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万見
- PDB-3pky: Polymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pky
タイトルPolymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D in complex with DNA, UTP and Manganese.
要素
  • DNA 5'-D(*G*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*CP*G)-3'
  • DNA 5'-D(P*GP*CP*GP*GP*C)-3'
  • Putative DNA ligase-like protein
キーワードTRANSFERASE/DNA / protein-DNA complex / transferase-DNA complex / Nucleotide-binding / polymerase / primase / transferase / NHEJ
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ribonucleotide binding / DNA ligase activity / DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / DNA ligation / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA primase activity / DNA replication, synthesis of primer / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...: / ribonucleotide binding / DNA ligase activity / DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / DNA ligation / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA primase activity / DNA replication, synthesis of primer / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / manganese ion binding / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / magnesium ion binding / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3300 / LigD polymerase domain, MtLigD-type / DNA ligase D, ligase domain / LigD, primase-polymerase domain / DNA ligase D, polymerase domain / DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA polymerase Ligase (LigD) / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / ATP-dependent DNA ligase family profile. ...Alpha-Beta Plaits - #3300 / LigD polymerase domain, MtLigD-type / DNA ligase D, ligase domain / LigD, primase-polymerase domain / DNA ligase D, polymerase domain / DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA polymerase Ligase (LigD) / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Multifunctional non-homologous end joining DNA repair protein LigD / Multifunctional non-homologous end joining DNA repair protein LigD
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Brissett, N.C. / Fox, G.C. / Pitcher, R.S. / Doherty, A.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: Structure of a Preternary Complex Involving a Prokaryotic NHEJ DNA Polymerase.
著者: Brissett, N.C. / Martin, M.J. / Pitcher, R.S. / Bianchi, J. / Juarez, R. / Green, A.J. / Fox, G.C. / Blanco, L. / Doherty, A.J.
履歴
登録2010年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative DNA ligase-like protein
B: Putative DNA ligase-like protein
C: DNA 5'-D(P*GP*CP*GP*GP*C)-3'
D: DNA 5'-D(*G*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,30610
ポリマ－71,1184
非ポリマー1,1886
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)145.711, 145.711, 44.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114B6 - 290
2114A6 - 290

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative DNA ligase-like protein


分子量: 32825.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: MT0965, MTCY08D9.01c, MTCY10D7.36c, Rv0938 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P71571, UniProt: P9WNV3*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA 5'-D(P*GP*CP*GP*GP*C)-3'


分子量: 1521.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA 5'-D(*G*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*GP*CP*AP*CP*G)-3'


分子量: 3946.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 53分子

#4: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20%(w/v)PEG 3350, 0.2 M Ammonium chloride, 10mM MnCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.57 Å / Num. obs: 17593 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rsym value: 0.161 / Χ2: 1.414 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.1-3.214.40.67917301.05697.5
3.21-3.345.60.56917001.16899.9
3.34-3.4960.40917661.206100
3.49-3.6860.31217511.244100
3.68-3.915.90.2417461.40899.9
3.91-4.215.80.1817491.353100
4.21-4.635.60.13617761.48399.9
4.63-5.35.50.11917521.54299.9
5.3-6.675.60.11218111.55599.9
6.67-504.90.08118122.13497.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 41.13 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å38.26 Å
Translation4 Å38.26 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→48.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / WRfactor Rfree: 0.243 / WRfactor Rwork: 0.191 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8242 / SU B: 37 / SU ML: 0.32 / SU R Cruickshank DPI: 0.3502 / SU Rfree: 0.415 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 897 5.1 %RANDOM
Rwork0.1907 ---
obs0.1936 17577 99.32 %-
all-16680 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 162.99 Å2 / Biso mean: 71.3414 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4377 209 62 47 4695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2972.0376567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1055571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.32422.678183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.12215698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.051542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3881.52865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73824622
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.01231905
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8314.51945
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 2172 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.210.5
MEDIUM THERMAL0.182
LS精密化 シェル解像度: 3.098→3.179 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 68 -
Rwork0.285 1192 -
all-1260 -
obs--96.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.750.55081.04583.6641.11893.7442-0.1212-0.0457-0.0235-0.15980.1280.1876-0.17840.1814-0.00680.017-0.0191-0.01940.04860.05150.07447.12160.1951.579
23.55520.48441.06742.72290.94964.10590.1243-0.11730.2102-0.0506-0.1206-0.00030.1948-0.1641-0.00360.045-0.01730.04950.0147-0.02040.079312.58825.694-9.623
312.88988.3703-2.75915.9352-3.31655.3361-0.6818-0.12060.0831-0.7355-0.481-0.27941.07331.10581.16280.35730.14980.08410.53560.08140.700827.2541.699-11.652
42.37233.5322-1.877310.90190.523.4469-0.5536-0.5565-0.09750.49120.03560.46371.19020.93280.5180.49470.28550.0950.3949-0.05250.643531.1546.2634.193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 290
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 290
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 303
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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