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万見
- PDB-3pdm: Hibiscus Latent Singapore virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pdm
タイトルHibiscus Latent Singapore virus
要素
  • Coat protein
  • RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
キーワードVIRUS / HELICAL VIRUS / VIRUS-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hibiscus latent Singapore virus (ウイルス)
手法繊維回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Tewary, S.K. / Wong, S.M. / Swaminathan, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of Hibiscus latent Singapore virus by fiber diffraction: A non-conserved His122 contributes to coat protein stability
著者: Tewary, S.K. / Oda, T. / Kendall, A. / Bian, W. / Stubbs, G. / Wong, S.M. / Swaminathan, K.
履歴
登録2010年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
P: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0382
ポリマ－19,0382
非ポリマー00
水00
1
R: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
P: Coat protein
x 49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)932,85998
ポリマ－932,85998
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation48
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)1.000, 1.000, 1.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 49 / Rise per n subunits: 1.439 Å / Rotation per n subunits: 22.041 °)
詳細HLSV IS A ROD-SHAPED VIRUS 3000 ANGSTROMS LONG AND 180 ANGSTROMS IN DIAMETER, WITH A CENTRAL HOLE OF DIAMETER 40 ANGSTROMS. APPROXIMATELY 2150 IDENTICAL PROTEIN SUBUNITS OF MOLECULAR WEIGHT 17500 FORM A RIGHT-HANDED HELIX OF PITCH 23.5 ANGSTROMS AND LENGTH 70.5 ANGTROMS WITH 49 SUBUNITS IN THREE TURNS. A SINGLE STRAND OF RNA FOLLOWS THE BASIC HELIX BETWEEN THE PROTEIN SUBUNITS AT A DISTANCE OF 40 ANGSTROMS. THERE ARE THREE NUCLEOTIDES BOUND TO EACH PROTEIN SUBUNIT. THE ASSEMBLY REPRESENTED IN THIS ENTRY HAS REGULAR HELICAL SYMMETRY WITH THE FOLLOWING PARAMETERS: ROTATION PER SUBUNIT (TWIST) = 1080.00/49 DEGREES RISE PER SUBUNIT (HEIGHT) = 70.5/49 ANGSTROMS COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN.

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')


分子量: 958.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic RNA
#2: タンパク質 Coat protein


分子量: 18079.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hibiscus latent Singapore virus (ウイルス)
参照: UniProt: Q8BE68

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実験情報

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実験

実験手法: 繊維回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化手法: oriented sol / 詳細: Oriented sol

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 3486 / Num. obs: 3486 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
WCENデータ削減
RADデータ削減
CORRデータ削減
WCENデータスケーリング
RADデータスケーリング
CORRデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→50 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY FIBER DIFFRACTION USING MOLECULAR REPLACEMENT WITH LAYER-LINE SPLITTING, SOLVENT FLATTENING REFINEMENT AND RESTRAINED LEAST SQUARES COORDINATE REFINEMENT. THE ...詳細: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY FIBER DIFFRACTION USING MOLECULAR REPLACEMENT WITH LAYER-LINE SPLITTING, SOLVENT FLATTENING REFINEMENT AND RESTRAINED LEAST SQUARES COORDINATE REFINEMENT. THE STRUCTURE INCLUDES 162 OF THE 163 AMINO ACIDS AND THREE RNA NUCLEOTIDES MODELLED AS GAA BUT REPRESENTING THE ENTIRE NUCLEIC ACID CONTENT.
Rfactor反射数
Rwork0.096 -
obs0.096 3486
all-3486
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1277 64 0 0 1341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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