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- PDB-3paf: M. jannaschii L7Ae mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3paf
タイトルM. jannaschii L7Ae mutant
要素50S ribosomal protein L7Ae
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / RNA binding protein / alpha beta sandwich / methylation core protein / K-turn RNA binding / nucleolus
機能・相同性
機能・相同性情報


box C/D sno(s)RNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D snoRNP assembly / ribosome biogenesis / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like ...Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Large ribosomal subunit protein eL8
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Biswas, S. / Maxwell, E.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and stability of M.jannaschii L7Ae El9 KtoQ mutant
著者: Biswas, S. / Gagnon, K.T. / Mattos, C. / Brown, B.A. / Maxwell, E.S.
履歴
登録2010年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L7Ae
B: 50S ribosomal protein L7Ae
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7726
ポリマ－25,4622
非ポリマー3104
水3,351186
1
A: 50S ribosomal protein L7Ae
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9233
ポリマ－12,7311
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 50S ribosomal protein L7Ae
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8493
ポリマ－12,7311
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.443, 55.634, 103.039
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae


分子量: 12730.829 Da / 分子数: 2 / 変異: L87V, E88S, V89R, A90P, K26Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: rpl7ae, MJ1203 / プラスミド: Pet 28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P54066
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG 2000MME, 0.1M Sodium acetate, 0.2M Ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 24624 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 59.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIprogramデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZWZ

1zwz


解像度: 1.7→24.249 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2085 1260 5.12 %5% reflections were set aside for Rfree calculations
Rwork0.1826 ---
obs0.1839 24624 87.77 %-
all-24624 --
溶媒の処理減衰半径: 1.13 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.77 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.1435 Å2-0 Å2-0 Å2
2---11.3963 Å2-0 Å2
3----9.7472 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.249 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1777 0 18 186 1981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.182476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.575698
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005320
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.7720.2931010.25231698X-RAY DIFFRACTION58
1.772-1.85260.23161010.22312002X-RAY DIFFRACTION69
1.8526-1.95020.23971320.19742307X-RAY DIFFRACTION80
1.9502-2.07230.25031480.20132568X-RAY DIFFRACTION88
2.0723-2.23230.22791650.19472777X-RAY DIFFRACTION96
2.2323-2.45670.25161510.1872918X-RAY DIFFRACTION99
2.4567-2.81170.24111520.19372963X-RAY DIFFRACTION100
2.8117-3.54070.22191430.1763010X-RAY DIFFRACTION100
3.5407-24.25140.15711670.16343121X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.94230.4696-0.50292.3136-0.5870.92730.0425-0.05380.0510.6991-0.06390.1314-0.21960.0328-0.01590.302-0.00140.04030.1061-0.0120.1148-0.871120.306-20.2133
21.5786-1.2218-0.55641.46010.29561.9620.14810.04010.3726-0.176-0.0942-0.575-0.34310.1165-0.08290.2269-0.04140.12530.17850.04170.347317.101123.0252-43.3653
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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