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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3peb | ||||||
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タイトル | The Structure of a Creatine_N Superfamily domain of a dipeptidase from Streptococcus thermophilus. | ||||||
要素 | Dipeptidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Creatinase_N domain / pfam01321 / stu0629 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Mack, J.C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: The Structure of a Creatine_N Superfamily domain of a dipeptidase from Streptococcus thermophilus. 著者: Cuff, M.E. / Mack, J.C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3peb.cif.gz | 78 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3peb.ent.gz | 60.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3peb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/3peb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/3peb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15816.548 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) 株: LMG 18311 / 遺伝子: pepQ, stu0629 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5M567 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NHE / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.19 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.1M CHES pH 9.5, 1.0M Sodium Citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97937 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97937 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 23.8 % / Av σ(I) over netI: 64.13 / 数: 486484 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.59 / D res high: 1.85 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20449 / % possible obs: 99.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 20449 / Num. obs: 20449 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 23.8 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.59 / Net I/σ(I): 9.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.3 / FOM acentric: 0.368 / FOM centric: 0 / 反射: 19288 / Reflection acentric: 15730 / Reflection centric: 3558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis acentric: 1.82 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.1 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 15730 / Reflection centric: 3558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 20352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.86→34.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.1871 / WRfactor Rwork: 0.166 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9098 / SU B: 4.157 / SU ML: 0.057 / SU R Cruickshank DPI: 0.0999 / SU Rfree: 0.0951 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.095 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.66 Å2 / Biso mean: 35.5082 Å2 / Biso min: 20.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→34.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.7707 Å / Origin y: 19.5791 Å / Origin z: -5.1925 Å
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