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Yorodumi- PDB-3enz: Arsenolytic structure of Plasmodium falciparum purine nucleoside ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3enz | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Arsenolytic structure of Plasmodium falciparum purine nucleoside phosphorylase with hypoxanthine, ribose and arsenate ion | |||||||||
Components | Purine nucleoside phosphorylase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / CATALYTICALLY-RELEVANT ARSENOLYTIC-INTERMEDIATE-STATE COMPLEX / Glycosyltransferase | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationPyrimidine salvage / Pyrimidine catabolism / S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / purine nucleotide catabolic process / uridine catabolic process / inosine catabolic process / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase ...Pyrimidine salvage / Pyrimidine catabolism / S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / purine nucleotide catabolic process / uridine catabolic process / inosine catabolic process / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.03 Å | |||||||||
Authors | Chaikuad, A. / Brady, R.L. | |||||||||
Citation | Journal: Bmc Struct.Biol. / Year: 2009Title: Conservation of structure and activity in Plasmodium purine nucleoside phosphorylases. Authors: Chaikuad, A. / Brady, R.L. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 3enz.cif.gz | 301.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3enz.ent.gz | 247.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3enz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3enz_validation.pdf.gz | 543.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3enz_full_validation.pdf.gz | 558.6 KB | Display | |
| Data in XML | 3enz_validation.xml.gz | 58.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 3enz_validation.cif.gz | 82.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/3enz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/3enz | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3emvC ![]() 1nw4S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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| Details | The hexamer in the asymmetric unit represents the biological unit. |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 12 molecules ABCDEF

| #1: Protein | Mass: 27962.311 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 3D7 / Gene: PFE0660c / Plasmid: pET28a / Production host: ![]() References: UniProt: Q8I3X4, purine-nucleoside phosphorylase #3: Sugar | ChemComp-R1X / |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 599 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-HPA / #4: Chemical | ChemComp-ART / #5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Chemical | ChemComp-NA / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.87 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 4.0M Sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SRS / Beamline: PX10.1 / Wavelength: 1.196 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 5, 2007 |
| Radiation | Monochromator: double crystal Si(III) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.196 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.03→145.86 Å / Num. all: 129248 / Num. obs: 129248 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 18.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.03→2.1 Å / Redundancy: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.556 / % possible all: 99.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 1NW4 Resolution: 2.03→145.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.408 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.125 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 16.879 Å2
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.03→145.86 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS | Auth asym-ID: A / Number: 144 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0 Å
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| LS refinement shell | Resolution: 2.03→2.082 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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