PDB-3pdq: Crystal structure of JMJD2A complexed with bipyridyl inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pdq

タイトル

Crystal structure of JMJD2A complexed with bipyridyl inhibitor

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

Oxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / jmjC Domain / Oxidoreductase / Chromatin Regulator / Dioxygenase / Transcription / Iron / 2-oxoglutarate / alpha-ketoglutarate / Demethylation / Nucleus / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.989 Å

データ登録者

King, O.N.F. / Chang, K.-H. / Rose, N.R. / Clifton, I.J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2011
タイトル: Inhibition of histone demethylases by 4-carboxy-2,2'-bipyridyl compounds
著者: Chang, K.-H. / King, O.N.F. / Tumber, A. / Woon, E.C. / Heightman, T.D. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Rose, N.R.

履歴

登録	2010年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年3月26日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pdq.cif.gz	317.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pdq.ent.gz	256.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pdq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pdq_validation.pdf.gz	996.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pdq_full_validation.pdf.gz	1006.8 KB	表示
XML形式データ	3pdq_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	3pdq_validation.cif.gz	49.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/3pdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/3pdq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ox0S 2oq7 2vd7 2wwj 3njy S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5f37-4 5f2w-4 5f32-3 5a7s-2 5f39-4 5fwe-2 5a7q-1 4ai9-1 5f2w-3 6cg1-1 6h4q-4 2gp3-2 6h4v-3 3rvh-1 1u24-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

89.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.770, 149.440, 57.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 44326.273 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain, residues 1-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A

分子量: 44326.273 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain, residues 1-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 6種, 565分子

#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-KC6 / 4'-[(2-aminoethyl)carbamoyl]-2,2'-bipyridine-4-carboxylic acid 分子量: 286.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄N₄O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.45 % / Mosaicity: 0.33 °
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Citrate, 4mM NiCl2, 17.5% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月8日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.3 % / 数: 379832 / R_merge(I) obs: 0.087 / D res high: 1.99 Å / D res low: 53.5 Å

反射

解像度: 1.989→83.549 Å / Num. all: 60331 / Num. obs: 60331 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 27.67 Å² / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.99-2.1	6.3	0.653	0.599	1.3	55049	8698	0.257	0.653	0.599	3	100
2.1-2.22	6.4	0.403	0.37	2.1	52978	8246	0.158	0.403	0.37	4.8	100
2.22-2.38	6.4	0.259	0.238	3.2	49658	7744	0.102	0.259	0.238	7	100
2.38-2.57	6.4	0.18	0.165	4.6	46191	7204	0.07	0.18	0.165	9.4	100
2.57-2.81	6.4	0.132	0.121	5.9	42658	6695	0.052	0.132	0.121	13.5	100
2.81-3.14	6.3	0.083	0.076	9	38519	6082	0.033	0.083	0.076	18.3	100
3.14-3.63	6.2	0.06	0.055	11.5	33676	5391	0.024	0.06	0.055	23.9	100
3.63-4.45	6.1	0.08	0.073	7.8	28060	4588	0.031	0.08	0.073	28.5	100
4.45-6.29	5.8	0.053	0.049	11.1	20895	3608	0.022	0.053	0.049	31	99.9
6.29-49.813	5.9	0.031	0.028	21.8	12148	2075	0.012	0.031	0.028	33.4	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.6_289	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OX0

2ox0

解像度: 1.989→45.469 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 19.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2072	2950	5.05 %	Random
R_work	0.167	-	-	-
all	0.169	58409	-	-
obs	0.169	58409	96.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.426 Å² / k_sol: 0.334 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.46 Å² / B_iso mean: 36.2503 Å² / B_iso min: 7.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4143 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1813 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.2331 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.989→45.469 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5651	0	53	552	6256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.087	8148
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	839
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1052
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.509	2166

