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- PDB-3pls: RON in complex with ligand AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pls
タイトルRON in complex with ligand AMP-PNP
要素Macrophage-stimulating protein receptor
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN KINASE / cis autophosphorylation conformation / receptor tyrosine kinase / AMP-PNP / unphosphorylated / single-span transmembrane receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by MST1 / vacuole / single fertilization / phagocytosis / stress fiber / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAP kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / placental growth factor receptor activity / defense response ...Signaling by MST1 / vacuole / single fertilization / phagocytosis / stress fiber / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAP kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / placental growth factor receptor activity / defense response / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / response to virus / cell migration / nervous system development / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / cell surface / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
RON, Sema domain / Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain ...RON, Sema domain / Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin E-set / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Macrophage-stimulating protein receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Wang, J. / Steinbacher, S. / Augustin, M. / Schreiner, P. / Epstein, D. / Mulvihill, M.J. / Crew, A.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: The Crystal Structure of a Constitutively Active Mutant RON Kinase Suggests an Intramolecular Autophosphorylation Hypothesis
著者: Wang, J. / Steinbacher, S. / Augustin, M. / Schreiner, P. / Epstein, D. / Mulvihill, M.J. / Crew, A.P.
履歴
登録2010年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage-stimulating protein receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7793
ポリマ－34,2481
非ポリマー5312
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.631, 98.631, 45.297
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Macrophage-stimulating protein receptor / MSP receptor / CDw136 / Protein-tyrosine kinase 8 / p185-Ron / Macrophage-stimulating protein ...MSP receptor / CDw136 / Protein-tyrosine kinase 8 / p185-Ron / Macrophage-stimulating protein receptor beta chain


分子量: 34248.414 Da / 分子数: 1 / 断片: RON kinase domain residues 1060-1357 / 変異: M1254T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MST1R, PTK8, RON
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q04912, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NATURAL VARIANT S1195G

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG2K and 2mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→98.53 Å / Num. obs: 21232 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / % possible all: 54.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 2.24→49.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 10.041 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2897 1360 6.8 %RANDOM
Rwork0.2313 ---
obs0.2352 20008 94.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.88 Å2 / Biso mean: 52.9698 Å2 / Biso min: 17.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.86 Å20 Å20 Å2
2---3.86 Å20 Å2
3---7.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→49.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 32 50 2493
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2781.9753430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77635324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2145301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.28423.058121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.25115417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2851522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.22365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.21211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21402
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.277
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.060.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2110.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.43121934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4942601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.93732438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.18541179
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5826992
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.301 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 108 -
Rwork0.366 1393 -
all-1501 -
obs--96.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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