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万見
- PDB-3pjv: Structure of Pseudomonas fluorescence LapD periplasmic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pjv
タイトルStructure of Pseudomonas fluorescence LapD periplasmic domain
要素Cyclic dimeric GMP binding protein
キーワードLYASE / binding protein / LapG
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / nucleotide binding / signal transduction / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Translation Initiation Factor IF3 - #200 / LapD/MoxY periplasmic domain / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / LapD/MoxY, periplasmic domain / LapD/MoxY periplasmic domain, C-terminal / LapD/MoxY periplasmic domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily ...Translation Initiation Factor IF3 - #200 / LapD/MoxY periplasmic domain / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / LapD/MoxY, periplasmic domain / LapD/MoxY periplasmic domain, C-terminal / LapD/MoxY periplasmic domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Translation Initiation Factor IF3 / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Other non-globular / Nucleotide cyclase / Special / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Diguanylate cyclase/phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7727 Å
データ登録者Sondermann, H. / Navarro, M.V.A.S. / Chatterjee, D.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for c-di-GMP-Mediated Inside-Out Signaling Controlling Periplasmic Proteolysis.
著者: Navarro, M.V. / Newell, P.D. / Krasteva, P.V. / Chatterjee, D. / Madden, D.R. / O'Toole, G.A. / Sondermann, H.
履歴
登録2010年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Cyclic dimeric GMP binding protein
F: Cyclic dimeric GMP binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5152
ポリマ－28,5152
非ポリマー00
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.488, 71.408, 110.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cyclic dimeric GMP binding protein


分子量: 14257.615 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 22-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: Pf0-1 / 遺伝子: lapD, Pfl01_0131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3KK31
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22% PEG monomethyl ether 2,000, 0.15 M Potassium bromide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9769 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9769 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7727→30.08 Å / Num. obs: 32517 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.7727→1.83 Å / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7727→30.08 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.34 / 位相誤差: 22.94 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 2000 6.31 %
Rwork0.2026 --
obs0.204 31705 97.18 %
all-32680 -
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.627 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.6109 Å2-0 Å20 Å2
2---9.5214 Å20 Å2
3---0.9105 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7727→30.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1945 0 0 304 2249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9742785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.225737
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004358
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7727-1.8170.32851260.28861869X-RAY DIFFRACTION87
1.817-1.86610.321340.27181985X-RAY DIFFRACTION93
1.8661-1.9210.27361360.24692027X-RAY DIFFRACTION94
1.921-1.9830.20621390.21152067X-RAY DIFFRACTION96
1.983-2.05390.25031440.20512133X-RAY DIFFRACTION99
2.0539-2.13610.2331420.2042111X-RAY DIFFRACTION99
2.1361-2.23330.22671450.20692152X-RAY DIFFRACTION99
2.2333-2.3510.21921430.19282129X-RAY DIFFRACTION99
2.351-2.49820.21891450.20452141X-RAY DIFFRACTION99
2.4982-2.6910.25541450.20352161X-RAY DIFFRACTION99
2.691-2.96160.24221480.2082198X-RAY DIFFRACTION99
2.9616-3.38970.22511460.20932184X-RAY DIFFRACTION100
3.3897-4.26870.20271510.17922232X-RAY DIFFRACTION100
4.2687-30.08440.20291560.19832316X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76520.5031-0.06061.73270.44830.93790.0932-0.25360.05420.1664-0.18230.14530.0772-0.20.08030.10380.00720.0150.10780.01640.108425.74543.75663.5379
21.01830.1358-0.20093.2328-0.29940.51170.07720.0634-0.2709-0.0951-0.1704-0.9266-00.03060.10540.0904-0.01350.02840.10120.02270.205537.412744.897261.1383
30.3288-0.0743-0.19940.39760.63511.0125-0.37410.0118-0.0848-0.03970.07340.3561-0.0512-0.12230.28490.28330.07430.04590.16630.00940.25128.091117.543966.6853
40.4998-0.0986-0.12740.3851-0.11240.0541-0.14540.1417-0.08990.33150.02850.01310.469-0.04790.16830.26420.04350.03160.2411-0.01280.133512.401235.759990.6582
51.4433-0.924-1.70421.26181.33621.559-0.14160.05120.41350.19020.2076-0.35130.3234-0.1525-0.05040.11650.03120.03070.14740.02850.148724.952826.767771.1629
61.0955-0.5744-1.0051.54420.07842.24910.19340.09680.3154-0.04740.012-0.2109-0.1011-0.0155-0.17070.12960.0022-0.00020.1207-0.02370.081619.134233.694776.9802
71.4275-0.5388-0.68110.3085-0.00531.8803-0.18730.2857-0.2848-0.02140.0216-0.03620.2999-0.5270.21670.1928-0.02230.05110.1986-0.00470.076311.233827.501377.6095
81.15391.20380.40111.53780.64810.30590.08380.0833-0.23050.21160.0617-0.32330.0326-0.0033-0.15980.1455-0.0135-0.03270.1311-0.02410.162920.406629.265950.5538
91.45560.55350.50590.20220.10421.59690.17040.1424-0.28470.15390.0364-0.7222-0.38370.1425-0.2490.2663-0.0416-0.05790.12930.00650.205733.57159.743164.1806
100.0977-0.22140.21641.17880.03141.16260.0926-0.0013-0.11380.0809-0.0191-0.27750.1876-0.1371-0.06340.0583-0.0209-0.00550.03730.01940.006422.268735.781758.7191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain D and resid 24:71)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain D and resid 72:95)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain D and resid 100:114)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 115:126)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain D and resid 127:150)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resid 24:74)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain F and resid 75:99)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain F and resid 100:116)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain F and resid 117:126)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain F and resid 127:150)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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