[日本語] English
万見
- PDB-3plc: Crystal structure of Beta-Cardiotoxin, a novel three-finger cardi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3plc
タイトルCrystal structure of Beta-Cardiotoxin, a novel three-finger cardiotoxin from the venom of Ophiophagus hannah
要素Beta-cardiotoxin OH-27
キーワードTOXIN / Beta-Cardiotoxin / Beta-sheet / Novel Cardiotoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-cardiotoxin CTX27
類似検索 - 構成要素
生物種Ophiophagus hannah (コブラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Roy, A. / Qingxiang, S. / Kini, R.M. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Identification of a alpha-helical molten globule intermediate and structural characterization of beta-cardiotoxin, an all beta-sheet protein isolated from the venom of Ophiophagus hannah (king cobra).
著者: Roy, A. / Qingxiang, S. / Alex, C. / Rajagopalan, N. / Jobichen, C. / Sivaraman, J. / Kini, R.M.
履歴
登録2010年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_detector / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-cardiotoxin OH-27
B: Beta-cardiotoxin OH-27
C: Beta-cardiotoxin OH-27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0943
ポリマ－21,0943
非ポリマー00
水00
1
A: Beta-cardiotoxin OH-27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0311
ポリマ－7,0311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-cardiotoxin OH-27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0311
ポリマ－7,0311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-cardiotoxin OH-27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0311
ポリマ－7,0311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.949, 58.949, 53.026
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 26
2114B1 - 26
3114C1 - 26
1214A36 - 70
2214B36 - 70
3214C36 - 70

-
要素

#1: タンパク質 Beta-cardiotoxin OH-27


分子量: 7031.463 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ophiophagus hannah (コブラ) / 組織: venom gland / 参照: UniProt: Q69CK0
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 % / Mosaicity: 1.195 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% (w/v) PEG 1500, Spermidine additive, pH 7, vapour diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker AXIOM 200 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.486
11-H-K, K, -L20.514
反射解像度: 2.41→50.01 Å / Num. obs: 7999 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Χ2: 0.517 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.41-2.58.90.4847840.34196
2.5-2.611.10.4197860.3771100
2.6-2.7111.30.3388110.4181100
2.71-2.8611.30.2818020.471100
2.86-3.0411.30.2328010.4931100
3.04-3.2711.50.188100.5441100
3.27-3.611.40.1518040.5621100
3.6-4.1211.40.1278030.6111100
4.12-5.1911.20.1097890.6371100
5.19-5011.30.0948090.673199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KXI

1kxi


解像度: 2.41→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / WRfactor Rfree: 0.2626 / WRfactor Rwork: 0.2365 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7801 / SU B: 24.032 / SU ML: 0.219 / SU R Cruickshank DPI: 0.0975 / SU Rfree: 0.0587 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2666 787 9.9 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.2373 7983 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.47 Å2 / Biso mean: 45.967 Å2 / Biso min: 5.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.93 Å20 Å20 Å2
2---9.93 Å20 Å2
3---19.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1293 0 0 0 1293
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221319
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8962.0321789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6755166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77525.94637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.53115261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.035156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1691.5865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.12321426
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1463454
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7124.5363
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 398 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.370.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.370.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.370.5
1AMEDIUM THERMAL1.592
2BMEDIUM THERMAL1.882
3CMEDIUM THERMAL1.882
LS精密化 シェル解像度: 2.406→2.468 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 68 -
Rwork0.252 510 -
all-578 -
obs--95.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.29571.04620.18952.75540.44323.33120.0705-0.12470.12860.048-0.09060.04370.0652-0.18310.020.2568-0.02540.00820.23340.02490.0948-6.4283.753-0.086
25.1601-0.1412-0.4922.33951.70053.5432-0.06280.02480.017-0.1380.03980.1611-0.20940.08490.0230.271-0.0187-0.01180.21940.0570.120824.264-21.379-11.979
32.0927-0.13770.34671.1095-0.06842.7637-0.07720.0888-0.0764-0.187-0.0428-0.02390.0732-0.09990.11990.19010.0038-0.00640.2640.00380.10386.582-34.934-20.319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 62

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る