PDB-3p9c: Crystal structure of perennial ryegrass LpOMT1 bound to SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p9c

タイトル

Crystal structure of perennial ryegrass LpOMT1 bound to SAH

要素

Caffeic acid O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / S-adenosylmethionine dependent O-methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

catechol O-methyltransferase activity / catechol O-methyltransferase / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Lolium perenne (ホソムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Louie, G.V. / Noel, J.P. / Bowman, M.E.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2010
タイトル: Structure-Function Analyses of a Caffeic Acid O-Methyltransferase from Perennial Ryegrass Reveal the Molecular Basis for Substrate Preference.
著者: Louie, G.V. / Bowman, M.E. / Tu, Y. / Mouradov, A. / Spangenberg, G. / Noel, J.P.

履歴

登録	2010年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p9c.cif.gz	92.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p9c.ent.gz	66.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/3p9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/3p9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3p9iC 3p9kC 1kyzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6juj-d 1t4b-d 1oza-2 1pqp-1 1gl3-d 6spr-d 1nwc-d 1t4d-1 5bnt-1 2v5p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Caffeic acid O-methyltransferase

ヘテロ分子

39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Caffeic acid O-methyltransferase

ヘテロ分子

A: Caffeic acid O-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.699, 67.699, 249.794
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1314- HOH
2	1	A-1322- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Caffeic acid O-methyltransferase 分子量: 39146.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lolium perenne (ホソムギ) / 遺伝子: LpOMT1, OMT1 / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZTU2, catechol O-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 319分子

#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-DTV / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / D-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.35 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 21% (w/v) PEG 8000, 0.2 M calcium acetate, 2 mM dithiothreitol, 2.5 mM S-adenosyl-L-homocysteine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月12日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→47.015 Å / Num. all: 66556 / Num. obs: 65047 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / R_sym value: 0.116 / Net I/σ(I): 10.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.8-1.9	3.8	0.454	1.7	30121	7881	0.454	100
1.9-2.01	5.7	0.33	2.2	42788	7469	0.33	100
2.01-2.15	6.4	0.225	3.2	45262	7047	0.225	100
2.15-2.32	7.6	0.242	2.8	50430	6625	0.242	100
2.32-2.55	9.1	0.157	4.2	55288	6076	0.157	100
2.55-2.85	9	0.128	5.1	50102	5571	0.128	100
2.85-3.29	8.8	0.112	5.3	43723	4944	0.112	100
3.29-4.02	8.3	0.107	5.5	35184	4225	0.107	100
4.02-5.69	8.5	0.083	6.8	28548	3365	0.083	100
5.69-47.015	8.2	0.062	8	16359	2006	0.062	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.9	データスケーリング
MOLREP		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
BOS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KYZ

1kyz

解像度: 1.8→47.015 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8467 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Maximum likelihood

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2264	3035	5.1 %	random
R_work	0.2118	-	-	-
obs	-	59791	99.9 %	-

溶媒の処理

B_sol: 42.7444 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.27 Å² / B_iso mean: 26.0086 Å² / B_iso min: 6.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.318 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.318 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.636 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.015 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2671	0	50	313	3034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.193
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.716	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.709	2.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.574	3
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.181	4

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.75-1.76	0.3633	59	0.3464	1098	1157
1.76-1.77	0.3343	66	0.3448	1130	1196
1.77-1.79	0.2989	52	0.3154	1121	1173
1.79-1.8	0.3707	58	0.3128	1125	1183
1.8-1.81	0.3429	65	0.3128	1097	1162
1.81-1.83	0.2921	73	0.2946	1109	1182
1.83-1.84	0.3792	56	0.3034	1120	1176
1.84-1.85	0.2946	60	0.3026	1073	1133
1.85-1.87	0.2769	56	0.2772	1165	1221
1.87-1.89	0.2827	67	0.2603	1106	1173
1.89-1.9	0.2967	53	0.2691	1085	1138
1.9-1.92	0.3271	56	0.2656	1152	1208
1.92-1.93	0.2809	61	0.2638	1120	1181
1.93-1.95	0.2606	51	0.2324	1113	1164
1.95-1.97	0.2572	50	0.2449	1113	1163
1.97-1.99	0.2858	70	0.2561	1145	1215
1.99-2.01	0.2518	69	0.2607	1071	1140
2.01-2.03	0.3105	58	0.25	1129	1187
2.03-2.05	0.2803	59	0.2538	1141	1200
2.05-2.07	0.2729	50	0.2417	1121	1171
2.07-2.1	0.241	63	0.2281	1101	1164
2.1-2.12	0.2979	48	0.2421	1154	1202
2.12-2.15	0.2333	64	0.2177	1088	1152
2.15-2.18	0.2502	51	0.2151	1170	1221
2.18-2.2	0.2327	69	0.2148	1093	1162
2.2-2.24	0.3227	56	0.2934	1096	1152
2.24-2.27	0.2228	72	0.3041	1096	1168
2.27-2.3	0.2746	60	0.2217	1116	1176
2.3-2.34	0.3217	42	0.2339	1172	1214
2.34-2.38	0.2604	43	0.2211	1106	1149
2.38-2.42	0.2671	60	0.2012	1157	1217
2.42-2.46	0.1993	60	0.1887	1120	1180
2.46-2.51	0.2338	76	0.2042	1128	1204
2.51-2.56	0.2456	69	0.2112	1102	1171
2.56-2.61	0.1968	56	0.1977	1172	1228
2.61-2.67	0.2301	63	0.2088	1116	1179
2.67-2.74	0.2168	68	0.198	1145	1213
2.74-2.82	0.2431	65	0.2062	1154	1219
2.82-2.9	0.2247	64	0.2015	1115	1179
2.9-2.99	0.2349	55	0.2183	1142	1197
2.99-3.1	0.2274	71	0.2092	1150	1221
3.1-3.22	0.2196	66	0.1952	1158	1224
3.22-3.37	0.2161	60	0.1995	1150	1210
3.37-3.55	0.1694	63	0.1914	1159	1222
3.55-3.77	0.2011	53	0.1926	1177	1230
3.77-4.06	0.1837	78	0.1763	1153	1231
4.06-4.47	0.1694	66	0.1588	1184	1250
4.47-5.12	0.1508	59	0.1648	1188	1247
5.12-6.45	0.2477	59	0.2298	1234	1293
6.45-47.015	0.2144	67	0.1992	1326	1393

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	sah.par
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	4	dtt.par
X-RAY DIFFRACTION	5	act_edo.par

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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