU ML: 0.055 / SU R Cruickshank DPI: 0.0953 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21263 1808 10.1 %RANDOM
Rwork0.17387 ---
obs0.17768 16103 96.85 %-
all-18491 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.234 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å20.8 Å2
2---1.78 Å20 Å2
3---2.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1031 0 26 96 1153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7211.9981511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3365140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.042550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.22815217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.438155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.411.5657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.12821058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2173458
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7514.5447
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 143 -
Rwork0.186 1140 -
obs--92.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.64590.5895-1.18425.7805-0.9346-1.58960.04250.1275-0.2733-0.1749-0.00660.4652-0.0090.0833-0.0360.07630.0128-0.03940.0334-0.01790.10085.954-5.8221-4.4528
20.4891-0.5707-0.30431.65790.73660.3514-0.0123-0.0626-0.05720.01380.0372-0.1098-0.00930.014-0.02490.07580.0156-0.01160.0712-0.00040.057116.5479-3.15414.2352
31.1742-0.451-0.35380.77720.36270.0082-0.077-0.1016-0.01050.08650.0620.0450.03880.04020.0150.09550.0023-0.00710.07470.0104-0.002810.18223.03219.0276
40.9847-0.2572-0.12051.23050.1386-0.0649-0.02920.0366-0.0084-0.01650.03010.0722-0.00360.0109-0.00090.0628-0.0033-0.00240.0672-0.00050.04447.72096.521.6626
51.1166-0.09710.48631.08940.02291.7779-0.0531-0.10440.18760.12920.09180.3382-0.05830.0371-0.03870.05690.01850.05450.0704-0.03170.0969-0.791715.021811.8485
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2A13 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3A37 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4A75 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5A119 - 135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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