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- PDB-3pcy: THE CRYSTAL STRUCTURE OF MERCURY-SUBSTITUTED POPLAR PLASTOCYANIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pcy
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF MERCURY-SUBSTITUTED POPLAR PLASTOCYANIN AT 1.9-ANGSTROMS RESOLUTION
要素PLASTOCYANIN
キーワードELECTRON TRANSPORT PROTEIN(CUPROPROTEIN)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast thylakoid membrane / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Plastocyanin A, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Populus nigra (クロヤマナラシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Church, W.B. / Guss, J.M. / Potter, J.J. / Freeman, H.C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: The crystal structure of mercury-substituted poplar plastocyanin at 1.9-A resolution.
著者: Church, W.B. / Guss, J.M. / Potter, J.J. / Freeman, H.C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1984
タイトル: The Crystal Structure of Poplar Apoplastocyanin at 1.8-Angstroms Resolution. The Geometry of the Copper-Binding Site is Created by the Polypeptide
著者: Garrett, T.P.J. / Clingeleffer, D.J. / Guss, J.M. / Rogers, S.J. / Freeman, H.C.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Structure of Oxidized Poplar Plastocyanin at 1.6 Angstroms Resolution
著者: Guss, J.M. / Freeman, H.C.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1978
タイトル: X-Ray Crystal Structure Analysis of Plastocyanin at 2.7 Angstroms Resolution
著者: Colman, P.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. / Murata, M. / Norris, V.A. / Ramshaw, J.A.M. / Venkatappa, M.P.
履歴
登録1985年12月10日処理サイト: BNL
改定 1.01986年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLASTOCYANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6942
ポリマ－10,4941
非ポリマー2011
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.830, 46.650, 57.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES 16 AND 36 ARE CIS-PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 PLASTOCYANIN


分子量: 10493.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Populus nigra (クロヤマナラシ)
参照: UniProt: P00299
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.72 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.6 Mammonium sulfate11
20.1 Msodium phosphate11

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 6530

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.9→5.5 Å / Rfactor obs: 0.16 / σ(I): 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→5.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数738 0 1 59 798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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