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万見
- PDB-5c32: Constitutively active Sin recombinase cataltyic domain - I100T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c32
タイトルConstitutively active Sin recombinase cataltyic domain - I100T
要素Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Serine recombinase / Site specific recombinase / Conformational flexibility
機能・相同性
機能・相同性情報


transposition / DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Resolvase, N-terminal catalytic domain / Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / : / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily ...Resolvase, N-terminal catalytic domain / Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / : / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.053 Å
データ登録者Trejo, C.S. / Rice, P.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)T32EB009412 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM086826 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM078450 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Snapshots of a molecular swivel in action
著者: Trejo, C.S. / Rock, R.S. / Star, W.M. / Boocock, M.R. / Rice, P.A.
履歴
登録2015年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3
D: Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3
A: Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3
C: Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9988
ポリマ－60,6134
非ポリマー3844
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area23900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.774, 114.194, 146.352
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Putative transposon Tn552 DNA-invertase bin3


分子量: 15153.356 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-128 / 変異: R54E, I100T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: bin3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20384
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10mM DTT, 50mM HEPES, pH7.0, 1.77M AmSO4, 13% PEG400, 5% propylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.8 % / 数: 322647 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Χ2: 1.61 / D res high: 1.94 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 47385 / % possible obs: 89.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.265010.0964.97613.2
4.185.2610.2291.99613.9
3.654.1810.7141.32214.4
3.323.6510.98214.5
3.083.3210.86213.8
2.93.0810.81210.8
2.752.910.7926.7
2.632.7510.9643.6
2.532.6310.6872.7
2.442.5310.6913.1
2.372.4410.723.3
2.32.3710.6843.4
2.242.311.9123.4
2.182.2410.6963.4
2.142.1810.73.2
2.092.1410.7513.1
2.052.0912.2432.9
2.012.0510.6922.5
1.972.0110.642.2
1.941.9710.6881.4
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 47385 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 120.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 1.624 / Net I/av σ(I): 1.17 / Net I/σ(I): 2.7 / Num. measured all: 322840
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allCC1/2Rpim(I) allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.94-1.971.44490.68717.2
1.97-2.012.221090.63980.3
2.01-2.052.522390.69285.4
2.05-2.092.923372.23688.90.028
2.09-2.143.123540.7590.2
2.14-2.183.223720.790.7
2.18-2.243.424510.69692.70.532
2.24-2.33.424431.9292.50.532
2.3-2.373.424050.68491.30.035
2.37-2.443.323740.7290.80.035
2.44-2.533.123190.69187.60.035
2.53-2.632.722250.68783.70.035
2.63-2.753.624690.96493.60.035
2.75-2.96.726090.79299.30.035
2.9-3.0810.826770.8121000.035
3.08-3.3213.826460.8621000.266
3.32-3.6514.526870.9821000.8180.582
3.65-4.1814.426891.3231000.970.1940.7150.741
4.18-5.2613.927152.0121000.9930.0640.230.239
5.26-5013.328165.06199.50.9980.0280.0970.101

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)位相決定
精密化解像度: 3.053→40.27 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3143 2514 9.97 %
Rwork0.2614 22698 -
obs0.2668 25212 97.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 316.81 Å2 / Biso mean: 156.1967 Å2 / Biso min: 66.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.053→40.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3995 0 20 0 4015
Biso mean--118.88 --
残基数----492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034053
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5065435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.071599
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0532-3.11190.419910.419484393466
3.1119-3.17540.44321410.41231251139298
3.1754-3.24440.39911480.418813101458100
3.2444-3.31980.43161380.375112731411100
3.3198-3.40280.38971420.364712761418100
3.4028-3.49480.40841420.36712871429100
3.4948-3.59750.35851400.336912881428100
3.5975-3.71360.37951420.33713081450100
3.7136-3.84620.39571390.314512851424100
3.8462-4.00010.34971390.312212791418100
4.0001-4.18190.30131480.28513201468100
4.1819-4.40220.35881430.278412811424100
4.4022-4.67760.33111420.268112701412100
4.6776-5.03810.26711490.240312911440100
5.0381-5.5440.2971420.248212711413100
5.544-6.34350.35671450.279512941439100
6.3435-7.98190.33091400.24912871427100
7.9819-40.27360.2421430.17721284142799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.76031.83820.26250.9530.08071.48931.1269-0.1276-0.86361.4199-0.40611.47260.568-0.96630.00891.6064-0.3793-0.02491.08510.22731.8015-21.8354-47.794122.2264
22.7032-0.1870.18330.225-0.54551.2481-0.21181.1359-0.2002-1.26451.18172.558-1.1761.61810.17231.3076-0.4451-0.08450.82210.06321.4054-8.2385-43.322417.1876
31.6799-0.73260.69633.16284.15566.5266-0.53652.2548-0.8199-0.07670.9945-0.40691.04532.3220.02021.29360.3157-0.12432.1759-1.08541.532815.3072-57.064814.4819
42.3508-2.2338-1.50841.9491.24530.87380.16290.56840.0256-0.36980.6955-0.37480.0129-1.1790.00021.3865-0.1148-0.17921.4667-0.10980.96043.4329-46.686316.1507
56.7474-4.01470.10913.6381-1.09957.84430.63391.4595-0.1246-0.1141-0.8486-0.0315-0.42761.5402-0.01310.8558-0.0384-0.17131.68820.50651.0047-12.7683-27.9455-2.5576
66.36560.973-6.18723.08730.79592.15351.88970.4916-0.5012-0.2260.6090.5655-1.0795-0.26692.44061.1013-0.217-1.10181.98970.03581.3872-4.6893-36.35718.7508
78.448-0.497-2.29298.972.93949.3547-0.35750.69421.08510.44880.58210.1006-0.7470.7345-0.00620.942-0.3261-0.010.7484-0.05741.008812.2925-26.336128.8038
84.3836-2.3887-0.35563.15111.21042.8542-0.68593.06820.3196-1.01810.06370.3020.8901-0.644-0.0760.8791-0.3466-0.24651.40520.04311.08193.7348-35.229420.1147
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 101)B1 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 102 through 126 )B102 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 1 through 96)D1 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 102 through 127 )D102 - 127
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1 through 94)A1 - 94
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 102 through 125 )A102 - 125
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 101 )C1 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 102 through 126 )C102 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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