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- PDB-3pfw: Crystal structure of human sperm-specific glyceraldehyde-3-phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pfw
タイトルCrystal structure of human sperm-specific glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDS) complex with NAD, a binary form
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / sperm-specific isozyme
機能・相同性
機能・相同性情報


flagellated sperm motility / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / Gluconeogenesis / Glycolysis / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / positive regulation of glycolytic process / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding ...flagellated sperm motility / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / Gluconeogenesis / Glycolysis / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / positive regulation of glycolytic process / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Shafqat, N. / Yue, W.W. / Cocking, R. / Bray, J.E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. ...Chaikuad, A. / Shafqat, N. / Yue, W.W. / Cocking, R. / Bray, J.E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Structure and kinetic characterization of human sperm-specific glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, GAPDS.
著者: Chaikuad, A. / Shafqat, N. / Al-Mokhtar, R. / Cameron, G. / Clarke, A.R. / Brady, R.L. / Oppermann, U. / Frayne, J. / Yue, W.W.
履歴
登録2010年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4769
ポリマ－75,6882
非ポリマー1,7877
水5,459303
1
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
ヘテロ分子

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,95118
ポリマ－151,3764
非ポリマー3,57514
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area23750 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area41800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.610, 71.860, 81.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11O-275-

HIS

21P-275-

HIS

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11O
21P

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 74 - 409 / Label seq-ID: 6 - 341

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1OA
2PB

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要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific / Spermatogenic cell-specific glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase 2 / GAPDH-2 / Spermatogenic ...Spermatogenic cell-specific glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase 2 / GAPDH-2 / Spermatogenic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 37844.109 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 69-407 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAPD2, GAPDH2, GAPDHS, GAPDS, HSD-35, HSD35 / プラスミド: pNIC-CTHF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2
参照: UniProt: O14556, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化温度: 277.15 K / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Na2SO4, 10% ethylene glycol and 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月12日
放射モノクロメーター: FLAT GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→67.77 Å / Num. obs: 35287 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3H9E

3h9e


解像度: 2.15→67.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 9.737 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1768 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.17 33519 93.7 %-
all-35287 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20 Å2-0.47 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3----0.72 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.277 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→67.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5138 0 118 303 5559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225452
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.9777424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9583.0028841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6475688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.95223.656227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67715865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3231533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216038
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021079
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: O / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1965TIGHT POSITIONAL0.040.05
2323LOOSE POSITIONAL0.045
1965TIGHT THERMAL2.50.5
2323LOOSE THERMAL3.2210
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 131 -
Rwork0.236 2408 -
obs--91.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3431-0.223-0.01330.21050.1660.6778-0.0306-0.0117-0.05560.03380.01430.09820.13-0.01180.01630.1017-0.0532-0.00370.0460.00340.1364-20.30916.2051-5.2985
20.17810.05180.01390.1292-0.17240.28260.01450.01030.0304-0.03440.00280.0230.0837-0.0101-0.01730.10510.0063-0.02530.08540.00360.0808-5.376130.3221-20.2933
34.735-2.31024.11314.0494-5.10516.85830.0569-0.3429-0.01190.4747-0.264-0.1952-0.49030.15920.20710.1626-0.0316-0.04550.12360.03920.0577-17.78547.3873-29.7291
40.07470.07060.12390.23290.09110.36850.00450.01470.03830.0194-0.0160.0652-0.0113-0.10540.01150.05710.0043-0.02460.12860.03170.108-19.40235.0324-18.1849
50.40390.23460.20150.25440.13550.7131-0.12170.0236-0.0665-0.06730.1023-0.0178-0.26920.12150.01940.1688-0.05630.00330.08970.01010.060519.290560.6542-8.3777
60.3659-0.0983-0.11690.03420.03460.04080.02790.02780.0399-0.0075-0.0075-0.011-0.0228-0.0105-0.02040.10640.00160.02070.07980.01170.09281.920447.2994-19.5713
713.2948-3.87014.2812.27370.26133.36070.35030.209-1.5487-0.229-0.46570.8995-0.0676-0.50980.11540.05180.0034-0.10250.2635-0.17060.36116.493634.0835-37.6248
80.00380.0097-0.04060.0512-0.17320.7959-0.0022-0.0066-0.0111-0.02040.0127-0.012-0.00590.0852-0.01050.0695-0.01850.02440.1119-0.01980.093716.21641.118-21.6517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1O74 - 227
2X-RAY DIFFRACTION2O228 - 325
3X-RAY DIFFRACTION3O326 - 332
4X-RAY DIFFRACTION4O333 - 409
5X-RAY DIFFRACTION5P74 - 227
6X-RAY DIFFRACTION6P228 - 319
7X-RAY DIFFRACTION7P320 - 327
8X-RAY DIFFRACTION8P328 - 409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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