[日本語] English
万見
- PDB-3pfm: Crystal structure of a EAL domain of GGDEF domain protein from Ps... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pfm
タイトルCrystal structure of a EAL domain of GGDEF domain protein from Pseudomonas fluorescens Pf
要素GGDEF domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / PSI2 / MCSG / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / EAL domain
機能・相同性
機能・相同性情報


signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
LapD/MoxY, periplasmic domain / LapD/MoxY periplasmic domain, C-terminal / LapD/MoxY periplasmic domain / EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain ...LapD/MoxY, periplasmic domain / LapD/MoxY periplasmic domain, C-terminal / LapD/MoxY periplasmic domain / EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic dimeric GMP binding protein LapD
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.908 Å
データ登録者Nocek, B. / Stein, A. / Marshall, N. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a EAL domain of GGDEF domain protein from Pseudomonas fluorescens Pf
著者: Nocek, B. / Stein, A. / Marshall, N. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GGDEF domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0921
ポリマ－28,0921
非ポリマー00
水543
1
A: GGDEF domain protein

A: GGDEF domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1852
ポリマ－56,1852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655-x+1,-y+1/2,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.657, 107.861, 159.046
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

-
要素

#1: タンパク質 GGDEF domain protein


分子量: 28092.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: Pf-5 / 遺伝子: PFL_0131 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q4KKF5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3.0 M NaCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. all: 15103 / Num. obs: 15097 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 37
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1436 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
Auto-Rickshaw位相決定
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.908→40 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 703 4.99 %RANDOM
Rwork0.1875 ---
all0.195 14805 --
obs0.1898 14102 92.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.62 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-50.7549 Å2-0 Å2-0 Å2
2---15.0563 Å20 Å2
3----35.6985 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.908→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1868 0 0 3 1871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1492593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.623674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9082-3.13260.38261190.31352226X-RAY DIFFRACTION79
3.1326-3.44780.28391550.23982595X-RAY DIFFRACTION91
3.4478-3.94640.24621420.17382739X-RAY DIFFRACTION96
3.9464-4.9710.18121540.14422859X-RAY DIFFRACTION98
4.971-43.96690.22441330.18282980X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.66314.3101-2.74034.2225-2.57997.8552-2.56612.5192-0.69920.69430.3083-2.07891.08622.15111.43281.9306-0.42390.12171.3820.02170.660924.759611.029883.412
22.0067-0.55251.86079.6516-7.03755.3063-2.5289-1.9118-2.98731.19742.5255-0.1189-1.22460.2969-0.32951.49610.0245-0.15921.37840.21280.419323.69615.714178.4591
32.043-0.6737-0.39132.7727-0.10631.5884-0.1429-0.6363-0.061.13940.45010.46460.1249-1.1407-0.20011.0712-0.14590.06220.9516-0.0060.738221.62490.654366.2331
46.7871-1.37415.92256.5113-4.89979.8171-0.6676-0.75070.01980.39580.70070.4663-1.7203-0.64220.51130.4018-0.2532-0.06060.42410.06230.67720.599712.196541.3306
52.2764-0.57611.2363-0.3856-0.23461.3143-0.0868-0.54550.25230.2630.0390.18880.5681-1.08320.26360.78970.0155-0.01030.8538-0.09860.510718.42397.021953.0906
63.2816-2.7394-2.58114.01082.7462.29271.0199-1.31991.16480.8131-0.86481.48051.2651-4.1741-0.98561.026-0.0731-0.07781.85190.17961.109912.5687.896967.5412
71.51031.1949-0.14723.14440.85240.74660.7562-0.93070.33541.7307-0.8668-0.7137-1.5024-0.51340.11451.414-0.05110.00511.02770.12080.493628.78919.458671.0747
80.9344-0.02022.24590.89861.11696.6143-0.1530.0264-1.4036-0.1801-0.6127-0.0108-0.199-0.32510.18551.16140.05390.16620.8550.13550.764229.56460.573164.5949
95.3342.32835.77624.38084.48927.6493-0.1216-0.6924-0.1864-0.8213-1.10150.8272-0.6333-0.1760.78680.62690.03480.09180.7791-0.06020.891925.8486-4.62155.6379
103.38142.3249-0.42885.55232.26611.7855-0.0408-1.5370.526-1.0556-0.93981.0229-0.4154-1.22590.34641.09970.1080.19480.69450.02760.62925.3333-0.514650.0828
112.50950.1973-0.65130.2355-0.83746.82480.11120.0396-0.40240.48550.0729-0.50640.7955-0.28710.09380.81890.0506-0.15180.55610.10020.55536.5363-0.064756.2571
128.2247-0.61562.8475.1859-2.15251.73561.267-1.5086-2.26450.4503-1.4903-0.098-0.36050.27490.53240.9945-0.11270.34651.37280.22961.03145.267210.920455.8795
133.4021-3.27740.63377.55842.8593.16430.386-1.0341-0.64120.86350.8674-1.16181.21652.3598-0.44010.7170.10240.35081-0.02530.975243.98080.065750.4687
140.6401-1.84160.28464.84580.32893.07370.4449-0.56740.23172.6936-0.3957-1.8516-0.2858-0.7541-0.02340.90850.2631-0.01410.64780.06861.081936.077514.371450.5455
155.21023.3725-2.86589.23613.12675.0680.8587-0.43591.65121.8092-2.19982.52380.884-0.29150.89770.85120.21050.41691.1912-0.08060.874843.935116.845346.8151
162.9373.04671.10822.9691.04050.22970.4208-0.8885-0.4058-1.0258-0.20181.2077-0.3161-0.72030.0580.70750.16870.00460.7954-0.08680.751233.490915.763747.8625
175.31342.71660.80851.4854-0.45955.0863-1.15810.54431.37480.066-0.24250.1096-1.61880.190.65090.95750.1577-0.16810.6495-0.13330.937728.245328.296743.8568
186.1614-2.36480.33747.0949-0.14140.0113-0.96320.5036-1.2739-4.9506-2.2758-1.8851-0.1674-0.92092.39021.31660.20610.28570.63420.02281.246638.536215.269837.2591
195.5969-1.379-0.84454.05082.33071.3111-0.05-0.05520.6396-0.98210.13570.6247-0.9975-0.43970.08130.94990.1931-0.0980.7418-0.04480.905722.55121.194542.976
201.46880.9638-0.63763.0178-0.23390.21630.35350.17850.5205-1.7399-0.15580.07081.2045-0.77140.19640.77170.01190.01820.6024-0.0550.770617.770910.368949.176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 407:411)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 412:416)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 417:431)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 432:437)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 438:454)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 455:460)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 461:475)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 476:481)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 482:489)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 490:500)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 501:535)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 536:544)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 545:554)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 555:567)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 568:573)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 574:586)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 587:607)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 608:612)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 613:633)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 634:648)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る