PDB-5ur0: Crystallographic structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ur0

タイトル

Crystallographic structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Naegleria gruberi

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Naegleria gruberi / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Machado, A.T.P. / Silva, M. / Iulek, J.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2018
タイトル: Structural studies of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Naegleria gruberi, the first one from phylum Percolozoa.
著者: Machado, A.T.P. / Silva, M. / Iulek, J.

履歴

登録	2017年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.6	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.7	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ur0.cif.gz	552.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ur0.ent.gz	454 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ur0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ur0_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ur0_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5ur0_validation.xml.gz	63.7 KB	表示
CIF形式データ	5ur0_validation.cif.gz	93.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5ur0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/5ur0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e6aS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pfw-1 2b4t-d 3e5r-d 2b4r-d 3v1y-d 1znq-d 1dc6-2 4wnc-1 6lgm-d 3e6a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.743, 94.552, 90.932
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 38597.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア) 遺伝子: NAEGRDRAFT_53883 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: D2W142, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 2.5% (m/V) PEG 1000, 50 mM acetate buffer (pH 4.8), 25.7% (m/V) PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→89.536 Å / Num. obs: 102380 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 24.55 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 18.26
反射シェル	解像度: 1.94→2 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / CC_1/2: 0.787 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS	VERSION May 1, 2016 BUILT=20160617	data processing
XSCALE	VERSION May 1, 2016 BUILT=20160617	データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
Coot	0.7.1	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3E6A, edited

3e6a

解像度: 1.94→29.854 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21.19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1984	1988	1.94 %
R_work	0.1536	-	-
obs	0.1545	102371	99.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→29.854 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10201	0	190	1281	11672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	10742
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.302	14695
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.492	3961
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1707
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1933

