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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pma | |||||||||
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タイトル | 2.2 Angstrom crystal structure of the complex between Bovine Thrombin and Sucrose Octasulfate | |||||||||
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![]() | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / Protease / thrombosis / fibrinolysis / agonist / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / platelet activation / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wright, H.T. / Scarsdale, J.N. / Desai, B.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Interaction of thrombin with sucrose octasulfate. 著者: Desai, B.J. / Boothello, R.S. / Mehta, A.Y. / Scarsdale, J.N. / Wright, H.T. / Desai, U.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 237.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 191 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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3 | ![]()
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4 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質・ペプチド / タンパク質 / 糖 , 3種, 6分子 ACBD
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3477.845 Da / 分子数: 2 / 断片: Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 29772.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 多糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 257分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 104 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月7日 / 詳細: Rigaku Varimax Confocal optics |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→27.92 Å / Num. all: 38833 / Num. obs: 38745 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.87 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 9.03 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 3775 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1MKX 解像度: 2.2→27.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 11.618 / SU ML: 0.135 Isotropic thermal model: DOMAIN LEVEL TLS, RESIDUAL INDIVIDUAL ISOTROPIC B-FACTORS 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.187 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.323 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→27.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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