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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pk8 | ||||||
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タイトル | Urate oxidase under 0.5 MPa / 5 bars pressure of nitrous oxide | ||||||
![]() | Uricase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / T-fold / Oxidase / Peroxisome / tetramer / uric acid degradation | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marassio, G. / Colloc'h, N. / Prange, T. / Abraini, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Pressure-response analysis of anesthetic gases xenon and nitrous oxide on urate oxidase: a crystallographic study. 著者: Marassio, G. / Prange, T. / David, H.N. / Sopkova-de Oliveira Santos, J. / Gabison, L. / Delcroix, N. / Abraini, J.H. / Colloc'h, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 78.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3pjkC ![]() 3pk3C ![]() 3pk4C ![]() 3pk5C ![]() 3pk6C ![]() 3pkfC ![]() 3pkgC ![]() 3pkhC ![]() 3pkkC ![]() 3pklC ![]() 3pksC ![]() 3pktC ![]() 3pkuC ![]() 3pleC ![]() 3plgC ![]() 3plhC ![]() 3pliC ![]() 3pljC ![]() 3plmC ![]() 2ibaS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-AZA / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.77 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 8.5 詳細: 10-15 mg.ml-1 Urate oxidase, 2 mg.ml-1 8-azaxanthine, 50 mM Tris/HCl pH 8.5, 5-8 % PEG 8000, 0-0.05 M NaCl, BATCH, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月17日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 49385 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: RIGID BODY 開始モデル: PDB entry 2IBA 解像度: 1.65→19.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.43 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.739 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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