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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3p6i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Symfoil-4T Permutation #2: de novo designed beta-trefoil architecture with symmetric primary structure | ||||||
要素 | de novo designed beta-trefoil architecture with symmetric primary structure | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / beta-trefoil | ||||||
機能・相同性 | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å | ||||||
データ登録者 | Blaber, M. / Lee, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Permutations study of de novo designed symmetric beta-trefoil architecture 著者: Blaber, M. / Lee, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3p6i.cif.gz | 67 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3p6i.ent.gz | 50.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3p6i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3p6i_validation.pdf.gz | 452.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3p6i_full_validation.pdf.gz | 454.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3p6i_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3p6i_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/3p6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/3p6i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15849.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Circularly permuted synthetic sequence derived from human acidic fibroblast growth factor with a symmetric deconstruction method. The protein produced by this sequence adopts a beta-trefoil ...詳細: Circularly permuted synthetic sequence derived from human acidic fibroblast growth factor with a symmetric deconstruction method. The protein produced by this sequence adopts a beta-trefoil architecture with symmetric primary structure. |
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#2: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.95 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.2M ammonium sulfate, 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris, 17mg/mL protein concentration, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.075 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月23日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.32→50 Å / Num. all: 27352 / Num. obs: 25102 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 35.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 106.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.32→1.34 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1301 / % possible all: 95.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.32→36.797 Å / σ(F): 4.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.32→36.797 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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