PDB-3ph9: Crystal structure of the human anterior gradient protein 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ph9

タイトル

Crystal structure of the human anterior gradient protein 3

要素

Anterior gradient protein 3 homolog

キーワード

ISOMERASE / Thioredoxin fold / protein disulfide isomerase / endoplasmic reticulum

機能・相同性

機能・相同性情報

dystroglycan binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Nguyen, V.D. / Ruddock, L.W. / Salin, M. / Wierenga, R.K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of human anterior gradient protein 3.
著者: Nguyen, V.D. / Biterova, E. / Salin, M. / Wierenga, R.K. / Ruddock, L.W.

履歴

登録	2010年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ph9.cif.gz	110.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ph9.ent.gz	85.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ph9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/3ph9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/3ph9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1senS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fgz-2 3f7n-2 3rvp-2 1mih-2 5u78-1 3oly-2 5d2c-1 3fft-1 1jt3-1 3rvl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Anterior gradient protein 3 homolog

B: Anterior gradient protein 3 homolog

35.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Anterior gradient protein 3 homolog

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Anterior gradient protein 3 homolog

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.290, 71.450, 59.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	10 - 127
2	1	1	6	B	10 - 127

#1: タンパク質	Anterior gradient protein 3 homolog / AG-3 / AG3 / hAG-3 / Breast cancer membrane protein 11 分子量: 17932.678 Da / 分子数: 2 / 断片: Anterior gradient protein 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cytoplasmic / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGR3, BCMP11, UNQ642/PRO1272 / プラスミド: pet23a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS / 参照: UniProt: Q8TD06, protein disulfide-isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Anterior gradient protein 3 homolog / AG-3 / AG3 / hAG-3 / Breast cancer membrane protein 11

分子量: 17932.678 Da / 分子数: 2 / 断片: Anterior gradient protein 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cytoplasmic / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGR3, BCMP11, UNQ642/PRO1272 / プラスミド: pet23a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS / 参照: UniProt: Q8TD06, protein disulfide-isomerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.41 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25 % PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris-Cl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月11日
放射	モノクロメーター: Diamond (001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 24330 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 22.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 15.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SEN

1sen

解像度: 1.83→45.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 5.642 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2326	1228	5 %	RANDOM
R_work	0.17697	-	-	-
obs	0.17968	23102	99.06 %	-
all	-	24330	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.492 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	0.43 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→45.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2207	0	0	290	2497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2255
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.396	1.964	3046
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.915	3	3825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.116	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.022	24.69	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.634	15	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.878	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	438
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.739	1.5	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.194	1.5	536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.333	2	2176
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.178	3	913
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.53	4.5	870
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1671 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.44	5
loose thermal	1.26	10

LS精密化シェル

解像度: 1.83→1.877 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	82	-
R_work	0.2	1706	-
obs	-	-	98.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7336	0.0084	-0.1311	0.4646	-0.0139	0.7632	0.0337	0.0744	0.0148	-0.0214	-0.0243	-0.0518	-0.0239	-0.0468	-0.0093	0.0037	0.007	0.005	0.0142	0.0085	0.0102	13.957	38.07	41.82
2	0.881	-0.0949	-0.0453	0.4326	0.1073	0.7583	0.0112	-0.0622	-0.0119	0.0172	0.0246	0.0271	-0.003	0.0352	-0.0358	0.0011	0.0001	0.0022	0.0079	0.004	0.0119	13.269	43.79	63.481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	31 - 127

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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