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万見
- PDB-3pfy: The catalytic domain of human OTUD5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pfy
タイトルThe catalytic domain of human OTUD5
要素OTU domain-containing protein 5
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Peptidase C65 Otubain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of TORC2 signaling / deubiquitinase activity / protein K48-linked deubiquitination / protein K63-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / neural crest cell differentiation / K63-linked deubiquitinase activity / negative regulation of type I interferon production / protein deubiquitination / positive regulation of TORC1 signaling ...positive regulation of TORC2 signaling / deubiquitinase activity / protein K48-linked deubiquitination / protein K63-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / neural crest cell differentiation / K63-linked deubiquitinase activity / negative regulation of type I interferon production / protein deubiquitination / positive regulation of TORC1 signaling / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Ovarian tumor domain proteases / ubiquitinyl hydrolase 1 / response to lipopolysaccharide / cysteine-type deubiquitinase activity / proteolysis / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 - #90 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #180 / : / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Helix non-globular / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Special ...Phosphorylase Kinase; domain 1 - #90 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #180 / : / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Helix non-globular / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Special / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / OTU domain-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.702 Å
データ登録者Walker, J.R. / Asinas, A.E. / Crombet, L. / Dong, A. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The catalytic domain of human OTUD5
著者: Walker, J.R. / Asinas, A.E. / Crombet, L. / Dong, A. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2010年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OTU domain-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8186
ポリマ－22,3151
非ポリマー5035
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.605, 80.605, 52.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 OTU domain-containing protein 5 / Deubiquitinating enzyme A / DUBA


分子量: 22315.311 Da / 分子数: 1 / 断片: OTU DOMAIN (UNP Residues 172-339) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OTUD5 / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96G74, ubiquitinyl hydrolase 1

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非ポリマー , 5種, 109分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE IN THIS ENTRY CORRESPONDS TO ISOFORM 2 OF UNP Q96G74

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% PEG 400, 2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM HEPES, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月22日 / 詳細: SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMETER
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 19398 / Num. obs: 19398 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.7 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 65.27
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 19 % / Mean I/σ(I) obs: 17.9 / Num. unique all: 952 / Rsym value: 0.199 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.702→36.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.233 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2075 983 5.1 %RANDOM
Rwork0.1778 ---
obs0.17922 18360 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.262 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å20 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.702→36.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1064 0 33 104 1201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.9321582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7485139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.25124.62767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.15415192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.019156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021925
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9031.5679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68821105
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1953492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8264.5476
LS精密化 シェル解像度: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 81 -
Rwork0.186 1342 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.96321.0946-5.336345.2171-11.11424.09080.62780.40831.0212-0.9876-0.892-1.91210.05960.1190.26420.41360.00890.00430.10250.10390.418611.24845.87590.8865
28.52584.7811-1.38759.0281-0.27922.69030.110.01290.4566-0.1929-0.09230.372-0.289-0.1736-0.01770.10450.0283-0.01310.0702-0.00620.12124.891335.77785.0118
37.79552.18775.33581.11211.54154.9761-0.0851-0.20030.08950.02660.01370.17570.0215-0.31520.07140.05970.01330.00050.11550.00090.10344.961628.3610.8051
44.1316-0.202-0.53633.39470.38654.5813-0.0379-0.1680.21260.02750.0465-0.0605-0.10790.0743-0.00860.03880.0293-0.00660.05450.00120.020619.112728.220317.6643
57.7196-4.2031-3.44575.95964.27799.496-0.0484-0.11450.25460.10230.2217-0.31140.05420.4596-0.17330.06770.018-0.02420.09730.0020.025626.414124.575520.4552
61.7958-1.7004-3.51223.70464.19167.3626-0.1128-0.44710.22770.05970.6196-0.27850.22611.1155-0.50680.12940.0661-0.02840.319-0.0970.167134.710717.09348.2406
76.06182.18720.76232.94941.33175.9309-0.00730.05140.05960.10760.0690.00410.13560.2201-0.06170.10940.04780.0130.05520.00570.044123.440517.689810.0062
82.1736-2.0871-0.21545.51720.90341.74930.03530.158-0.09550.1253-0.16760.12890.1203-0.0930.13240.06480.00050.01290.06150.00160.04514.713221.13622.8621
913.4268-14.5247-1.793427.1698-7.393311.4792-0.25580.1452-0.82470.08960.07261.18350.6913-0.32820.18320.256-0.11710.04940.14210.01630.288313.515910.20810.3202
103.687-1.3063-0.05113.6653-0.18173.61490.0272-0.00830.0678-0.1281-0.0552-0.0052-0.06430.09480.0280.05420.013-0.0020.05220.00330.014814.188128.71699.3355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A191 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2A197 - 207
3X-RAY DIFFRACTION3A208 - 218
4X-RAY DIFFRACTION4A219 - 237
5X-RAY DIFFRACTION5A238 - 248
6X-RAY DIFFRACTION6A249 - 281
7X-RAY DIFFRACTION7A282 - 296
8X-RAY DIFFRACTION8A297 - 313
9X-RAY DIFFRACTION9A314 - 318
10X-RAY DIFFRACTION10A319 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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