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- PDB-3pgk: The structure of yeast phosphoglycerate kinase at 0.25 nm resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pgk
タイトルThe structure of yeast phosphoglycerate kinase at 0.25 nm resolution
要素PHOSPHOGLYCERATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE(CARBOXYL AS ACCEPTOR)
機能・相同性
機能・相同性情報


Gluconeogenesis / Glycolysis / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / calmodulin binding / phosphorylation / mitochondrion ...Gluconeogenesis / Glycolysis / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / calmodulin binding / phosphorylation / mitochondrion / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate kinase, N-terminal domain / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase, N-terminal / Phosphoglycerate kinase, conserved site / Phosphoglycerate kinase superfamily / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase signature. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Phosphoglycerate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shaw, P.J. / Walker, N.P. / Watson, H.C.
引用
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1983
タイトル: The Complete Amino Acid Sequence of Yeast Phosphoglycerate Kinase
著者: Perkins, R.E. / Conroy, S.C. / Dunbar, B. / Fothergill, L.A. / Tuite, M.F. / Dobson, M.J. / Kingsman, S.M. / Kingsman, A.J.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1982
タイトル: Sequence and Structure of Yeast Phosphoglycerate Kinase
著者: Watson, H.C. / Walker, N.P.C. / Shaw, P.J. / Bryant, T.N. / Wendell, P.L. / Fothergill, L.A. / Perkins, R.E. / Conroy, S.C. / Dobson, M.J. / Tuite, M.F. / Kingsman, A.J. / Kingsman, S.M.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1974
タイトル: Structure of Yeast Phosphoglycerate Kinase
著者: Bryant, T.N. / Watson, H.C. / Wendell, P.L.
#4: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1972
タイトル: Low Resolution Structure of Yeast Phosphoglycerate Kinase
著者: Wendell, P.L. / Bryant, T.N. / Watson, H.C.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1971
タイトル: Crystallographic Study of Yeast Phosphoglycerate Kinase
著者: Watson, H.C. / Wendell, P.L. / Scopes, R.K.
履歴
登録1982年7月15日処理サイト: BNL
置き換え1982年9月24日ID: 1PGK
改定 1.01982年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET CAUTION. THE DEFINITION OF THE BEGINNING AND END OF HELICES AND SHEET STRANDS GIVEN BELOW ...SHEET CAUTION. THE DEFINITION OF THE BEGINNING AND END OF HELICES AND SHEET STRANDS GIVEN BELOW DEPENDS SOMEWHAT ON THE CRITERIA USED TO DEFINE A *GOOD* HYDROGEN BOND. TURNS LISTED BELOW ARE THOSE WHERE CA(1)-CA(4) IS LESS THAN 5.7 ANGSTROMS AND O(1)-N(4) IS LESS THAN 3.2 ANGSTROMS. FULL TURN DEFINITION MUST AWAIT FURTHER REFINEMENT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOGLYCERATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3704
ポリマ－44,6521
非ポリマー7183
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.600, 54.400, 93.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 134.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: THIS ATOM MAY BE MAGNESIUM OR MANGANESE.

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOGLYCERATE KINASE


分子量: 44652.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P00560, phosphoglycerate kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 2.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3148 0 43 0 3191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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