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万見
- PDB-3pfi: 2.7 Angstrom resolution crystal structure of a probable holliday ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pfi
タイトル2.7 Angstrom resolution crystal structure of a probable holliday junction DNA helicase (ruvB) from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 in complex with adenosine-5'-diphosphate
要素Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvB
キーワードHYDROLASE / Probable Holliday Junction DNA Helicase / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / PS00017 ATP/GTP-binding site motif A/Helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


Holliday junction resolvase complex / four-way junction DNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA recombination / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA repair / ATP hydrolysis activity ...Holliday junction resolvase complex / four-way junction DNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA recombination / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, Holliday junction RuvB-type / RuvB C-terminal winged helix domain / RuvB-like P-loop domain / RuvB, AAA lid domain / RuvB C-terminal winged helix domain / Holliday junction DNA helicase RuvB P-loop domain / RuvB AAA lid domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...DNA helicase, Holliday junction RuvB-type / RuvB C-terminal winged helix domain / RuvB-like P-loop domain / RuvB, AAA lid domain / RuvB C-terminal winged helix domain / Holliday junction DNA helicase RuvB P-loop domain / RuvB AAA lid domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Holliday junction branch migration complex subunit RuvB
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.695 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.7 Angstrom resolution crystal structure of a probable holliday junction DNA helicase (ruvB) from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 in complex with adenosine-5'-diphosphate
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvB
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7694
ポリマ－75,9152
非ポリマー8542
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvB
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvB
ヘテロ分子

A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvB
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvB
ヘテロ分子

A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvB
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,30712
ポリマ－227,7446
非ポリマー2,5636
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area21040 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area73840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.482, 111.482, 355.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvB


分子量: 37957.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: CJJ8425_1444, ruvB / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: A3ZGU7, UniProt: Q9PMT7*PLUS, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Crystallization condition: Tacsimate 5%, PEG5KMME 10%, B-Tr 0.1M pH 5.5, AMPPNP 10mM. Cryo condition: 30% PEG 5KMME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月21日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.695→30 Å / Num. all: 23931 / Num. obs: 23883 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 16.32
反射 シェル解像度: 2.695→2.75 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.695→29.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 29.79 / SU ML: 0.283 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.647 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26796 1234 5.2 %RANDOM
Rwork0.22191 ---
obs0.22427 22649 99.82 %-
all-22649 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.632 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.75 Å2-3.37 Å2-0 Å2
2---6.75 Å20 Å2
3---10.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.695→29.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4541 0 54 31 4626
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0224667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0332.0096301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70537868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.6015582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.00624.45200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.31715870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.8231534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02896
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3061.52911
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3091.51179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.40424657
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.32731756
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7354.51644
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.695→2.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 95 -
Rwork0.329 1591 -
obs--98.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8535-3.2601-0.20836.7689-0.62213.2991-0.4192-0.6990.59150.83650.3417-0.98280.05930.21710.07750.25330.0961-0.0840.3114-0.04160.162436.581219.4915153.0132
28.9326-2.6873-1.6974.08750.06512.6153-0.6649-1.6677-0.65260.85230.47560.65190.2007-0.07160.18930.50710.20410.12770.63260.12310.125319.889919.1384160.9935
32.87681.4460.76524.0110.71260.5701-0.04720.22740.2913-0.6481-0.1063-0.044-0.1707-0.0540.15340.3330.04210.05780.2065-0.00540.082833.7374-0.9907137.8279
49.09-2.4208-0.76645.24060.84923.7753-0.0517-0.360.6770.3532-0.02860.1948-0.2809-0.00510.08030.2332-0.01560.04220.2299-0.07580.0933-1.159542.34152.6575
56.2891-1.1644-0.85333.71180.4930.35-0.1727-0.0013-0.06560.33640.11440.23990.2232-0.10740.05830.41350.01320.00010.37970.01230.031510.262531.9637151.3399
610.66921.14420.66270.23370.58445.4872-0.18740.0951-0.8013-0.0450.158-0.02670.6623-0.05640.02940.5887-0.0370.01160.62050.06440.15087.974623.7687128.1777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 176
3X-RAY DIFFRACTION3A177 - 329
4X-RAY DIFFRACTION4B23 - 61
5X-RAY DIFFRACTION5B62 - 261
6X-RAY DIFFRACTION6B262 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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