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万見
- PDB-3p8p: Crystal Structure of Human Dimethylarginine Dimethylaminohydrolas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p8p
タイトルCrystal Structure of Human Dimethylarginine Dimethylaminohydrolase-1 (DDAH-1) variant C274S bound with N5-(1-iminopentyl)-L-ornithine
要素N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / DDAH / NITRIC OXIDE SYNTHASE REGULATOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / negative regulation of cellular response to hypoxia / arginine metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of vascular permeability / nitric oxide metabolic process / amino acid binding / nitric oxide mediated signal transduction ...dimethylargininase / dimethylargininase activity / citrulline metabolic process / negative regulation of cellular response to hypoxia / arginine metabolic process / regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of vascular permeability / nitric oxide metabolic process / amino acid binding / nitric oxide mediated signal transduction / catalytic activity / eNOS activation / arginine catabolic process / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dimethylarginine dimethylaminohydrolase / N,N dimethylarginine dimethylhydrolase, eukaryotic / Arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N~5~-[(1E)-pentanimidoyl]-L-ornithine / N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Monzingo, A.F. / Lluis, M. / Wang, Y. / Fast, W. / Robertus, J.D.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2011
タイトル: Characterization of C-Alkyl Amidines as Bioavailable Covalent Reversible Inhibitors of Human DDAH-1.
著者: Lluis, M. / Wang, Y. / Monzingo, A.F. / Fast, W. / Robertus, J.D.
履歴
登録2010年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
B: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6454
ポリマ－67,2152
非ポリマー4312
水2,342130
1
A: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8232
ポリマ－33,6071
非ポリマー2151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8232
ポリマ－33,6071
非ポリマー2151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.226, 79.632, 73.608
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 N(G),N(G)-dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 / DDAH-1 / Dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 / DDAHI / Dimethylargininase-1


分子量: 33607.430 Da / 分子数: 2 / 変異: C274S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDAH, DDAH1 / プラスミド: PET28A-HDDAH-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O94760, dimethylargininase
#2: 化合物 ChemComp-LN6 / N~5~-[(1E)-pentanimidoyl]-L-ornithine / N5-(1-iminopentyl)-L-ornithine / L-PrNIO


分子量: 215.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H21N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 23% polyethyleneglycol 6000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日
放射モノクロメーター: double crystal, Si (111) liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 18125 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 2.332 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.543.10.4772.499210.86595.3
2.54-2.593.10.4329130.87294.3
2.59-2.643.10.4019180.89492.2
2.64-2.693.20.339160.93195.4
2.69-2.753.20.3229411.17893.6
2.75-2.813.20.2948901.23491.2
2.81-2.893.30.2628951.33194.4
2.89-2.963.20.2379151.4790.8
2.96-3.053.20.2079201.99893.9
3.05-3.153.20.1749022.27990.7
3.15-3.263.20.1569002.30191.8
3.26-3.393.20.1438942.65789.6
3.39-3.543.10.1198823.11891.3
3.54-3.732.70.1098334.20885.1
3.73-3.962.80.0918543.87385.8
3.96-4.262.80.0758463.88186.8
4.26-4.692.90.078744.01588.6
4.69-5.352.80.0639064.04990.8
5.35-6.73.30.06310053.51899
6.7-203.20.04510003.48998.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3I2E

3i2e


解像度: 2.5→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7282 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 818 4.3 %random
Rwork0.2275 ---
obs-16211 85.6 %-
溶媒の処理Bsol: 32.9746 Å2
原子変位パラメータBiso max: 70.06 Å2 / Biso mean: 38.4638 Å2 / Biso min: 7.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.994 Å20 Å2-4.642 Å2
2--14.81 Å20 Å2
3----7.815 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4087 0 30 130 4247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.433
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8672
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4372
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7422.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.550.3968450.2911886931
2.55-2.610.3656520.307919971
2.61-2.680.4553600.317919979
2.68-2.750.4348500.3113939989
2.75-2.830.436440.3076933977
2.83-2.920.4331520.2885927979
2.92-3.030.3785630.28099441007
3.03-3.150.3602530.28559571010
3.15-3.290.3295510.269710061057
3.29-3.460.4168490.24629661015
3.46-3.680.3043490.2959880929
3.68-3.960.2746420.2157936978
3.96-4.360.3013430.19549711014
4.36-4.980.1823590.1439751034
4.98-6.240.2907520.194410891141
6.24-200.165540.146311461200
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5ipno.paripno.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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