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万見
- PDB-3pdr: Crystal structure of manganese bound M-box RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pdr
タイトルCrystal structure of manganese bound M-box RNA
要素M-box Riboswitch RNA
キーワードRNA / manganese-RNA complex
機能・相同性: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.853 Å
データ登録者Ramesh, A. / Winkler, W.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Insights into Metalloregulation by M-box Riboswitch RNAs via Structural Analysis of Manganese-Bound Complexes.
著者: Ramesh, A. / Wakeman, C.A. / Winkler, W.C.
履歴
登録2010年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: M-box Riboswitch RNA
A: M-box Riboswitch RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,22933
ポリマ－103,6212
非ポリマー1,60831
水9,872548
1
X: M-box Riboswitch RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,58716
ポリマ－51,8111
非ポリマー77715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: M-box Riboswitch RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,64217
ポリマ－51,8111
非ポリマー83116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area44810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.780, 102.487, 126.375
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 M-box Riboswitch RNA


分子量: 51810.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: AL009126.3
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: 10%MPD, 40mM sodium cacodylate, 12mM Spermine .4HCl,20mM KCl, 50mM Ammonium sulfate, 5mM MnCl2, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月8日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.853→50 Å / Num. obs: 73903 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
1.853-1.895.60.91697.6
1.89-1.935.60.76898.1
1.93-1.965.60.6998
1.96-25.60.5497.8
2-2.055.70.48897.9
2.05-2.095.70.42197.7
2.09-2.155.70.34597.5
2.15-2.215.80.30797.5
2.21-2.275.80.27997.4
2.27-2.345.70.23697.2
2.34-2.435.80.19496.8
2.43-2.525.80.16897.1
2.52-2.645.80.13696.8
2.64-2.785.80.11696.9
2.78-2.955.80.09496.6
2.95-3.185.70.07696.9
3.18-3.55.70.06996.6
3.5-4.015.60.05596
4.01-5.055.60.04395.2
5.05-505.80.0491.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 47.33 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å47.49 Å
Translation2.5 Å47.49 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.853→47.488 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 23.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 3497 5.05 %
Rwork0.1922 --
obs0.194 69314 90.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.72 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.023 Å2-0 Å20 Å2
2---2.2667 Å20 Å2
3---4.2897 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.853→47.488 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 6862 31 548 7441
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42811956
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4653858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8531-1.87850.33971160.27542046X-RAY DIFFRACTION72
1.8785-1.90530.31811190.26082356X-RAY DIFFRACTION82
1.9053-1.93380.33551170.25912426X-RAY DIFFRACTION84
1.9338-1.9640.27241370.25462458X-RAY DIFFRACTION85
1.964-1.99620.29181400.24282466X-RAY DIFFRACTION87
1.9962-2.03060.30481340.22542526X-RAY DIFFRACTION87
2.0306-2.06750.29881340.22852581X-RAY DIFFRACTION90
2.0675-2.10730.28491510.21852566X-RAY DIFFRACTION90
2.1073-2.15030.26591460.20912621X-RAY DIFFRACTION90
2.1503-2.1970.23851410.2042591X-RAY DIFFRACTION91
2.197-2.24820.23051360.21222633X-RAY DIFFRACTION91
2.2482-2.30440.27131400.21712585X-RAY DIFFRACTION90
2.3044-2.36670.28221370.21972670X-RAY DIFFRACTION92
2.3667-2.43630.31671390.21952657X-RAY DIFFRACTION92
2.4363-2.5150.25081240.21852706X-RAY DIFFRACTION93
2.515-2.60480.26141460.22092693X-RAY DIFFRACTION93
2.6048-2.70910.25961530.22622732X-RAY DIFFRACTION94
2.7091-2.83240.26511570.23212729X-RAY DIFFRACTION95
2.8324-2.98170.25581420.20292788X-RAY DIFFRACTION96
2.9817-3.16850.2251410.18012808X-RAY DIFFRACTION95
3.1685-3.41310.17861480.16612823X-RAY DIFFRACTION96
3.4131-3.75640.20831440.15712827X-RAY DIFFRACTION96
3.7564-4.29970.1521560.13862827X-RAY DIFFRACTION95
4.2997-5.41590.161510.14072839X-RAY DIFFRACTION95
5.4159-47.50360.1871480.16762863X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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