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万見
- PDB-3p93: Crystal structure of D-mannonate dehydratase from Chromohalobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p93
タイトルCrystal structure of D-mannonate dehydratase from Chromohalobacter Salexigens complexed with MG,D-Mannonate and 2-keto-3-deoxy-D-Gluconate
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
キーワードISOMERASE / Enolase fold / multifunctional enzyme / Enolase superfamily / D-Mannonate / D-Gluconate
機能・相同性
機能・相同性情報


gluconate dehydratase / gluconate dehydratase activity / mannonate dehydratase / mannonate dehydratase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
D-mannonate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like ...D-mannonate dehydratase-like / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MANNONIC ACID / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE / D-galactonate dehydratase family member ManD
類似検索 - 構成要素
生物種Chromohalobacter salexigens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF D-MANNONATE DEHYDRATASE FROM CHROMOHALOBACTER SALEXIGENS complexed with MG,D-Mannonate and 2-keto-3-deoxy-D-Gluconate
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,43824
ポリマ－363,7468
非ポリマー1,69216
水33,7061871
1
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3596
ポリマ－90,9372
非ポリマー4234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area26420 Å2
手法PISA
2
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3596
ポリマ－90,9372
非ポリマー4234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area26420 Å2
手法PISA
3
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3416
ポリマ－90,9372
非ポリマー4054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area26360 Å2
手法PISA
4
E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3776
ポリマ－90,9372
非ポリマー4414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area51180 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area79770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.242, 167.263, 168.863
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質
Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme


分子量: 45468.258 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (バクテリア)
遺伝子: Csal_2974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1QT89
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CS2 / D-MANNONIC ACID / D-MANNONATE


分子量: 196.155 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O7
#4: 化合物
ChemComp-KDG / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE


分子量: 178.140 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1871 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.3 M magnesium formate, 0.1M bis-tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月7日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.816 Å / Num. all: 286929 / Num. obs: 286929 / % possible obs: 99.84 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OW1

3ow1


解像度: 1.8→41.816 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2409 14508 5.06 %RANDOM
Rwork0.1988 ---
all0.2009 286929 --
obs0.2009 286929 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.981 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4993 Å20 Å20 Å2
2---0.2746 Å20 Å2
3---4.7739 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.816 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24384 0 108 1871 26363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00725158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10634268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2118978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0823709
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054463
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82050.37094770.32938791X-RAY DIFFRACTION97
1.8205-1.84190.34044600.30548946X-RAY DIFFRACTION99
1.8419-1.86430.33994690.29058990X-RAY DIFFRACTION100
1.8643-1.88790.32525290.2888912X-RAY DIFFRACTION100
1.8879-1.91280.34174980.27819033X-RAY DIFFRACTION100
1.9128-1.9390.31594900.26419042X-RAY DIFFRACTION100
1.939-1.96670.29874920.25069007X-RAY DIFFRACTION100
1.9667-1.9960.30254840.24159025X-RAY DIFFRACTION100
1.996-2.02720.30664590.23179013X-RAY DIFFRACTION100
2.0272-2.06050.26624640.21689070X-RAY DIFFRACTION100
2.0605-2.0960.27185080.21499001X-RAY DIFFRACTION100
2.096-2.13410.25745120.1969028X-RAY DIFFRACTION100
2.1341-2.17510.26614950.19649020X-RAY DIFFRACTION100
2.1751-2.21950.25255140.19529053X-RAY DIFFRACTION100
2.2195-2.26780.24464670.18669021X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.32050.23324810.1839059X-RAY DIFFRACTION100
2.3205-2.37860.24474600.18679090X-RAY DIFFRACTION100
2.3786-2.44290.24424530.19029114X-RAY DIFFRACTION100
2.4429-2.51480.23724730.18189099X-RAY DIFFRACTION100
2.5148-2.59590.23754680.18399089X-RAY DIFFRACTION100
2.5959-2.68870.24734970.18139066X-RAY DIFFRACTION100
2.6887-2.79630.22634670.17719124X-RAY DIFFRACTION100
2.7963-2.92350.23344990.17959082X-RAY DIFFRACTION100
2.9235-3.07760.22284780.17869134X-RAY DIFFRACTION100
3.0776-3.27040.22024910.1789121X-RAY DIFFRACTION100
3.2704-3.52280.21164990.17059151X-RAY DIFFRACTION100
3.5228-3.87710.18184700.16059191X-RAY DIFFRACTION100
3.8771-4.43750.18394900.16059250X-RAY DIFFRACTION100
4.4375-5.58870.21664830.18029310X-RAY DIFFRACTION100
5.5887-41.8270.2244810.2379589X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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