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.989-2.0216	0.2835	131	0.2282	2384	2515	89
2.0216-2.0565	0.2729	132	0.2146	2499	2631	91
2.0565-2.0939	0.2455	149	0.2061	2447	2596	92
2.0939-2.1341	0.2794	134	0.2018	2490	2624	93
2.1341-2.1777	0.2666	131	0.1982	2571	2702	95
2.1777-2.225	0.2443	136	0.1845	2589	2725	95
2.225-2.2768	0.2351	138	0.1723	2570	2708	96
2.2768-2.3337	0.2101	131	0.1662	2585	2716	97
2.3337-2.3968	0.2134	157	0.1657	2636	2793	97
2.3968-2.4674	0.217	126	0.1635	2637	2763	97
2.4674-2.547	0.2022	137	0.1683	2648	2785	98
2.547-2.638	0.2259	155	0.1729	2646	2801	98
2.638-2.7436	0.2128	146	0.1733	2695	2841	99
2.7436-2.8685	0.2263	154	0.1761	2686	2840	99
2.8685-3.0197	0.2481	130	0.1803	2698	2828	99
3.0197-3.2088	0.1904	137	0.1701	2731	2868	99
3.2088-3.4565	0.2107	145	0.1635	2710	2855	100
3.4565-3.8042	0.187	141	0.1541	2757	2898	100
3.8042-4.3543	0.1646	140	0.1372	2770	2910	100
4.3543-5.4844	0.152	160	0.1244	2781	2941	100
5.4844-45.4812	0.1739	140	0.1598	2929	3069	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7892	-0.6445	0.6743	1.6605	-0.6415	1.6811	0.3962	0.4945	-0.5857	-0.3398	-0.0383	1.2485	0.3889	-0.6164	-0.0217	0.3841	0.114	-0.1803	0.4613	-0.0851	0.4043	-44.4841	-28.2049	-31.2909
2	1.055	-0.97	0.6545	1.632	-0.1034	0.7075	0.4823	0.7332	-0.3158	-0.4805	-0.4789	0.3374	0.2909	0.1171	-0.2623	0.3332	0.168	-0.0987	0.4519	-0.0724	0.1497	-36.931	-23.6296	-34.7298
3	2.0512	-0.3345	0.8041	2.309	-0.5174	1.0063	0.2969	0.5838	0.0205	-0.1662	-0.4724	-0.5794	0.1342	0.4639	0.2447	0.1299	0.1343	0.1519	0.3722	0.1248	0.1664	-13.1935	-25.2443	-25.2406
4	1.9882	-0.8584	0.6843	1.0944	-0.2931	0.2672	0.2142	0.3719	0.1946	-0.2163	-0.2916	-0.0229	0.0349	0.1745	-0.0001	0.1684	0.0568	0.0375	0.262	0.0511	0.1196	-28.2309	-17.7417	-26.1745
5	0.0552	0.0459	-0.0801	0.0246	-0.0799	0.0979	-0.0201	-0.2905	-0.277	0.3102	0.0418	0.3735	-0.0841	-0.2196	0.0002	0.2745	-0.0062	0.0748	0.1724	0.0315	0.2739	-34.2279	-32.0318	-7.2934
6	0.3427	-0.0112	0.0376	0.1865	-0.0679	0.1778	-0.1298	-0.4154	0.1675	0.3313	-0.1449	-0.141	-0.3499	-0.0473	-0.003	0.2498	-0.0355	0.0013	0.2739	0.007	0.1498	-25.8968	-23.7536	-3.6509
7	0.1347	-0.0223	0.0346	0.0556	0.019	-0.0364	0.0919	-0.0795	0.0139	-0.007	-0.0928	-0.1776	0.0197	0.0523	-0.0001	0.1591	-0.0151	0.0379	0.1643	0.0425	0.18	-24.8813	-33.653	-12.18
8	1.4939	-0.9443	0.6649	1.0019	-0.7064	0.2569	0.1781	0.2153	-0.0227	-0.1501	-0.2073	0.2281	0.0719	0.0917	0	0.1569	0.0178	-0.0069	0.2049	-0.0206	0.133	-32.8697	-22.7978	-21.2049
9	0.6697	-0.9576	-0.4477	0.9089	-0.1507	1.2109	-0.0015	-0.039	-0.1139	0.1376	-0.0262	0.3256	-0.0859	-0.2615	0.0001	0.0701	0.0275	-0.0036	0.1173	-0.0374	0.2228	-47.9829	-14.1732	-13.6388
10	0.9014	0.081	-0.2339	0.6805	-0.4584	0.2889	0.0799	0.1494	0.3593	-0.2891	-0.0857	-0.5271	0.1883	0.1945	0.0011	0.303	0.0193	0.0872	0.163	0.0048	0.2768	-26.7508	-52.1435	-8.238
11	0.1079	-0.0067	0.0194	1.4537	-0.4678	0.3462	-0.1388	0.4057	0.0602	-0.3578	0.2619	0.4288	0.5226	-0.7041	0.3177	0.5176	-0.266	-0.1969	0.3875	-0.0244	0.1789	-51.7276	-64.4131	-8.682
