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- PDB-3pd7: Crystal Structure of the Sixth BRCT Domain of Human TopBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pd7
タイトルCrystal Structure of the Sixth BRCT Domain of Human TopBP1
要素DNA topoisomerase 2-binding protein 1
キーワードCELL CYCLE / BRCT DOMAIN / DNA REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


broken chromosome clustering / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / homologous recombination / DNA replication checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / mitotic DNA replication checkpoint signaling ...broken chromosome clustering / BRCA1-B complex / phosphorylation-dependent protein binding / homologous recombination / DNA replication checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / mitotic DNA replication checkpoint signaling / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / DNA metabolic process / response to ionizing radiation / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / site of DNA damage / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / DNA replication initiation / chromosome organization / male germ cell nucleus / protein serine/threonine kinase activator activity / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / double-strand break repair via homologous recombination / G2/M DNA damage checkpoint / PML body / spindle pole / actin cytoskeleton / site of double-strand break / chromosome / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / nuclear body / DNA repair / centrosome / DNA damage response / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / TopBP1, BRCT0 domain / TopBP1/SLF1, BRCT domain / TopBP1, first BRCT domain / : / Secretoglobin superfamily / twin BRCT domain / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain ...: / TopBP1, BRCT0 domain / TopBP1/SLF1, BRCT domain / TopBP1, first BRCT domain / : / Secretoglobin superfamily / twin BRCT domain / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 2-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Lee, J. / Xu, C. / Cui, G. / Thompson, J.R. / Mer, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Sixth BRCT Domain of Human TopBP1
著者: Lee, J. / Xu, C. / Cui, G. / Thompson, J.R. / Mer, G.
履歴
登録2010年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年12月8日ID: 3L3E
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2-binding protein 1
B: DNA topoisomerase 2-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4332
ポリマ－24,4332
非ポリマー00
水6,431357
1
A: DNA topoisomerase 2-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2171
ポリマ－12,2171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA topoisomerase 2-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2171
ポリマ－12,2171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.877, 37.911, 79.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-29-

HOH

21A-145-

HOH

31A-162-

HOH

41B-24-

HOH

51B-72-

HOH

61B-156-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 2-binding protein 1 / DNA topoisomerase II-beta-binding protein 1 / TopBP1 / DNA topoisomerase II-binding protein 1


分子量: 12216.718 Da / 分子数: 2 / 断片: Sixth BRCT domain, UNP residues 893-994 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOPBP1, KIAA0259 / プラスミド: pTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92547
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0079 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0079 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→50 Å / Num. obs: 51641 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 53.6
反射 シェル解像度: 1.26→1.31 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique all: 9747 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.26→25.322 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1444 654 1.27 %RANDOM
Rwork0.1138 ---
obs0.1141 51641 97.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.479 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2975 Å2-0 Å20.846 Å2
2---4.8434 Å2-0 Å2
3---0.5459 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→25.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1518 0 0 357 1875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0221745
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8932391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.41699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.26-1.35690.15751330.11249747X-RAY DIFFRACTION94
1.3569-1.49340.15711400.095810118X-RAY DIFFRACTION97
1.4934-1.70950.13041280.085510225X-RAY DIFFRACTION98
1.7095-2.15360.12671240.083110400X-RAY DIFFRACTION99
2.1536-25.32740.13781290.12410497X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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