PDB-3ph6: Bovine beta lactoglobulin crytsallized through ligandation of yttrium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ph6

タイトル

Bovine beta lactoglobulin crytsallized through ligandation of yttrium

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Zocher, G. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2011
タイトル: Novel Approach to Protein Crystallization through Ligandation of Yttrium Cations
著者: Zhang, F. / Zocher, G. / Sauter, A. / Stehle, T. / Schreiber, F.

履歴

登録	2010年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2020年1月15日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell Item: _reflns.number_all / _reflns.number_obs ..._reflns.number_all / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_redundancy
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ph6.cif.gz	74.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ph6.ent.gz	54.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ph6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ph6_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ph6_full_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示
XML形式データ	3ph6_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	3ph6_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/3ph6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/3ph6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ph5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ph5-1 6nkq-6 6nkq-3 4y0r-d 4nli-d 6nkq-1 4ib8-d 4dq3-d 1gx8-d 6nkq-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactoglobulin

B: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

36.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.060, 63.710, 134.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18188.018 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 18-178 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION 分子量: 88.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: batch crystallization / pH: 7 詳細: 0.3 mM Yttrium, pH 7, Batch crystallization, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月24日
放射	モノクロメーター: copper / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→20 Å / Num. obs: 21458 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 42.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.52→2.58 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1522 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.53→19.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 27.422 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2652	234	2 %	RANDOM
R_work	0.21623	-	-	-
obs	0.21722	11428	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.942 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.44 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.53→19.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2456	0	6	43	2505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	2502
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.023	1.993	3400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.169	5	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.54	26.538	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.514	15	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.224	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	1842
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.385	3	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.673	3	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.594	4	909
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.889	4	834
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.529→2.594 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	16	-
R_work	0.259	771	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4925	-0.3044	1.205	4.941	0.7406	6.5746	-0.0058	0.1097	-0.2647	-0.3607	-0.0184	-0.1393	0.2823	0.0382	0.0242	0.1192	0.0196	0.0349	0.1285	-0.0101	0.1453	-0.6053	-2.7291	-24.0716
2	2.8178	1.7331	1.4716	5.0503	-0.211	6.7853	0.1236	-0.1769	-0.0255	0.6386	-0.0673	-0.2527	-0.1593	0.0949	-0.0563	0.2048	0.0098	-0.0457	0.1512	-0.0083	0.2212	7.6996	2.3349	5.2258
3	1.5112	-1.3175	1.891	1.2515	-2.057	4.8387	-0.1106	0.0801	-0.1934	0.1205	-0.0591	-0.0044	0.1522	-0.2674	0.1697	0.5387	-0.0743	-0.0732	0.2405	-0.1177	0.5313	2.4155	-1.7892	-20.4311
4	0.4434	0.9476	0.8344	2.3547	0.6619	5.5886	0.0709	-0.0211	-0.0307	0.0535	-0.0558	-0.1021	0.1848	-0.0743	-0.0151	0.0346	0.0571	0.0263	0.1533	0.0029	0.242	2.8312	-0.2258	-13.603

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 178
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	23 - 178
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1 - 6
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A - B	1 - 195

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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