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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pam
タイトルCrystal structure of a domain of transmembrane protein of ABC-type oligopeptide transport system from Bartonella henselae str. Houston-1
要素Transmembrane protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Bacterial extracellular solute-binding proteins / family 5 Middle / PSI2
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Transmembrane protein / Transmembrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bartonella henselae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Nocek, B. / Stein, A. / Mack, J. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a domain of transmembrane protein of ABC-type oligopeptide transport system from Bartonella henselae str. Houston-1"
著者: Nocek, B. / Stein, A. / Mack, J. / Buck, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane protein
B: Transmembrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,59112
ポリマ-59,1312
非ポリマー46110
1,20767
1
A: Transmembrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8427
ポリマ-29,5651
非ポリマー2766
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Transmembrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7505
ポリマ-29,5651
非ポリマー1844
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.847, 39.715, 101.353
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 29565.344 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 319-574 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア)
: Houston-1 / 遺伝子: BH08740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q6G3A9, UniProt: A0A0H3LXD4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17 % PEG 4000, 8.5% 2-Propanol, Hepes 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.876
11-L, K, H20.124
反射解像度: 2.31→37 Å / Num. all: 32185 / Num. obs: 31961 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.31→2.49 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. unique all: 3201 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
Auto-Rickshaw位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.31→36.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 12.715 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25684 1616 5.1 %RANDOM
Rwork0.22331 ---
all0.23 31871 --
obs0.22496 30255 88.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.452 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.46 Å20 Å2-4.56 Å2
2---6.84 Å20 Å2
3---11.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→36.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3883 0 30 67 3980
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223993
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3531.9415408
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9155505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.04924.162185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.61615615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4171523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4051.52528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70524011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.43131465
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0414.51396
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.366 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0 0
Rwork0 0
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8662-1.1488-4.53052.78292.12641.6233-0.3596-0.4495-1.64780.138-0.01770.92360.8120.00640.37730.6726-0.1523-0.05640.47680.22990.956216.2741-5.80550.2791
25.2576-2.4687-4.68685.4085-0.87665.8017-0.028-0.05520.2841-0.24720.02880.0478-0.30240.0726-0.00080.3726-0.0314-0.07630.260.04860.297220.70157.795144.7731