12	0.3237	0.0033	-0.2296	0.0148	-0.0062	0.1287	-0.0344	0.0159	0.0939	0.1417	0.107	0.2924	0.1749	-0.0778	0	0.1856	-0.0648	-0.0628	0.2676	0.0276	0.2443	-54.4898	-50.8737	10.9058
13	0.8923	-0.3126	-0.7487	0.2743	0.4787	0.9374	-0.0688	0.3421	0.1163	-0.6959	0.2422	0.3858	0.1087	-0.6751	0.0731	0.3425	-0.1754	-0.1988	0.5128	0.1834	0.2848	-56.9181	-49.9531	-6.8152
14	0.9862	-0.0138	-0.1966	0.6116	-0.1295	1.0675	0.0072	0.0051	-0.0244	-0.2221	0.1428	-0.0862	0.3102	-0.1897	0	0.2647	-0.0586	-0.0838	0.1127	0.008	0.169	-41.7182	-57.9188	-0.3936
15	0.1116	-0.2679	-0.0904	0.5066	0.1563	0.4092	-0.1094	-0.5151	0.0954	0.0312	0.0523	-0.1622	-0.0916	0.1295	0.0001	0.2062	-0.0041	-0.0672	0.2735	-0.0612	0.2174	-38.322	-47.9641	18.6962
16	0.2736	-0.0017	-0.0792	0.068	-0.0721	0.2051	0.1271	-0.0989	0.0216	-0.0252	0.2087	0.0614	-0.1109	-0.2069	0.0022	0.1939	-0.04	-0.0324	0.1631	0.0082	0.27	-43.1698	-40.8873	11.3147
17	0.9738	-0.6081	-0.2744	0.5803	-0.3295	0.7233	-0.0104	-0.1208	-0.02	-0.1404	0.0706	-0.1112	0.1074	-0.0408	0	0.1805	-0.0428	-0.0452	0.083	0.0139	0.1656	-35.3913	-54.294	3.9668
18	0.0952	-0.287	0.0709	0.226	-0.146	0.3825	0.1186	-0.2328	-0.2531	0.0221	0.0298	-0.0221	-0.0584	-0.0213	0.0002	0.2631	0.054	-0.0027	0.2206	0.0432	0.3849	-20.882	-66.7306	15.9742
19	0.1275	-0.15	0.0538	0.0499	-0.0213	0.0627	0.0221	-0.1209	0.0994	0.023	-0.1673	-0.6091	-0.0192	0.4487	-0.0001	0.2115	0.0446	0.0255	0.3117	-0.0118	0.5538	-17.5128	-53.5277	3.6492

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:29)	A	3 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 30:61)	A	30 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 62:123)	A	62 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 124:213)	A	124 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 214:225)	A	214 - 225
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 226:239)	A	226 - 239
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 240:254)	A	240 - 254
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 255:309)	A	255 - 309
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 310:355)	A	310 - 355
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 7:54)	B	7 - 54
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 55:72)	B	55 - 72
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 73:91)	B	73 - 91
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 92:117)	B	92 - 117
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 118:213)	B	118 - 213
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 214:240)	B	214 - 240
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 241:253)	B	241 - 253
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 254:311)	B	254 - 311
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 312:338)	B	312 - 338
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 339:354)	B	339 - 354

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 565分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 565分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 565分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)