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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3phc | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Plasmodium falciparum purine nucleoside phosphorylase in complex with DADMe-ImmG | ||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PNP / Immucillin / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Pyrimidine salvage / Pyrimidine catabolism / S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / purine nucleotide catabolic process / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / inosine catabolic process / uridine catabolic process / guanosine phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase ...Pyrimidine salvage / Pyrimidine catabolism / S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / purine nucleotide catabolic process / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / inosine catabolic process / uridine catabolic process / guanosine phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / purine ribonucleoside salvage / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ho, M. / Edwards, A.A. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Plasmodium falciparum purine nucleoside phosphorylase in complex with DADMe-ImmG 著者: Ho, M. / Edwards, A.A. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 294.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 235.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 74.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30430.961 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PNP / プラスミド: pTrcHis2 TOPO / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8T9Z7, UniProt: Q8I3X4*PLUS, purine-nucleoside phosphorylase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-IM5 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.99 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1M sodium formate, 10% PEG 3350, pH 7.4, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0809 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 95778 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.011 / Net I/σ(I): 11.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.81 Å2 / Biso mean: 29.7476 Å2 / Biso min: 12.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.046 Å / Total num. of bins used: 20
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