36.5748-1.96581.72977.5917-2.83265.57810.11480.1823-0.5678-0.7023-0.0610.03840.59050.2944-0.05380.35270.0140.07820.351-0.05310.275923.3322-3.738539.5336
4-1.23-1.4781-7.316.5362-3.2766-13.31930.1861-0.6314-1.31920.43390.0092-0.40440.69540.3026-0.19530.94760.061-0.21140.80970.38490.997627.316-16.764446.0074
55.4274-1.16853.1880.3219-0.6652.68940.3271-0.0303-1.04510.1816-0.0846-0.04840.64350.3285-0.24250.6062-0.0046-0.01910.41780.07720.654713.353-14.159545.3911
60.81390.56341.1118-0.21560.97022.2455-0.11360.4462-0.3772-0.3538-0.0563-0.0024-0.0948-0.10680.16990.4217-0.080.08710.5762-0.04560.4432.1651-0.625431.6583
710.07694.75-4.575225.9587-6.64645.1626-0.38610.83060.3306-0.66220.54940.6055-0.0146-0.5017-0.16330.6533-0.10180.02170.6121-0.09240.39059.0335-6.157429.3735
81.90193.6588-3.68587.8197-0.10013.0528-0.084-0.4037-0.45080.34690.0232-1.02790.50490.89390.06090.62680.07180.02170.5958-0.05260.469625.3466-11.716535.4937
92.6401-6.2182-2.74316.9558-4.70197.5983-0.03220.501-0.1031-0.94150.14220.38490.0311-0.3127-0.10990.3678-0.15830.08140.50450.00440.271227.99882.094931.805
101.04593.3719-1.12143.813-1.98337.2065-0.12970.01730.50070.12490.05510.4067-0.8147-0.43440.07470.3768-0.001-0.0070.34370.00240.32335.21378.630338.4211
113.03-1.2751-1.635210.9535-8.025111.9111-0.2749-0.7035-0.51460.82830.1113-0.0529-0.1894-0.19620.16370.3034-0.03470.05040.51580.1290.34326.7583-2.71755.7456
124.8218-4.50486.4446.208-0.18383.30390.5238-0.6608-0.4699-0.2143-0.03530.20421.0755-0.3839-0.48840.43460.05590.07280.31240.12830.307729.1939-8.117951.003
138.1721-2.9546-3.28926.3741-4.16258.3088-0.0043-0.2701-0.1473-0.21980.2004-0.43770.4370.4245-0.19610.2714-0.00350.05820.36420.03880.383133.7717-1.720844.9604
144.4435-3.6666-0.05243.96661.90511.8761-0.1219-0.59690.1450.3120.1972-0.0828-0.04080.0618-0.07530.4176-0.0070.08680.59520.04760.343522.87462.372961.9965
1535.5535-6.0181-6.83674.734-7.834311.3828-0.1517-0.56330.42650.3536-0.0162-0.1069-0.6031-0.04040.16790.2638-0.0045-0.00140.3019-0.01070.272120.25516.984754.6431
1613.95745.5815-0.40421.80050.6716-0.5630.01180.0241-0.1329-0.0357-0.06110.33680.3051-0.23450.04920.4179-0.05120.05650.6210.0630.593110.378-5.941253.7999
175.31491.19681.26313.10110.40874.03-0.0978-0.14220.184-0.01770.0420.2523-0.1019-0.30240.05580.25830.02130.05420.25760.01450.28916.4045.362849.7897
1812.011310.59941.20789.222-0.26892.29580.05110.1710.0521-0.1054-0.00460.2794-0.1486-0.3954-0.04660.35750.02280.02120.3813-0.01290.3701-6.6379-0.003443.0695
194.0566-0.1336-1.53360.12710.3227-0.0328-0.04740.7932-0.2989-0.17160.06250.1712-0.0539-0.2842-0.01510.3755-0.05730.03230.4058-0.00530.42460.9447-4.507539.2037
203.1838-1.28732.28070.15-0.51392.43180.1758-0.5166-0.8185-0.17570.16480.29590.7268-0.3761-0.34060.4287-0.00340.07790.39930.03090.456215.6563-7.345445.9921
212.30382.3599-3.6109-2.312-1.790816.97940.2231-0.2164-0.7045-0.0715-0.5003-0.40182.14121.12230.27710.8903-0.0827-0.2280.46440.18340.652545.5411-16.60882.0144
2210.7496-0.10126.2831-1.24651.77153.9605-0.21510.6130.9671-0.358-0.1887-0.0567-0.6125-0.10180.40390.4910.04470.10860.42510.08840.335345.0069-1.751979.2839
23-1.0142-2.1983-7.59749.3075.62464.42610.9144-0.78050.4658-0.1698-0.49560.191-0.3635-0.641-0.41880.4481-0.01120.30361.0131-0.01310.389235.724-5.951478.7327
241.5922-6.6926-1.074312.80781.77031.34460.09670.3435-0.5833-0.1377-0.19660.90850.3859-0.78770.09990.5216-0.13440.06830.6660.04230.381338.6206-20.030771.8105
251.6262-0.2032-1.88811.64251.20382.37660.060.1075-0.0095-0.13370.2915-0.30130.33970.1754-0.35140.7612-0.0415-0.00960.40240.02920.479843.4242-27.706475.7612
