PDB-3pec: Siderocalin Recognitin of Carboxymycobactins: Interference by the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pec

タイトル

Siderocalin Recognitin of Carboxymycobactins: Interference by the immune system in intracellular iron acquisition by Mycobacteria tuberculosis

要素

Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / 8-stranded anti-parallel beta barrel / Siderocalin / Siderophore binding

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / cellular response to increased oxygen levels ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Used previously-determined structure / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Clifton, M.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Siderocalin Recognitin of Carboxymycobactins: Interference by the immune system in intracellular iron acquisition by Mycobacteria tuberculosis
著者: Hoette, T.M. / Clifton, M.C. / Zawadzka, A.M. / Holmes, M.A. / Strong, R.K. / Raymond, K.R.

履歴

登録	2010年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pec.cif.gz	224.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pec.ent.gz	181.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3pec_validation.pdf.gz	937.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pec_full_validation.pdf.gz	951.2 KB	表示
XML形式データ	3pec_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	3pec_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/3pec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/3pec	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3pedC 1l6mS 1x89 1x8u C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1x8u-3 5khp-1 3t1d-2 3hwd-1 4zhg-3 4iaw-2 3fw5-1 3hwd-3 4zhh-6 3hwe-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (9) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

ヘテロ分子

63.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

登録者が定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	114.200, 114.200, 119.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / Siderocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / p25 分子量: 20556.438 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 21 to 198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80188

#1: タンパク質

Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / Siderocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / p25

分子量: 20556.438 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 21 to 198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80188

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非ポリマー , 6種, 244分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-ZYG / 9-{hydroxy[(5S,6R)-6-hydroxy-6-{[(1S)-3-{[(3S)-1-hydroxy-2-oxoazepan-3-yl]amino}-1-methyl-3-oxopropyl]oxy}-5-({[(4S)-2-(2-hydroxyphenyl)-4,5-dihydro-1,3-oxazol-4-yl]carbonyl}amino)hexyl]amino}-9-oxononanoic acid 分子量: 735.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₅₃N₅O₁₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.3M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 50mM sodium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月1日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 77333 / Num. obs: 41091 / % possible obs: 100 %
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 4024 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0072	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.5.0072	位相決定

精密化

構造決定の手法: Used previously-determined structure
開始モデル: PDB entry 1L6M

1l6m

解像度: 2.19→40.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 11.636 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27294	3912	9.5 %	RANDOM
R_work	0.24522	-	-	-
obs	0.24783	37100	99.95 %	-
all	-	41091	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→40.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4005	0	114	228	4347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2899
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.97	1.974	5816
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.86	3.002	7080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.717	5	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.36	24.389	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.032	15	654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.609	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	4712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.186	1.5	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.022	1.5	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.359	2	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.463	3	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.828	4.5	1581

LS精密化シェル

解像度: 2.186→2.243 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	269	-
R_work	0.286	2362	-
obs	-	-	99.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2447	-0.8922	-0.0897	4.554	0.6865	1.0255	0.1603	0.1137	-0.0663	-0.0883	-0.2042	0.1105	-0.0353	-0.1982	0.0439	0.0802	0.0671	0.0335	0.1343	-0.0066	0.0411	26.7787	75.0744	53.6913
2	1.4508	-1.6951	0.3257	1.9945	-0.5079	2.5343	-0.0782	0.0262	0.1654	0.1631	0.0173	-0.1945	-0.0212	-0.0399	0.0609	0.1556	0.0474	0.006	0.0651	-0.0138	0.1765	34.4758	71.3712	64.3437
3	3.0422	-2.833	1.4182	3.8019	-0.3704	3.463	-0.1223	-0.2148	0.0547	0.3606	-0.1261	0.1849	-0.1029	-0.2235	0.2485	0.0986	-0.0537	0.042	0.1936	-0.0115	0.1768	20.7955	70.0031	63.7461
4	2.408	-1.601	-0.7214	3.0525	0.6431	0.8863	0.0622	0.0114	0.016	0.0111	-0.0233	0.0666	-0.0468	-0.0369	-0.039	0.0899	0.0593	0.0127	0.1424	-0.0048	0.1082	27.1347	75.7235	57.0648
5	1.736	-1.0187	0.151	2.1026	-0.4583	2.7196	0.2478	0.3536	0.2078	-0.2664	-0.2142	-0.5113	-0.0978	0.1439	-0.0336	0.1137	0.0332	0.0802	0.0983	0.0096	0.1708	38.3114	78.5523	52.6233
6	3.0386	-1.5975	-0.9256	5.8764	1.8544	2.6475	0.1839	0.313	0.0446	0.282	-0.258	-0.1705	0.4152	-0.1035	0.0741	0.1718	-0.1116	0.0254	0.2774	-0.0129	0.0144	56.8536	91.2704	33.4623
7	1.107	-1.8983	0.5756	7.8981	2.7684	3.5641	-0.0494	0.2246	0.2791	-0.3702	-0.3807	-0.0991	-0.5599	-0.1682	0.4301	0.1303	0.0364	-0.0504	0.4935	0.1488	0.1216	51.0038	103.7442	28.8104
8	6.8531	4.9055	-0.85	9.9162	4.5232	4.2218	0.1492	0.767	-0.0157	0.0955	0.7063	-1.1562	-0.0214	0.0043	-0.8555	0.144	-0.1195	-0.1573	0.3181	0.0993	0.3767	65.6862	99.8625	29.8483
9	4.4945	-0.1323	-0.265	3.6058	2.4396	2.2808	0.0679	-0.0145	0.1172	0.2714	-0.1695	0.1214	0.0478	-0.4477	0.1015	0.2592	-0.0825	-0.0582	0.274	0.0287	0.0285	55.9232	96.8929	35.5794
10	0.8258	-1.858	-0.8354	5.2439	3.7025	4.4993	-0.496	-0.1353	-0.2988	1.1273	-0.2259	1.0395	0.5375	-1.2931	0.7219	0.321	0.0413	0.1541	0.7675	0.0711	0.3293	44.8763	94.4869	38.7608
11	2.6502	-0.8463	-0.4492	1.5011	-0.0273	2.1587	-0.0333	-0.0654	0.0025	-0.0067	-0.0046	-0.0093	0.058	-0.032	0.0379	0.0932	-0.0169	0.0014	0.0481	0.006	0.0956	47.4544	50.3135	45.7218
12	0.8011	0.2088	1.1509	2.2624	-0.0413	2.231	0.0019	0.1376	-0.1519	-0.1514	-0.018	-0.0586	0.2243	0.0335	0.0161	0.1476	-0.0774	0.0188	0.1303	-0.0633	0.212	41.8414	40.6718	37.6853
13	1.539	-0.1911	0.114	1.2681	-0.77	1.6705	0.0036	0.0491	-0.0269	-0.1139	-0.0233	-0.011	0.1133	0.0193	0.0197	0.1029	-0.0076	0.0088	0.1064	-0.0212	0.1102	47.707	47.5932	45.2201
14	4.5252	1.6861	2.5267	2.8868	0.6374	3.1382	-0.2061	0.3812	0.23	-0.4319	-0.0487	0.0145	0.0791	0.1076	0.2548	0.1472	0.0209	0.0451	0.1226	-0.0096	0.0607	49.4086	46.8993	32.059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	78 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	101 - 143
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	144 - 178
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	6 - 34
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	35 - 80
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	81 - 99
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	100 - 145
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	146 - 177
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	4 - 39
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	40 - 78
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	79 - 157
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	158 - 178

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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