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- PDB-3pij: beta-fructofuranosidase from Bifidobacterium longum - complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pij
タイトルbeta-fructofuranosidase from Bifidobacterium longum - complex with fructose
要素Beta-fructofuranosidase
キーワードHYDROLASE / five-bladed beta-propeller and beta-sandwich domains / glycoside hydrolase family 32 / PROBIOTIC BACTERIA / fructose
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-fructofuranosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Exo-inulinase; domain 1 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller ...: / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Exo-inulinase; domain 1 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-fructofuranose / beta-fructofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bujacz, A. / Bujacz, G. / Redzynia, I. / Krzepkowska-Jedrzejczak, M. / Bielecki, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of the apo form of beta-fructofuranosidase from Bifidobacterium longum and its complex with fructose
著者: Bujacz, A. / Jedrzejczak-Krzepkowska, M. / Bielecki, S. / Redzynia, I. / Bujacz, G.
履歴
登録2010年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-fructofuranosidase
B: Beta-fructofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,8699
ポリマ－118,3322
非ポリマー5387
水17,817989
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area36870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.765, 86.765, 223.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Beta-fructofuranosidase


分子量: 59165.793 Da / 分子数: 2 / 断片: fructofuranosidase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (バクテリア)
株: KN29.1 / 遺伝子: EF216677 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star / 参照: UniProt: A2TLS9, beta-fructofuranosidase
#2: 糖 ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 断片: fructose / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 989 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: 0.4M ammonium chloride, 18% PEG 3350, 0.1M MES pH 7.0, protein concentration 11 mg/ml , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月23日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI 111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28.4 Å / Num. obs: 84167 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.5.0091精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0091位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3PIG

3pig


解像度: 1.8→28.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.013 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1683 2 %RANDOM
Rwork0.153 ---
obs0.154 82477 92.1 %-
all-84167 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.933 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20.18 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8295 0 29 989 9313
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0218638
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7271.93111759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.32351073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26824.197436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.669151361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5831549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.21202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0216819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0231.55237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64528417
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.85433401
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1734.53329
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 70 -
Rwork0.242 3401 -
obs--51.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42170.0606-0.05230.7070.04730.93060.0144-0.02740.07150.03110.0083-0.0057-0.07360.0119-0.02270.00950.00630.00750.03110.01090.03432.050351.140789.7902
20.6531-0.107-0.09750.55660.12781.25370.00820.0563-0.0855-0.04240.0088-0.04450.15720.0757-0.0170.02650.01210.00080.04270.01090.038834.867134.813264.9671
30.51930.1395-0.07570.4944-0.00750.78890.02390.08710.0364-0.1062-0.0008-0.0384-0.02490.0586-0.02320.05790.03680.01430.06980.02380.059728.132448.448323.7228
40.95040.04530.1110.47860.1021.26080.0214-0.01210.02790.0179-0.0280.08620.0068-0.0970.00670.00550.00260.00620.03590.02550.048914.491644.667549.0529
50.6191-0.15210.23430.151-0.08430.0950.0284-0.0187-0.02110.0012-0.0090.00080.0118-0.0075-0.01950.07270.00660.03810.08140.01020.120428.296248.649559.4123
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 363
2X-RAY DIFFRACTION2A364 - 523
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 363
4X-RAY DIFFRACTION4B364 - 526
5X-RAY DIFFRACTION5A527
6X-RAY DIFFRACTION5B527

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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