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- PDB-3phg: Crystal structure of the Shikimate 5-Dehydrogenase (aroE) from He... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3phg
タイトルCrystal structure of the Shikimate 5-Dehydrogenase (aroE) from Helicobacter pylori
要素Shikimate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / shikimate dehydrogenase / shikimate pathway / Helicobacter pylori / alpha/beta domain / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Shikimate dehydrogenase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Cheng, W.C. / Lin, S.C. / Wang, W.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Shikimate 5-Dehydrogenase (aroE) from Helicobacter pylori
著者: Cheng, W.C. / Lin, S.C. / Wang, W.C.
履歴
登録2010年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Shikimate dehydrogenase
B: Shikimate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2782
ポリマ－60,2782
非ポリマー00
水6,395355
1
A: Shikimate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1391
ポリマ－30,1391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Shikimate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1391
ポリマ－30,1391
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.328, 46.181, 118.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Shikimate dehydrogenase


分子量: 30138.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: aroE, HP_1249 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56119, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.0941.23
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M magnesium chloride, 35% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11102
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSRRC BL13B111
シンクロトロンSPring-8 BL12B220.978998
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2009年1月17日
ADSC QUANTUM 210r2CCD2008年7月2日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.9789981
反射解像度: 1.57→30 Å / Num. obs: 66787 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique all: 6065 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.57→23.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23967 3377 5.1 %RANDOM
Rwork0.19958 ---
obs0.20162 63407 98.29 %-
all-66787 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.956 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.91 Å20 Å2-0.07 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→23.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4019 0 0 355 4374
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.9845528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2715507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.624.529170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.50615736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3761510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213029
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0541.52544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91524057
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.02331564
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7864.51471
LS精密化 シェル解像度: 1.571→1.612 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 221 -
Rwork0.261 4095 -
obs--86.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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