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.9885	0.2897	134	0.2508	6944	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9885-2.0423	0.3116	144	0.2365	6919	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0423-2.1023	0.2689	144	0.2164	7169	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1023-2.1702	0.2557	137	0.1917	7148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1702-2.2477	0.2162	138	0.1788	7196	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2477-2.3377	0.2128	145	0.1684	7188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3377-2.444	0.2135	142	0.1692	7170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.444-2.5728	0.2324	142	0.1706	7162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5728-2.7339	0.2343	142	0.1708	7204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7339-2.9448	0.2222	149	0.1653	7181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9448-3.2409	0.2005	135	0.1539	7240	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2409-3.7091	0.2061	152	0.1321	7216	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7091-4.6701	0.1405	144	0.1095	7290	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6701-29.8578	0.1389	140	0.13	7356	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3061	-0.0926	0.3225	0.7748	-0.2086	1.3544	0.0046	0.1775	0.0379	-0.187	-0.0479	-0.0549	-0.0114	0.1919	0.0449	0.2682	0.0097	-0.0007	0.2142	0.0027	0.1907	6.3495	30.9528	-4.5532
2	2.9592	2.4268	-0.4861	3.9133	1.2351	1.4841	-0.0966	0.1741	0.3068	-0.2023	0.0864	0.2649	-0.2679	-0.0376	0.0117	0.1826	0.0165	-0.0181	0.1531	0.0314	0.1635	2.2018	39.4783	17.8473
3	1.8303	0.2918	0.9135	1.5195	0.339	1.4013	0.0027	-0.0065	-0.0176	-0.1735	0.0037	0.358	-0.0122	-0.304	0.029	0.1517	0.0016	-0.0249	0.1967	0.0241	0.1953	-13.1224	29.642	10.7363
4	5.9926	0.2492	0.6705	1.3182	-0.1319	2.3688	-0.0147	0.0235	-0.5054	-0.1875	0.0733	0.1836	0.2384	-0.2412	-0.053	0.2279	-0.0178	-0.0282	0.1338	-0.0044	0.2679	-7.9417	15.0913	9.5521
5	2.8191	-0.4585	-0.7763	1.0416	-0.2386	1.9603	-0.0431	-0.1184	-0.1492	-0.1724	0.0171	0.122	0.1736	0.0327	0.0529	0.1622	-0.0171	-0.0415	0.0805	-0.0171	0.193	-6.8512	23.6168	4.4601
6	2.8256	0.3103	-1.3849	2.2068	-0.1209	4.6199	0.0384	-0.3745	0.057	0.3187	-0.0434	-0.1443	-0.1468	0.2836	0.0047	0.2332	-0.0163	-0.0001	0.2407	-0.0079	0.1572	5.6918	31.6728	52.8637
7	2.745	-0.4877	0.3848	1.7078	-1.5185	4.3128	-0.0188	-0.2066	-0.1954	0.1625	-0.0246	0.0333	0.1381	0.0554	0.0176	0.2284	-0.0196	0.0536	0.1222	0.0016	0.1984	-10.1052	23.2227	50.9031
8	4.3579	-1.9821	-0.2002	1.5795	0.1993	0.246	-0.1542	-0.2959	-0.2535	0.1831	0.1876	0.2715	0.0634	-0.0442	-0.0203	0.1913	0.0034	0.0359	0.2297	0.059	0.2237	-7.9073	24.2703	28.5511
9	2.4859	0.0321	-0.3142	1.3448	0.0918	1.0281	-0.0155	0.0055	0.1408	0.1093	0.0261	0.2902	-0.0934	-0.1539	-0.0042	0.1675	0.0175	0.0347	0.1856	0.0235	0.212	-13.7744	38.3381	29.7737
10	1.5018	0.2468	0.7981	1.1249	0.1737	3.2534	-0.041	0.0447	0.0786	0.1549	-0.0068	0.12	-0.1294	-0.0098	0.0385	0.152	0.0256	0.0442	0.0897	0.0147	0.2006	-12.5897	35.5118	37.2816
11	3.3264	0.2966	0.0589	3.6108	-0.4229	2.277	-0.0058	-0.0206	0.1298	0.1028	-0.0166	-0.0848	-0.207	-0.0508	0.027	0.1879	0.0093	0.0241	0.1279	-0.0206	0.1667	11.0441	56.0204	27.5915
12	5.5314	-3.1239	3.3375	5.9427	-0.4797	7.3947	0.0545	-0.0469	0.2315	0.1728	0.0899	0.0561	0.1172	0.0254	-0.0886	0.2805	0.0023	0.0417	0.1743	-0.0189	0.2123	3.6368	62.7274	28.3751
13	2.1897	-0.0293	-0.0363	3.0782	-0.4918	2.9436	-0.0514	0.4839	0.5111	-0.2328	-0.0658	-0.4103	-0.2841	0.2091	0.0857	0.2586	-0.07	0.059	0.2724	0.0424	0.3738	26.205	61.4597	21.9748
14	2.6145	0.5741	1.3815	1.0751	0.8559	1.3731	-0.0216	0.0115	0.2069	-0.0022	0.072	-0.198	-0.1189	0.2327	-0.0444	0.1686	-0.0266	0.0114	0.2518	-0.0133	0.2542	29.0039	38.5314	24.2042
15	1.0105	-0.1991	0.0964	0.9221	0.3847	1.0391	-0.0451	-0.1741	0.0895	0.1409	0.1053	-0.2803	-0.0366	0.2014	-0.0394	0.1631	-0.0131	-0.0394	0.2694	-0.0318	0.2478	30.3683	40.4669	37.2573
16	4.0211	-1.0015	0.2169	4.554	-0.9188	2.8894	0.0422	-0.0307	-0.2734	-0.0762	-0.0011	0.1026	0.1519	-0.0431	-0.033	0.1872	-0.0216	-0.042	0.1321	-0.0135	0.16	11.1344	2.832	22.1338
17	6.0776	2.2847	-2.5631	3.004	-0.8645	3.9166	-0.0171	0.0133	-0.1218	-0.3772	0.0763	0.2382	-0.157	0.0256	-0.0668	0.3806	-0.0297	-0.0527	0.1833	-0.0211	0.2269	4.0189	-3.8097	19.915
18	2.7971	1.4583	-0.5005	3.136	-0.6406	1.0386	0.0559	-0.1958	-0.2211	0.1277	-0.0172	-0.1293	0.1606	0.0446	-0.0347	0.1944	0.0268	-0.054	0.2115	0.03	0.1782	27.0277	2.206	31.3863
19	2.4574	0.4769	-1.6338	1.64	1.0446	2.2777	-0.0667	-0.396	-0.2296	0.2589	0.003	-0.0972	0.1811	0.2568	0.079	0.1687	0.0184	-0.0199	0.2203	0.0335	0.1619	17.7788	23.8826	35.8337
20	1.2221	-0.4598	0.2347	1.0404	-0.1283	0.6154	0.0117	0.0553	0.0655	-0.0506	-0.0373	-0.274	0.0514	0.2064	0.0129	0.1471	0.0079	0.0184	0.24	0.0197	0.2302	33.5446	17.2733	21.2009

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:171)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 172:208)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 209:251)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 252:298)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 299:333)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 0:74)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 75:155)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 156:214)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 215:299)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 300:333)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 0:54)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 55:75)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 76:145)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 146:217)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 218:333)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 0:54)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 55:75)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 76:171)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 172:208)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 209:333)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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