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- PDB-3pa0: Crystal Structure of Chiral Gamma-PNA with Complementary DNA Stra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pa0
タイトルCrystal Structure of Chiral Gamma-PNA with Complementary DNA Strand: Insight Into the Stability and Specificity of Recognition an Conformational Preorganization
要素
  • DNA 5'-D(*AP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3'
  • PEPTIDE NUCLEIC ACID
キーワードPEPTIDE NUCLEIC ACID/DNA / GAMMA-PNA / DNA / PEPTIDE NUCLEIC ACID-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Yeh, J.I. / Shivachev, B. / Du, S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of chiral gammaPNA with complementary DNA strand: insights into the stability and specificity of recognition and conformational preorganization.
著者: Yeh, J.I. / Shivachev, B. / Rapireddy, S. / Crawford, M.J. / Gil, R.R. / Du, S. / Madrid, M. / Ly, D.H.
履歴
登録2010年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA 5'-D(*AP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3'
B: DNA 5'-D(*AP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3'
C: PEPTIDE NUCLEIC ACID
D: PEPTIDE NUCLEIC ACID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,39911
ポリマ－11,9584
非ポリマー4417
水3,405189
1
C: PEPTIDE NUCLEIC ACID
ヘテロ分子

A: DNA 5'-D(*AP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1695
ポリマ－5,9792
非ポリマー1903
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_466x-1/2,-y+3/2,-z+11
Buried area960 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area4040 Å2
手法PISA
2
B: DNA 5'-D(*AP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3'
D: PEPTIDE NUCLEIC ACID
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2316
ポリマ－5,9792
非ポリマー2524
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area4030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.190, 52.570, 61.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA 5'-D(*AP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3'


分子量: 3051.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 PEPTIDE NUCLEIC ACID


分子量: 2928.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: sample of 5mg/mL at 50 mM Tris pH7.5, 0.1 mM ZnSO4; well solution 20% w/v PEG-8000, 0.1 M Tris pH 8.5 and 0.2 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.27196 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月7日 / 詳細: Si(111) monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)MADMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.27196 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30.72 Å / Num. all: 19186 / Num. obs: 19186 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 64

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1.6→10 Å / Num. parameters: 4147 / Num. restraintsaints: 3771 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 958 5 %RANDOM
Rwork0.2009 ---
all0.2179 19721 --
obs0.2022 19141 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1031.83
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数418 404 22 189 1033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.078
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0185
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.074
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.075
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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