26-0.63524.1663.27844.16554.72559.980.34080.0285-0.6439-0.0680.16570.56380.3732-0.8553-0.50650.6898-0.15530.07650.69390.22250.741232.9945-22.482295.0706
273.73051.67360.28183.80432.64633.3719-0.02580.1901-0.1733-0.24580.1850.25880.09-1.1067-0.15930.6386-0.06690.12941.03010.27870.355127.4365-10.201494.9415
282.604-3.80133.39554.3628-3.52536.23550.28640.0342-0.6133-0.3059-0.05621.3425-0.31610.1417-0.23020.6824-0.43580.02441.06930.09370.863128.8088-20.094280.349
2912.2154.02225.06514.93052.93736.9550.032-0.0339-0.0144-0.85810.11971.3957-0.0861-0.6537-0.15170.47870.01970.02390.84410.08380.42229.6126-8.00670.4146
307.3345-0.75091.81331.0731-1.50382.1336-0.1056-0.47520.5071-0.0330.14080.2575-0.4664-0.3397-0.03520.59750.06470.04070.4920.07650.311937.5464-0.585364.3377
3111.2724-9.23121.50247.7141-1.81964.12950.06370.1035-0.09740.3151-0.0871-0.0590.27090.69180.02350.41910.01960.03910.4291-0.0350.22853.537-14.24673.2756
325.006-2.0075-5.18285.11571.82457.85680.0782-0.0197-0.11830.1210.0327-0.18190.56910.3047-0.1110.54950.0390.00820.3715-0.0230.211948.3711-17.868769.0737
331.8447-5.70124.15884.3611-4.75776.40140.01390.1928-0.219-0.11970.17860.1075-0.0507-0.3328-0.19250.35880.03080.12190.50650.02280.261343.0472-10.892565.6241
347.41842.21650.99188.23371.8186.4679-0.0027-0.09940.54440.2530.0918-0.5797-0.30620.535-0.08910.39860.03960.06910.4611-0.02510.211960.0763-9.747377.6686
353.6235-7.3959-2.929213.823-3.321225.64810.2133-0.4520.5490.33090.0683-0.8534-0.96250.7308-0.28160.4225-0.01050.12830.38660.02830.200352.2447-4.990279.8522
36-0.2622-0.0442-0.3632-1.34961.0508-2.9782-0.0366-0.1938-0.39890.2380.0888-0.09660.3479-0.2519-0.05220.75530.02670.0360.59430.06440.590548.2224-18.659291.5571
374.14741.1058-0.76964.41731.00323.98370.1055-0.54720.11860.34580.1052-0.2695-0.34760.2817-0.21070.46970.01570.0910.3937-0.01320.241248.922-6.903493.1376
380.357-0.55522.812.4593-1.36856.0922-0.035-0.18360.17410.30520.32840.4788-0.5387-1.005-0.29330.47270.08660.19190.42090.11050.343740.6723-6.232693.195
393.94271.5428-1.58211.1874-1.68723.04620.2116-0.47470.05370.52770.14840.0066-0.1235-0.2806-0.360.65740.05760.10540.51240.0590.259538.0685-15.0171106.9402
400.9366-0.2589-0.98781.257-0.37972.32540.0240.0051-0.30950.15260.14770.25970.2524-0.289-0.17170.462-0.06510.03890.47160.09990.333238.3068-17.790689.877
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A319 - 324
2X-RAY DIFFRACTION2A325 - 335
3X-RAY DIFFRACTION3A336 - 347
4X-RAY DIFFRACTION4A348 - 352
5X-RAY DIFFRACTION5A353 - 374
6X-RAY DIFFRACTION6A375 - 394
7X-RAY DIFFRACTION7A395 - 400
8X-RAY DIFFRACTION8A401 - 417
9X-RAY DIFFRACTION9A418 - 429
10X-RAY DIFFRACTION10A430 - 444
11X-RAY DIFFRACTION11A445 - 456
12X-RAY DIFFRACTION12A457 - 462
13X-RAY DIFFRACTION13A463 - 474
14X-RAY DIFFRACTION14A475 - 488
15X-RAY DIFFRACTION15A489 - 494
16X-RAY DIFFRACTION16A495 - 503
17X-RAY DIFFRACTION17A504 - 535
18X-RAY DIFFRACTION18A536 - 547
19X-RAY DIFFRACTION19A548 - 562
20X-RAY DIFFRACTION20A563 - 574
21X-RAY DIFFRACTION21B319 - 325
22X-RAY DIFFRACTION22B326 - 331
23X-RAY DIFFRACTION23B332 - 339
24X-RAY DIFFRACTION24B340 - 349
25X-RAY DIFFRACTION25B350 - 365
26X-RAY DIFFRACTION26B366 - 380
27X-RAY DIFFRACTION27B381 - 396
28X-RAY DIFFRACTION28B397 - 415
29X-RAY DIFFRACTION29B416 - 429
30X-RAY DIFFRACTION30B430 - 445
31X-RAY DIFFRACTION31B446 - 454
32X-RAY DIFFRACTION32B455 - 464
33X-RAY DIFFRACTION33B465 - 475
34X-RAY DIFFRACTION34B476 - 488
35X-RAY DIFFRACTION35B489 - 494
36X-RAY DIFFRACTION36B495 - 506
37X-RAY DIFFRACTION37B507 - 525
38X-RAY DIFFRACTION38B526 - 538
39X-RAY DIFFRACTION39B539 - 548
40X-RAY DIFFRACTION40B549 - 574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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