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- PDB-3pe6: Crystal Structure of a soluble form of human MGLL in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pe6
タイトルCrystal Structure of a soluble form of human MGLL in complex with an inhibitor
要素Monoglyceride lipase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / alpha-beta hydrolase fold / Lipase / 2-arachidonyl-glycerol / Membrane associated / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Arachidonate production from DAG / acylglycerol catabolic process / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / triglyceride catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / monoacylglycerol lipase activity / arachidonic acid metabolic process / regulation of sensory perception of pain ...Arachidonate production from DAG / acylglycerol catabolic process / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / triglyceride catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / monoacylglycerol lipase activity / arachidonic acid metabolic process / regulation of sensory perception of pain / lysophospholipase activity / Triglyceride catabolism / regulation of signal transduction / lipid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / regulation of inflammatory response / inflammatory response / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Lipases, serine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZYH / Monoglyceride lipase / Monoglyceride lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Schubert, C. / Schalk-Hih, C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a soluble form of human monoglyceride lipase in complex with an inhibitor at 1.35 A resolution.
著者: Schalk-Hihi, C. / Schubert, C. / Alexander, R. / Bayoumy, S. / Clemente, J.C. / Deckman, I. / DesJarlais, R.L. / Dzordzorme, K.C. / Flores, C.M. / Grasberger, B. / Kranz, J.K. / Lewandowski, ...著者: Schalk-Hihi, C. / Schubert, C. / Alexander, R. / Bayoumy, S. / Clemente, J.C. / Deckman, I. / DesJarlais, R.L. / Dzordzorme, K.C. / Flores, C.M. / Grasberger, B. / Kranz, J.K. / Lewandowski, F. / Liu, L. / Ma, H. / Maguire, D. / Macielag, M.J. / McDonnell, M.E. / Mezzasalma Haarlander, T. / Miller, R. / Milligan, C. / Reynolds, C. / Kuo, L.C.
履歴
登録2010年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6382
ポリマ－33,1911
非ポリマー4471
水6,485360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.947, 128.145, 60.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-475-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Monoglyceride lipase / MGLL protein / isoform CRA_b / cDNA / FLJ96595 / Homo sapiens monoglyceride lipase (MGLL) / mRNA


分子量: 33191.125 Da / 分子数: 1 / 断片: Short form of MGLL (UNP residues 11 to 313) / 変異: K36A, L169S, L176S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGLL, hCG_40840
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6IBG9, UniProt: Q99685*PLUS, acylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-ZYH / (2-cyclohexyl-1,3-benzoxazol-6-yl){3-[4-(pyrimidin-2-yl)piperazin-1-yl]azetidin-1-yl}methanone


分子量: 446.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30N6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEGMME5000 MES glucopyranoside, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 79919 / Num. obs: 79919 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 34.2
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique all: 4728 / % possible all: 53.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1A8Q

1a8q


解像度: 1.35→30.42 Å / SU ML: 1.17 / Isotropic thermal model: partially anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1466 1794 2.51 %Random
Rwork0.114 ---
obs0.1148 71433 88.91 %-
all-71433 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.862 Å2 / ksol: 0.464 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5786 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.3961 Å20 Å2
3----0.7641 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→30.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2238 0 33 360 2631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4358951
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8771279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011742
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.38650.32191000.21933696X-RAY DIFFRACTION63
1.3865-1.42730.24181120.16434306X-RAY DIFFRACTION72
1.4273-1.47340.19381230.13524695X-RAY DIFFRACTION79
1.4734-1.5260.18831280.1124923X-RAY DIFFRACTION82
1.526-1.58710.14311300.09695166X-RAY DIFFRACTION86
1.5871-1.65940.13531400.0885463X-RAY DIFFRACTION92
1.6594-1.74680.10771430.08425747X-RAY DIFFRACTION96
1.7468-1.85630.12891520.08455851X-RAY DIFFRACTION97
1.8563-1.99960.1351520.08745904X-RAY DIFFRACTION98
1.9996-2.20070.12081540.08715980X-RAY DIFFRACTION99
2.2007-2.5190.11351540.09266004X-RAY DIFFRACTION99
2.519-3.17320.12881570.10596081X-RAY DIFFRACTION100
3.1732-30.42820.15721490.14485823X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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