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- PDB-3nk9: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V7... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3nk9 | ||||||
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Title | Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V74A at cryogenic temperature | ||||||
![]() | Nuclease A | ||||||
![]() | HYDROLASE / Staphylococcal nuclease / hyperstable variant / pdtp / cavity / pressure | ||||||
Function / homology | ![]() endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Caro, J.A. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno E., B. / Heroux, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Cavities determine the pressure unfolding of proteins. Authors: Roche, J. / Caro, J.A. / Norberto, D.R. / Barthe, P. / Roumestand, C. / Schlessman, J.L. / Garcia, A.E. / Garcia-Moreno E, B. / Royer, C.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 73.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 52.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3mehC ![]() 3mhbC ![]() 3mvvC ![]() 3mxpC ![]() 3mz5C ![]() 3np8C ![]() 3nqtC ![]() 3nxwC ![]() 3osoC ![]() 3pmfC ![]() 3r3oC ![]() 3bdcS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 16115.410 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: G50F, V51N, V74A, P117G, H124L, S128A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-THP / |
#3: Chemical | ChemComp-CA / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 22% MPD, 25 mM Potassium Phosphate, Calcium Chloride, pdTp, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jan 25, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. all: 16836 / Num. obs: 16836 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 22.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 36.16 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3BDC with all H2Os, Ca2+ and THP removed and the following truncations: H8A, T13A, Q30A, K64A, V74A, T82A, Y113A, V114A and Y115A; all b-factors were reset to 20 A^2. Resolution: 1.65→30.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.93 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.1118 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.106 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.894 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→30.22 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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