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- PDB-3pl9: Crystal structure of spinach minor light-harvesting complex CP29 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pl9
タイトルCrystal structure of spinach minor light-harvesting complex CP29 at 2.80 angstrom resolution
要素Chlorophyll A-B binding protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / CP29 / Chlorophyll A-B binding protein / light-harvesting complex / membrane protein / plant / chloroplast / thylakoid / photosystem II
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / phosphoprotein binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / Chem-LUT / Chem-NEX / Chem-XAT / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pan, X.W. / Li, M. / Wan, T. / Wang, L.F. / Jia, C.J. / Hou, Z.Q. / Zhao, X.L. / Zhang, J.P. / Chang, W.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural insights into energy regulation of light-harvesting complex CP29 from spinach.
著者: Pan, X. / Li, M. / Wan, T. / Wang, L. / Jia, C. / Hou, Z. / Zhao, X. / Zhang, J. / Chang, W.
履歴
登録2010年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年5月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.22020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorophyll A-B binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,93820
ポリマ－26,7351
非ポリマー14,20319
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.793, 68.793, 425.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 Chlorophyll A-B binding protein


分子量: 26735.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: F2Z293*PLUS
#8: 糖 ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE / heptyl 1-thio-beta-D-glucoside / heptyl 1-thio-D-glucoside / heptyl 1-thio-glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O5S / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 7種, 96分子

#2: 化合物
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#3: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#4: 化合物 ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#5: 化合物 ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#6: 化合物 ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#7: 化合物 ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES, pH 6.5, 2.80% (w/v) HTG, 19% (w/v) PEG 1000, 0.1M sodium chloride, 0.19M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.99985 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月15日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 15959 / Num. obs: 14714 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 627 / % possible all: 40.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→42.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 3581533.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 750 5.1 %RANDOM
Rwork0.282 ---
all0.283 15827 --
obs0.282 14624 92.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.4318 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å20 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3----1.86 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.48 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 1021 79 2317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.472.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 66 4.8 %
Rwork0.368 1297 -
obs-1363 53.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2prosthetic_lut_vio-htg-g3p-cp29-renumber-020.papramprosthetic_lut_vio-htg-g3p-cp29-renumber-020.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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