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万見
- PDB-3pkn: Crystal structure of MLLE domain of poly(A) binding protein in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pkn
タイトルCrystal structure of MLLE domain of poly(A) binding protein in complex with PAM2 motif of La-related protein 4 (LARP4)
要素
  • La-related protein 4
  • Polyadenylate-binding protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / All helical domain / La-related protein 4
機能・相同性
機能・相同性情報


mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / translation activator activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / Deadenylation of mRNA / positive regulation of cytoplasmic translation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / poly(A) binding ...mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / translation activator activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / Deadenylation of mRNA / positive regulation of cytoplasmic translation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / poly(A) binding / regulation of cell morphogenesis / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / mRNA stabilization / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / post-transcriptional regulation of gene expression / Translation initiation complex formation / cell leading edge / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of viral genome replication / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cytoskeleton organization / catalytic step 2 spliceosome / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / mRNA splicing, via spliceosome / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / lamellipodium / ribonucleoprotein complex / translation / focal adhesion / mRNA binding / RNA binding / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LARP4, RNA recognition motif / c-terminal domain of poly(a) binding protein / c-terminal domain of poly(a) binding protein / : / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain ...LARP4, RNA recognition motif / c-terminal domain of poly(a) binding protein / c-terminal domain of poly(a) binding protein / : / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / Poly-adenylate binding protein, unique domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Polyadenylate-binding protein 1 / La-related protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Xie, J. / Kozlov, G. / Gehring, K.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2011
タイトル: La-Related Protein 4 Binds Poly(A), Interacts with the Poly(A)-Binding Protein MLLE Domain via a Variant PAM2w Motif, and Can Promote mRNA Stability.
著者: Yang, R. / Gaidamakov, S.A. / Xie, J. / Lee, J. / Martino, L. / Kozlov, G. / Crawford, A.K. / Russo, A.N. / Conte, M.R. / Gehring, K. / Maraia, R.J.
履歴
登録2010年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyadenylate-binding protein 1
B: La-related protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1874
ポリマ－10,9642
非ポリマー2232
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area5510 Å2
手法PISA
2
A: Polyadenylate-binding protein 1
B: La-related protein 4
ヘテロ分子

A: Polyadenylate-binding protein 1
B: La-related protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3738
ポリマ－21,9274
非ポリマー4464
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4340 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area9880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.910, 31.384, 52.647
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Polyadenylate-binding protein 1 / PABP-1 / Poly(A)-binding protein 1


分子量: 9421.909 Da / 分子数: 1 / 断片: MLLE domain (UNP residues 544-626) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PABPC1, PAB1, PABP1, PABPC2 / プラスミド: pGEX 6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P11940
#2: タンパク質・ペプチド La-related protein 4 / La ribonucleoprotein domain family member 4


分子量: 1541.725 Da / 分子数: 1 / 断片: PABP-binding region (UNP residues 13-26) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized peptide / 参照: UniProt: Q71RC2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.25 M potassium iodide, 1.9 M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 6954 / Num. obs: 6871 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KUS

3kus


解像度: 1.8→50.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 7.329 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26933 335 4.6 %RANDOM
Rwork0.22479 ---
all0.227 6954 --
obs0.22683 6871 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.608 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å22.44 Å2
2---1.42 Å20 Å2
3---1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数691 0 6 42 739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1131.999964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.252590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.65326.78628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.70515133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.305152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02509
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.290.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1020.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5861.5461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8892732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6773264
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6414.5231
LS精密化 シェル解像度: 1.796→1.842 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.491 11 -
Rwork0.251 405 -
obs--80 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.25412.1239.54962.65262.347119.6879-0.0725-0.0473-0.2074-0.0210.14610.22380.1886-0.376-0.0737-0.0010.01560.00070.0095-0.01810.04391.6789-9.624710.9066
29.2918-2.0348-5.99095.34226.188723.0041-0.19520.1366-0.3670.04840.07870.11220.61640.02780.11640.0228-0.0078-0.01260.0086-0.00160.0829-4.3795-4.706511.1324
31.79660.3632-2.1051.24380.93485.6609-0.0317-0.1221-0.0738-0.1713-0.02680.0278-0.36750.14220.05850.0427-0.0033-0.0240.05360.00070.0238-9.65767.159317.2392
47.0804-2.1263-0.62345.2398-3.06337.22-0.09080.02090.3735-0.20710.281-0.3357-0.35620.2806-0.19010.0231-0.07740.03830.0356-0.06530.06662.64832.750812.2846
511.4768-10.41818.852613.4215-10.546910.31960.01520.29770.1423-0.2775-0.00410.04590.08490.0246-0.01120.0944-0.07340.01410.0614-0.01130.0328-4.595414.996414.9648
614.40098.9471-6.053623.9897-3.8443.5008-0.30540.3083-0.1686-1.4495-0.033-0.4436-0.3094-0.17640.33830.12130.0316-0.06540.027-0.0372-0.0594-8.740210.61125.8433
77.98414.4543-5.301311.0322-11.009516.5420.2484-0.028-0.2657-0.050.11260.68720.6707-0.8103-0.3610.02-0.0425-0.02990.0409-0.05990.0803-13.331-1.412912.7247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A544 - 556
2X-RAY DIFFRACTION2A557 - 565
3X-RAY DIFFRACTION3A566 - 585
4X-RAY DIFFRACTION4A586 - 597
5X-RAY DIFFRACTION5A598 - 622
6X-RAY DIFFRACTION6B15 - 21
7X-RAY DIFFRACTION7B22 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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