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- PDB-3pco: crystal structure of E. coli phenylalanine-tRNA synthetase comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pco
タイトルcrystal structure of E. coli phenylalanine-tRNA synthetase complexed with phenylalanine and AMP
要素
  • Phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha subunit
  • Phenylalanyl-tRNA synthetase, beta chain
キーワードLIGASE / AMINOACYLATION / TRNA-BINDING / DNA-BINDING DOMAIN / FOUR-HELIX BUNDLE / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / PROTEIN BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain ...Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / B3/4 domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / 3-Layer(bba) Sandwich / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHENYLALANINE / : / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Mermershtain, I. / Finarov, I. / Klipcan, L. / Kessler, N. / Rozenberg, H. / Safro, M.G.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Idiosyncrasy and identity in the prokaryotic phe-system: crystal structure of E. coli phenylalanyl-tRNA synthetase complexed with phenylalanine and AMP.
著者: Mermershtain, I. / Finarov, I. / Klipcan, L. / Kessler, N. / Rozenberg, H. / Safro, M.G.
履歴
登録2010年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha subunit
B: Phenylalanyl-tRNA synthetase, beta chain
C: Phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha subunit
D: Phenylalanyl-tRNA synthetase, beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,7468
ポリマ－248,7224
非ポリマー1,0254
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25320 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area87320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.547, 178.936, 254.417
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phenylalanyl-tRNA synthetase, alpha subunit


分子量: 36877.730 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGASE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EcDH1_1928 / プラスミド: PQE31+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 blue / 参照: UniProt: C9QTZ3, UniProt: P08312*PLUS
#2: タンパク質 Phenylalanyl-tRNA synthetase, beta chain


分子量: 87483.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PQE31+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 blue / 参照: UniProt: P07395
#3: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / Phenylalanine--tRNA ligase beta chain / PheRS / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2 / 参照: phenylalanine-tRNA ligase
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 17%-20% PEG 8000K, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→38.71 Å / Num. all: 5749 / Num. obs: 58932 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Χ2: 0.934 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3-3.113.80.80857490.79198.3
3.11-3.234.40.56558260.81899.9
3.23-3.384.60.38258460.85299.9
3.38-3.564.60.25758360.91599.8
3.56-3.784.60.18258790.93799.7
3.78-4.074.60.12758990.97399.7
4.07-4.484.50.09358620.98999.5
4.48-5.134.50.0765910199.3
5.13-6.464.50.09459881.06199
6.46-404.20.05461370.96197.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry code 1PYS

1pys


解像度: 3.02→38.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU B: 54.147 / SU ML: 0.438 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.506 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2998 2981 5.1 %RANDOM
Rwork0.2317 ---
all0.2352 5749 --
obs0.2352 58880 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.12 Å2 / Biso mean: 91.794 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.52 Å20 Å20 Å2
2--1.6 Å20 Å2
3----5.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→38.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16654 0 70 0 16724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02217016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8111.96523081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.26152153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.40523.897793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.899152895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.14415147
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.22626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4861.510715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.934217274
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28636301
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2614.55807
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.098 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 181 -
Rwork0.32 3555 -
all-3736 -
obs--85.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.07560.147-0.33732.6586-0.25220.55860.10020.06020.00070.611-0.15420.15580.0422-0.08930.0540.178-0.06470.04950.0776-0.01530.0737-33.7169-6.91174.825
20.43310.0679-0.03120.7178-0.22340.69230.0461-0.00430.09980.1965-0.04690.09640.10920.01060.00080.1149-0.05670.04270.1451-0.02250.2359-33.4204-5.569174.9149
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A86 - 327
2X-RAY DIFFRACTION1C86 - 327
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 795
4X-RAY DIFFRACTION2D1 - 795

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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