PDB-3p93: Crystal structure of D-mannonate dehydratase from Chromohalobacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p93

タイトル

Crystal structure of D-mannonate dehydratase from Chromohalobacter Salexigens complexed with MG,D-Mannonate and 2-keto-3-deoxy-D-Gluconate

要素

Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

キーワード

ISOMERASE / Enolase fold / multifunctional enzyme / Enolase superfamily / D-Mannonate / D-Gluconate

機能・相同性

機能・相同性情報

gluconate dehydratase / gluconate dehydratase activity / mannonate dehydratase / mannonate dehydratase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromohalobacter salexigens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF D-MANNONATE DEHYDRATASE FROM CHROMOHALOBACTER SALEXIGENS complexed with MG,D-Mannonate and 2-keto-3-deoxy-D-Gluconate
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wichelecki, D. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2010年10月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p93.cif.gz	636.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p93.ent.gz	521.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p93.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3p93_validation.pdf.gz	534 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p93_full_validation.pdf.gz	562.3 KB	表示
XML形式データ	3p93_validation.xml.gz	123.7 KB	表示
CIF形式データ	3p93_validation.cif.gz	172.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/3p93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/3p93	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ow1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ow1-4 4kt2-3 4kt2-2 3qke-1 4k2s-1 4kt2-4 4kpl-4 4k1w-2 3ow1-2 2qjj-2 4k2s-4 4k2s-3 3qke-4 4kws-4 4kpl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

365 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.242, 167.263, 168.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a dimer

#1: タンパク質	Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme 分子量: 45468.258 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (バクテリア) 遺伝子: Csal_2974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1QT89
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CS2 / D-MANNONIC ACID / D-MANNONATE / D-マンノン酸分子量: 196.155 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₇
#4: 化合物	ChemComp-KDG / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE / 2-ケト-3-デオキシグルコン酸分子量: 178.140 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1871 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.3 M magnesium formate, 0.1M bis-tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月7日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→41.816 Å / Num. all: 286929 / Num. obs: 286929 / % possible obs: 99.84 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OW1

3ow1

解像度: 1.8→41.816 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2409	14508	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1988	-	-	-
all	0.2009	286929	-	-
obs	0.2009	286929	99.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.981 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.4993 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2746 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.7739 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.816 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24384	0	108	1871	26363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	25158
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.106	34268
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.211	8978
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	3709
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4463

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.3709	477	0.3293	8791	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8205-1.8419	0.3404	460	0.3054	8946	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8419-1.8643	0.3399	469	0.2905	8990	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.8879	0.3252	529	0.288	8912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8879-1.9128	0.3417	498	0.2781	9033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.939	0.3159	490	0.2641	9042	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.9667	0.2987	492	0.2506	9007	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9667-1.996	0.3025	484	0.2415	9025	X-RAY DIFFRACTION	100
1.996-2.0272	0.3066	459	0.2317	9013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0272-2.0605	0.2662	464	0.2168	9070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0605-2.096	0.2718	508	0.2149	9001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.096-2.1341	0.2574	512	0.196	9028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1341-2.1751	0.2661	495	0.1964	9020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2195	0.2525	514	0.1952	9053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2195-2.2678	0.2446	467	0.1866	9021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.3205	0.2332	481	0.183	9059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3205-2.3786	0.2447	460	0.1867	9090	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3786-2.4429	0.2442	453	0.1902	9114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4429-2.5148	0.2372	473	0.1818	9099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5148-2.5959	0.2375	468	0.1839	9089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5959-2.6887	0.2473	497	0.1813	9066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6887-2.7963	0.2263	467	0.1771	9124	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7963-2.9235	0.2334	499	0.1795	9082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9235-3.0776	0.2228	478	0.1786	9134	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0776-3.2704	0.2202	491	0.178	9121	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2704-3.5228	0.2116	499	0.1705	9151	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5228-3.8771	0.1818	470	0.1605	9191	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8771-4.4375	0.1839	490	0.1605	9250	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4375-5.5887	0.2166	483	0.1802	9310	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5887-41.827	0.224	481	0.237	9589	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)