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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pkz | ||||||
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タイトル | Structural basis for catalytic activation of a serine recombinase | ||||||
要素 | Recombinase Sin | ||||||
キーワード | RECOMBINATION / small serine recombinase / resolvase / DNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Keenholtz, R.A. / Boocock, M.R. / Rowland, S.J. / Stark, W.M. / Rice, P.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2011 タイトル: Structural basis for catalytic activation of a serine recombinase. 著者: Keenholtz, R.A. / Rowland, S.J. / Boocock, M.R. / Stark, W.M. / Rice, P.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pkz.cif.gz | 617 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pkz.ent.gz | 517.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pkz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/3pkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/3pkz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14378.721 Da / 分子数: 12 / 断片: Sin resolvase catalytic domain (UNP residues 1-124) / 変異: R54E, Q115R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: sin, SAP013A_018, SAP095A_006, SAP096A_020 / プラスミド: pSA1162 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: D2J612, UniProt: P20384*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.8M Ammonium Sulfate, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol, 5% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | モノクロメーター: Si220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 156340 / Num. obs: 140384 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 5.9 / Observed criterion σ(I): 170.6 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.966 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique all: 7798 / Rsym value: 0.825 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→41.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 6.939 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.085 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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